「mrcImageDeconvolution」の版間の差分
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
2014年6月13日 (金) 06:31時点における最新版
mrcImageDeconvolutionとはEosのコマンドである。
アルゴリズム
DeconvolutionのアルゴリズムはmrcImageCTFCompensation（電子顕微鏡のＣＴＦに特化）で利用したアルゴリズムに準拠している。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -k | 必須 | カーネルファイル: mrcImage | NULL |
| -kcentre | 選択 | KernelCentre | 1 |
| -o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -oconv | 選択 | 出力ファイル: mrcImage (Conv*Dst to compare with in) | NULL |
| -o | 選択 | パラメータ: ASCII | stdout |
| -ORSMD | 選択 | パラメータ: mrcImage | NULL |
| -thresCTF | 選択 | threshold CTF for InverseFilter | 1e-4 |
| -NSRatio | 選択 | N/S Ratio for R-dependent Wiener Filter | 0.0 |
| -NSCoeff | 選択 | N/S Coeff for R-dependent Wiener Filter | 0.0 |
| -Pad3DMode | 選択 | lmrcImage3DPad Mode | 1 |
| -r | 選択 | Pad3D: [pix] Threshold radius of signal.Default is min(Nx,Ny). | 0 |
| -w | 選択 | Pad3D: [pix] Width of slope. For mode 1. | 1 |
| -v | 選択 | Pad3D: Value of out of threshold. | 0 |
| -Floating | 選択 | Pad3D: Floating | |
| -maxIter | 選択 | maxIteration for Iterative | 0 |
| -minRSMD | 選択 | min of MRSD for Iterative | 0.0 |
| -lambda | 選択 | lambda for Iterative | 0.5 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
Deconvolution Modeの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No deconvolution |
| 1 | CTF/|CTF| (phase flipping) |
| 2 | CTF (CTF-Multi) |
| 3 | 1/CTF (Inverse Filter) |
| 4 | CTF/(SQR(CTF)+SQR(NS)) (Wiener Filter) |
| 5 | SQR(CTF) x CTF/|CTF| (phase flipping + ctfWeighted) |
| 6 | 1/|CTF| (No phase-flipping: Inverse Filter) |
| 7 | |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS)) (No phase-flipping: Wiener Filter) |
| 8 | CTF /(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R))) (phase-flipping: Wiener Filter + Noise) |
| 9 | |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R))) (No phase-flipping: Wiener Filter + Noise) |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
