「mrcImageClosing」の版間の差分

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(→‎モード詳細 -SE)
 
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'''mrcImageClosing'''.
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'''mrcImageClosing'''とは構造要素による膨張→縮退を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。膨張することで穴が埋まり、収縮することで元の体積に戻ります。構造内の穴をとりたい場合に用います。
  
  
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行30: 行30:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-o</td>  
+
<td>-oSE</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output: MRC(SE)</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](構造要素)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-S</td>  
+
<td>-SE</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>StructuringElement</td>  
+
<td>構造要素</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-c</td>  
 
<td>-c</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>ConfigurationFile</td>  
+
<td>コンフィグファイル設定</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行73: 行73:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
===モード詳細===
+
===モード詳細 -SE ===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<tr>  
 
<tr>  
行87: 行87:
 
<td>2D Square3x3: 8-neighbour</td>  
 
<td>2D Square3x3: 8-neighbour</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
 
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>2D Open Disk , need (radius, n)</td>  
+
<td>2D Open Disk , need (radius, n(>2*radius+1))</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行102: 行101:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
−
<td>3D Open Disk , need (radius, n)</td>  
+
<td>3D sphere , need (radius, n(>2*radius+1))</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
 
+
<tr>
 +
<td>6</td>
 +
<td>2D  rectangle, need (nx, ny)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>7</td>
 +
<td>3D  cuboid, need (nx, ny, nz)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>8</td>
 +
<td>3D  Cylindar, need (r, nx, ny, nz), (nx, ny >2*radius+1)</td>
 +
</tr>
 +
</table>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
21.0538<br>
 +
47.6709<br>
 +
0.595886<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====-o の画像====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
21.4159<br>
 +
48.365<br>
 +
0.604562<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-oSE の画像====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (1, 0, 0)<br>
 +
0.555556<br>
 +
0.496904<br>
 +
0.165635<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-SE===
 +
====SE=5で実行====
 +
=====-o の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-SE-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
22.0378<br>
 +
49.5565<br>
 +
0.619456<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-oSE の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-SE-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (2, 0, 0)<br>
 +
0.52<br>
 +
0.4996<br>
 +
0.09992<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-r===
 +
====r=10, SE=5で実行====
 +
=====-o の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-r-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
22.4658<br>
 +
50.6027<br>
 +
0.632534<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-oSE の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-r-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (0, 0, 0)<br>
 +
1<br>
 +
0<br>
 +
0<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-n===
 +
====n=33, r=10, SE=5で実行====
 +
=====-o の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-n-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
24.8177<br>
 +
54.6633<br>
 +
0.683291<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-oSE の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-n-mrcImageClosing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (16, 6, 0)<br>
 +
0.291093<br>
 +
0.454266<br>
 +
0.0137656<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2020年11月26日 (木) 02:01時点における最新版

mrcImageClosingとは構造要素による膨張→縮退を行うEosのコマンドである。膨張することで穴が埋まり、収縮することで元の体積に戻ります。構造内の穴をとりたい場合に用います。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-t 選択 Times: erosion*times -> dilation*times 1
-oSE 選択 出力ファイル: mrcImage(構造要素) NULL
-SE 選択 構造要素 0
-r 選択 半径 2
-n 選択 サイズ 5
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モード詳細 -SE

モード 説明
0 2D Cross3x3: 4-neighbour
1 2D Square3x3: 8-neighbour
2 2D Open Disk , need (radius, n(>2*radius+1))
3 3D Cross3x3x3: 6-neighbour
4 3D Cubic3x3x3: 26-neighbour
5 3D sphere , need (radius, n(>2*radius+1))
6 2D rectangle, need (nx, ny)
7 3D cuboid, need (nx, ny, nz)
8 3D Cylindar, need (r, nx, ny, nz), (nx, ny >2*radius+1)

実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

Outdata-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.4159
48.365

0.604562

-oSE の画像

Outdata2-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (1, 0, 0)
0.555556
0.496904

0.165635

オプション　-SE

SE=5で実行

-o の画像
Outdata-SE-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
22.0378
49.5565

0.619456
-oSE の画像
Outdata2-SE-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (2, 0, 0)
0.52
0.4996

0.09992

オプション　-r

r=10, SE=5で実行

-o の画像
Outdata-r-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
22.4658
50.6027

0.632534
-oSE の画像
Outdata2-r-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

1 (0, 0, 0)
1
0

0

オプション　-n

n=33, r=10, SE=5で実行

-o の画像
Outdata-n-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
24.8177
54.6633

0.683291
-oSE の画像
Outdata2-n-mrcImageClosing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (16, 6, 0)
0.291093
0.454266

0.0137656

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