「mrcImageClusterAnalysis」の版間の差分
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2014年5月8日 (木) 04:00時点における版
mrcImageClusterAnalysisとは各mrcImageに対しクラスター解析を行うEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 必須 | 入力ファイル: ASCII | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-O | 選択 | 平均画像ファイルの出力: ファイル名: (入力ファイル名).avg | |
-N | 選択 | クラスターの数 | 1 |
-Min | 選択 | Minimum: Correlation: Conditions for ending | 0.0 |
-Iter | 選択 | 繰り返しを有効にする | |
-AR | 選択 | 回転の刻み数 | 72 |
-ARange | 選択 | 回転の範囲: (最小値, 最大値) | (0, 360) |
-ARiter | 選択 | AutoRotationの繰り返し回数 | 2 |
-ARMethod | 選択 | AutoRotationCorrelationの計算方法 | 0 |
-M | 選択 | 相関のモード | 19 |
-pvm | 選択 | PVMでパラレル解析する | |
-pvmList | 選択 | 入力: pvmリスト: ASCII | NULL |
-Log | 選択 | 出力: ログ:ASCII | stdout |
-Log2 | 選択 | 出力: ログ(クラスターノードのみ): ASCII | NULL |
-LogIn | 選択 | 入力: 前回のログ: ASCII | NULL |
-prevF | 選択 | 入力: 前回のログファイル数 | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | クラスター間の距離の設定 | 2 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ARMethod, -M の詳細
mrcImageAutoRotationCorrelation参照
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 相関値から算出 |
1 | ユークリッド距離から算出 |
2 | By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗 |
3 | By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
4 | By Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
実行例
-I のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
最小 最大 |
-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) |
最小 最大 |
-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) |