「mrcImageFOMCalc」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImageFOMCalc'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オ...」)
 
 
(同じ利用者による、間の6版が非表示)
行1: 行1:
−
'''mrcImageFOMCalc'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageFOMCalc'''とは[[mrcImage]](3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 +
==アルゴリズム==
 +
<div>FOM(Figure of merit)のアルゴリズムについては下記、参考文献を参照。</div>
 +
<br>
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行14: 行17:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: (テストデータ)</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)(3D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行23:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイルリスト: (テストデータセット)</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行29:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル: (モデルデータ)</td>  
+
<td>参照ファイル: [[mrcImage]](FFT)(3D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行35:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行108: 行111:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-i, -I のいずれかは必須項目</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行120: 行125:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 +
===-I のフォーマット===
 +
<pre>
 +
3DFFTファイル
 +
3DFFTファイル
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[:Media:Input-121P-N.fft|-iのファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.466157 (79, 38, 83)<br>
 +
11101.8 (0, 0, 0)<br>
 +
417.825<br>
 +
227.083<br>
 +
0.227083<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-121P-N1.fft|-rのファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N1-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.337695 (84, 41, 49)<br>
 +
10881.2 (0, 0, 0)<br>
 +
418.011<br>
 +
227.229<br>
 +
0.227229<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-I のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-121P-N.fft 1.0
 +
Input-121P-N2.fft 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<div>Input-121P-N.fftは-i のファイルを使用する</div>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-121P-N2.fft|Input-121P-N2.fft]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N2-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2175.23 (42, 93, 33)<br>
 +
4252.65 (42, 64, 56)<br>
 +
10.8573<br>
 +
474.411<br>
 +
0.474411<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-i のデータで実行===
 +
====その他のオプション設定なし====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====w=2.0で実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6078          2588    8.5440e+02    2.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====RR=(0.1, 0.6)で実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  1.0000e-01    6.0000e-01        0.4923        408780    8.8144e+04    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====dR=0.01で実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-02          nan            0    0.0000e+00    1.0000e+00
 +
  1.0000e-02    2.0000e-02        0.9982            28    1.5495e+05    1.0000e+00
 +
  2.0000e-02    3.0000e-02        0.9407            60    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
  3.0000e-02    4.0000e-02        0.8423          112    1.0873e+04    1.0000e+00
 +
  4.0000e-02    5.0000e-02        0.7840          156    1.0872e+04    1.0000e+00
 +
  5.0000e-02    6.0000e-02        0.7246          268    4.0601e+02    1.0000e+00
 +
  6.0000e-02    7.0000e-02        0.7007          328    4.4218e+03    1.0000e+00
 +
  7.0000e-02    8.0000e-02        0.6649          408    2.3074e+02    1.0000e+00
 +
  8.0000e-02    9.0000e-02        0.6015          520    3.9558e+03    1.0000e+00
 +
  9.0000e-02    1.0000e-01        0.6063          672    9.1944e+02    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====nS=10で実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/  10        0.00        9.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6914          552    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    1/  10        9.00      18.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572          304    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    2/  10      18.00      27.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6687          376    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    3/  10      27.00      36.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6560          296    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    4/  10      36.00      45.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6729          296    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    5/  10      45.00      54.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.7008          232    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    6/  10      54.00      63.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6690          196    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    7/  10      63.00      72.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572          176    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    8/  10      72.00      81.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.5504            92    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
##Sector index    9/  10      81.00      90.00        9.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6745            68    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====dA=3で実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6691          2588    1.5496e+05    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====AAS=0.01で実行====
 +
<pre>
 +
All Area Scaling Calc. Start: 1
 +
ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    3.2948e+04    9.9561e-01
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====-ASで実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    2.8993e+04    9.9509e-01
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====-RSで実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.6289          2588    4.2090e+03    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===-I のデータで実行===
 +
====その他のオプション設定なし====
 +
<pre>
 +
sumPP is zero
 +
sumPP is zero
 +
 +
-中略-
 +
 +
sumPP is zero
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    1.0000e-01        0.8316          5176    2.6579e+05    1.0000e+00    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行====
 +
<pre>
 +
##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
 +
##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
 +
  0.0000e+00    5.0000e-02        0.9090          784    9.9502e+02    1.0000e+00    1.0000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
==参考文献==
 +
* [http://www.nature.com/nature/journal/v424/n6949/full/nature01830.html Complete atomic model of the bacterial flagellar filament by electron cryomicroscopy]

2014年6月3日 (火) 10:10時点における最新版

mrcImageFOMCalcとはmrcImage(3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出するEosのコマンドである。

アルゴリズム

FOM(Figure of merit)のアルゴリズムについては下記、参考文献を参照。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT)(3D) NULL
-I 選択 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(FFT)(3D) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-w 選択 Weight 1.0
-RR 選択 Ring Range (Rmin, Rmax) (0.0, 0.1)
-dR 選択 Ring Width 0.0
-nS 選択 Sector Number 1
-dA 選択 delta Alpha 5
-XMax 選択 Xmax: If not set, one calc Xmax 0.0
-AS 選択 Auto Scaling
-AAS 選択 All Area Auto Scaling 0.05
-RS 選択 R Scaling
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-i, -I のいずれかは必須項目


モードの詳細

モード 説明
0


-I のフォーマット

3DFFTファイル
3DFFTファイル
.
.


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-N-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.466157 (79, 38, 83)

11101.8 (0, 0, 0)
417.825
227.083

0.227083


Input-121P-N1-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.337695 (84, 41, 49)

10881.2 (0, 0, 0)
418.011
227.229

0.227229


-I のデータ
Input-121P-N.fft	1.0
Input-121P-N2.fft	1.0
Input-121P-N.fftは-i のファイルを使用する

Input-121P-N2-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2175.23 (42, 93, 33)

4252.65 (42, 64, 56)
10.8573
474.411

0.474411


-i のデータで実行

その他のオプション設定なし

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    1.5496e+05    1.0000e+00


w=2.0で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6078          2588    8.5440e+02    2.0000e+00


RR=(0.1, 0.6)で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   1.0000e-01    6.0000e-01        0.4923        408780    8.8144e+04    1.0000e+00


dR=0.01で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-02           nan             0    0.0000e+00    1.0000e+00
   1.0000e-02    2.0000e-02        0.9982            28    1.5495e+05    1.0000e+00
   2.0000e-02    3.0000e-02        0.9407            60    1.5496e+05    1.0000e+00
   3.0000e-02    4.0000e-02        0.8423           112    1.0873e+04    1.0000e+00
   4.0000e-02    5.0000e-02        0.7840           156    1.0872e+04    1.0000e+00
   5.0000e-02    6.0000e-02        0.7246           268    4.0601e+02    1.0000e+00
   6.0000e-02    7.0000e-02        0.7007           328    4.4218e+03    1.0000e+00
   7.0000e-02    8.0000e-02        0.6649           408    2.3074e+02    1.0000e+00
   8.0000e-02    9.0000e-02        0.6015           520    3.9558e+03    1.0000e+00
   9.0000e-02    1.0000e-01        0.6063           672    9.1944e+02    1.0000e+00


nS=10で実行

##Sector index     0/   10        0.00        9.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6914           552    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     1/   10        9.00       18.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           304    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     2/   10       18.00       27.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6687           376    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     3/   10       27.00       36.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6560           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     4/   10       36.00       45.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6729           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     5/   10       45.00       54.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.7008           232    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     6/   10       54.00       63.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6690           196    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     7/   10       63.00       72.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           176    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     8/   10       72.00       81.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.5504            92    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     9/   10       81.00       90.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6745            68    1.5496e+05    1.0000e+00


dA=3で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6691          2588    1.5496e+05    1.0000e+00


AAS=0.01で実行

All Area Scaling Calc. Start: 1
ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    3.2948e+04    9.9561e-01


-ASで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    2.8993e+04    9.9509e-01


-RSで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6289          2588    4.2090e+03    1.0000e+00


-I のデータで実行

その他のオプション設定なし

sumPP is zero
sumPP is zero

-中略-

sumPP is zero
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.8316          5176    2.6579e+05    1.0000e+00    1.0000e+00


-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    5.0000e-02        0.9090           784    9.9502e+02    1.0000e+00    1.0000e+00


参考文献


「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageFOMCalc&oldid=9305」から取得