「mrcImageClusterAnalysis」の版間の差分

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'''mrcImageClusterAnalysis'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImageClusterAnalysis'''とは各[[mrcImage]]に対し[[クラスター解析]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  

2014年5月8日 (木) 04:00時点における版

mrcImageClusterAnalysisとは各mrcImageに対しクラスター解析を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイル: ASCII NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-O 選択 平均画像ファイルの出力: ファイル名: (入力ファイル名).avg
-N 選択 クラスターの数 1
-Min 選択 Minimum: Correlation: Conditions for ending 0.0
-Iter 選択 繰り返しを有効にする
-AR 選択 回転の刻み数 72
-ARange 選択 回転の範囲: (最小値, 最大値) (0, 360)
-ARiter 選択 AutoRotationの繰り返し回数 2
-ARMethod 選択 AutoRotationCorrelationの計算方法 0
-M 選択 相関のモード 19
-pvm 選択 PVMでパラレル解析する
-pvmList 選択 入力: pvmリスト: ASCII NULL
-Log 選択 出力: ログ:ASCII stdout
-Log2 選択 出力: ログ(クラスターノードのみ): ASCII NULL
-LogIn 選択 入力: 前回のログ: ASCII NULL
-prevF 選択 入力: 前回のログファイル数 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 クラスター間の距離の設定 2
-h 選択 ヘルプを表示  


-ARMethod, -M の詳細

mrcImageAutoRotationCorrelation参照
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。


-m の詳細

モード 説明
0 相関値から算出
1 ユークリッド距離から算出
2 By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗
3 By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)
4 By Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)


実行例

-I のデータ

Input-1VOM-N-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845

Input-1VOM-N-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0)

51939.8 (29, 26, 0)
6580.18
9247.8

115.597

Input-1VOM-N-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-14918 (53, 17, 0)

58621.8 (30, 26, 0)
6579.96
9022.72

112.784