「mrcImageClusterAnalysis」の版間の差分
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− | '''mrcImageClusterAnalysis''' | + | '''mrcImageClusterAnalysis'''とは各[[mrcImage]]に対し[[クラスター解析]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
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<td>-Log</td> | <td>-Log</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: ログ:[[ASCII]]</td> | + | <td>出力: ログ(全体):[[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-AR: 設定すると回転有りで計算する([[mrcImageAutoRotationCorrelation]]を使用する)</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===-ARMethod, -M の詳細=== | ||
+ | <div>[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]参照<br> | ||
+ | -ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。</div> | ||
<br> | <br> | ||
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<tr> | <tr> | ||
<td>2</td> | <td>2</td> | ||
− | <td>By Ward Method: | + | <td>By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc | Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc | ||
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc | Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc | ||
+ | Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc | ||
+ | Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc | ||
</pre> | </pre> | ||
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</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc|Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot2-2D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-2.31309e-06 (29, 7, 0)<br> | ||
+ | 49749.2 (52, 51, 0)<br> | ||
+ | 6572.32<br> | ||
+ | 8769.91<br> | ||
+ | 109.624<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc|Input-N-1VOM-Rot3-2D.mrc]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.70846e-06 (56, 57, 0)<br> | ||
+ | 40287.6 (43, 43, 0)<br> | ||
+ | 6509.38<br> | ||
+ | 8494.21<br> | ||
+ | 106.178<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-Log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 0 5 5 4.24643e+11 | ||
+ | 2 0 5 5 4.71782e+11 | ||
+ | 2 1 5 5 2.57991e+11 | ||
+ | 3 0 5 5 6.14144e+11 | ||
+ | 3 1 5 5 4.54881e+11 | ||
+ | 3 2 5 5 4.2017e+11 | ||
+ | 4 0 5 5 6.53985e+11 | ||
+ | 4 1 5 5 5.09646e+11 | ||
+ | 4 2 5 5 4.66033e+11 | ||
+ | 4 3 5 5 3.09305e+11 | ||
+ | 1 0 2 1 3.83715e+11 | ||
+ | 2 0 2 1 6.14144e+11 | ||
+ | 2 1 2 1 3.73028e+11 | ||
+ | 3 0 2 1 6.53985e+11 | ||
+ | 3 1 2 1 4.23342e+11 | ||
+ | 3 2 2 1 3.09305e+11 | ||
+ | 1 0 3 2 3.83715e+11 | ||
+ | 2 0 3 2 5.56738e+11 | ||
+ | 2 1 3 2 3.20859e+11 | ||
+ | 1 0 2 1 3.90012e+11 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-Log2 のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | CLUST MIN 2 1 2.57991e+11 0 | ||
+ | CLUST MIN 4 3 3.09305e+11 0 | ||
+ | CLUST MIN 3 1 3.20859e+11 0 | ||
+ | CLUST MIN 1 0 3.90012e+11 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
+ | <div>Input-1VOM-N-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata5-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-5026.5 (68, 63, 0)<br> | ||
+ | 28784 (40, 46, 0)<br> | ||
+ | 6685.03<br> | ||
+ | 7223.34<br> | ||
+ | 90.2917<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata6-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-5026.5 (68, 63, 0)<br> | ||
+ | 28784 (40, 46, 0)<br> | ||
+ | 6685.03<br> | ||
+ | 7223.34<br> | ||
+ | 90.2917<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata7-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-8305.58 (63, 47, 0)<br> | ||
+ | 44934.5 (29, 26, 0)<br> | ||
+ | 6580.07<br> | ||
+ | 8566.67<br> | ||
+ | 107.083<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata8-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-4662.21 (68, 63, 0)<br> | ||
+ | 32714.4 (21, 49, 0)<br> | ||
+ | 6552.58<br> | ||
+ | 7209.85<br> | ||
+ | 90.1231<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata9-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-8070.97 (31, 10, 0)<br> | ||
+ | 39082.1 (53, 39, 0)<br> | ||
+ | 6525.08<br> | ||
+ | 7459.33<br> | ||
+ | 93.2416<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -AR=== | ||
+ | ====AR=72で実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0 | ||
+ | /Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-Log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 0 5 5 1.04435e+11 | ||
+ | 2 0 5 5 1.90062e+11 | ||
+ | 2 1 5 5 1.27924e+11 | ||
+ | 3 0 5 5 2.70151e+11 | ||
+ | 3 1 5 5 2.24399e+11 | ||
+ | 3 2 5 5 2.00805e+11 | ||
+ | 4 0 5 5 2.70277e+11 | ||
+ | 4 1 5 5 2.23333e+11 | ||
+ | 4 2 5 5 2.13958e+11 | ||
+ | 4 3 5 5 1.54653e+11 | ||
+ | 1 0 1 0 1.77375e+11 | ||
+ | 2 0 1 0 2.92444e+11 | ||
+ | 2 1 1 0 2.00805e+11 | ||
+ | 3 0 1 0 2.95344e+11 | ||
+ | 3 1 1 0 2.13958e+11 | ||
+ | 3 2 1 0 1.54653e+11 | ||
+ | 1 0 3 2 1.77375e+11 | ||
+ | 2 0 3 2 3.71482e+11 | ||
+ | 2 1 3 2 2.33577e+11 | ||
+ | 1 0 1 0 3.72121e+11 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-Log2 のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | CLUST MIN 1 0 1.04435e+11 0.83054 | ||
+ | CLUST MIN 4 3 1.54653e+11 0.643245 | ||
+ | CLUST MIN 2 0 1.77375e+11 0.751614 | ||
+ | CLUST MIN 3 0 3.72121e+11 0.635649 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
+ | <div>Input-1VOM-N-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-5248.9 (41, 3, 0)<br> | ||
+ | 37074.9 (26, 29, 0)<br> | ||
+ | 6687.62<br> | ||
+ | 7446.87<br> | ||
+ | 93.0859<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-11857.7 (56, 22, 0)<br> | ||
+ | 46633.1 (27, 28, 0)<br> | ||
+ | 6897.66<br> | ||
+ | 9242.12<br> | ||
+ | 115.527<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-9406.5 (41, 3, 0)<br> | ||
+ | 50054.7 (27, 28, 0)<br> | ||
+ | 6792.38<br> | ||
+ | 8652.36<br> | ||
+ | 108.155<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata3-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-5248.9 (41, 3, 0)<br> | ||
+ | 37074.9 (26, 29, 0)<br> | ||
+ | 6687.62<br> | ||
+ | 7446.87<br> | ||
+ | 93.0859<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata4-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-8070.97 (31, 10, 0)<br> | ||
+ | 39082.1 (53, 39, 0)<br> | ||
+ | 6525.08<br> | ||
+ | 7459.33<br> | ||
+ | 93.2416<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
<br> | <br> |
2014年5月12日 (月) 00:41時点における最新版
mrcImageClusterAnalysisとは各mrcImageに対しクラスター解析を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 必須 | 入力ファイル: ASCII | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-O | 選択 | 平均画像ファイルの出力: ファイル名: (入力ファイル名).avg | |
-N | 選択 | クラスターの数 | 1 |
-Min | 選択 | Minimum: Correlation: Conditions for ending | 0.0 |
-Iter | 選択 | 繰り返しを有効にする | |
-AR | 選択 | 回転の刻み数 | 72 |
-ARange | 選択 | 回転の範囲: (最小値, 最大値) | (0, 360) |
-ARiter | 選択 | AutoRotationの繰り返し回数 | 2 |
-ARMethod | 選択 | AutoRotationCorrelationの計算方法 | 0 |
-M | 選択 | 相関のモード | 19 |
-pvm | 選択 | PVMでパラレル解析する | |
-pvmList | 選択 | 入力: pvmリスト: ASCII | NULL |
-Log | 選択 | 出力: ログ(全体):ASCII | stdout |
-Log2 | 選択 | 出力: ログ(クラスターノードのみ): ASCII | NULL |
-LogIn | 選択 | 入力: 前回のログ: ASCII | NULL |
-prevF | 選択 | 入力: 前回のログファイル数 | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | クラスター間の距離の設定 | 2 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ARMethod, -M の詳細
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 相関値から算出 |
1 | ユークリッド距離から算出 |
2 | By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗 |
3 | By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
4 | By Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
実行例
-I のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
最小 最大 |
-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) |
最小 最大 |
-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) |
最小 最大 |
-2.31309e-06 (29, 7, 0) 49749.2 (52, 51, 0) |
最小 最大 |
-1.70846e-06 (56, 57, 0) 40287.6 (43, 43, 0) |
オプション必須項目のみの場合
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0
1 0 5 5 4.24643e+11 2 0 5 5 4.71782e+11 2 1 5 5 2.57991e+11 3 0 5 5 6.14144e+11 3 1 5 5 4.54881e+11 3 2 5 5 4.2017e+11 4 0 5 5 6.53985e+11 4 1 5 5 5.09646e+11 4 2 5 5 4.66033e+11 4 3 5 5 3.09305e+11 1 0 2 1 3.83715e+11 2 0 2 1 6.14144e+11 2 1 2 1 3.73028e+11 3 0 2 1 6.53985e+11 3 1 2 1 4.23342e+11 3 2 2 1 3.09305e+11 1 0 3 2 3.83715e+11 2 0 3 2 5.56738e+11 2 1 3 2 3.20859e+11 1 0 2 1 3.90012e+11
CLUST MIN 2 1 2.57991e+11 0 CLUST MIN 4 3 3.09305e+11 0 CLUST MIN 3 1 3.20859e+11 0 CLUST MIN 1 0 3.90012e+11 0
最小 最大 |
-5026.5 (68, 63, 0) 28784 (40, 46, 0) |
最小 最大 |
-5026.5 (68, 63, 0) 28784 (40, 46, 0) |
最小 最大 |
-8305.58 (63, 47, 0) 44934.5 (29, 26, 0) |
最小 最大 |
-4662.21 (68, 63, 0) 32714.4 (21, 49, 0) |
最小 最大 |
-8070.97 (31, 10, 0) 39082.1 (53, 39, 0) |
オプション -AR
AR=72で実行
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0 /Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0
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CLUST MIN 1 0 1.04435e+11 0.83054 CLUST MIN 4 3 1.54653e+11 0.643245 CLUST MIN 2 0 1.77375e+11 0.751614 CLUST MIN 3 0 3.72121e+11 0.635649
最小 最大 |
-5248.9 (41, 3, 0) 37074.9 (26, 29, 0) |
最小 最大 |
-11857.7 (56, 22, 0) 46633.1 (27, 28, 0) |
最小 最大 |
-9406.5 (41, 3, 0) 50054.7 (27, 28, 0) |
最小 最大 |
-5248.9 (41, 3, 0) 37074.9 (26, 29, 0) |
最小 最大 |
-8070.97 (31, 10, 0) 39082.1 (53, 39, 0) |