「mrcImageFOMCalc」の版間の差分

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−	'''mrcImageFOMCalc'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。	+	'''mrcImageFOMCalc'''とは[[mrcImage]](3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
		+	==アルゴリズム==
		+	<div>FOM(Figure of merit)のアルゴリズムについては下記、参考文献を参照。</div>
		+	<br>
	== オプション一覧 ==		== オプション一覧 ==
行14:		行17:
	<td>-i</td>		<td>-i</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>	+	<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)(3D)</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行26:		行29:
	<td>-r</td>		<td>-r</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>参照ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>	+	<td>参照ファイル: [[mrcImage]](FFT)(3D)</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行122:		行125:
	</tr>		</tr>
	</table>		</table>
		+	<br>
		+
		+	===-I のフォーマット===
		+	<pre>
		+	3DFFTファイル
		+	3DFFTファイル
		+	.
		+	.
		+
		+	</pre>
	<br>		<br>
	== 実行例 ==		== 実行例 ==
	===入力ファイルの画像===		===入力ファイルの画像===
−	<div>[[:Media:Input-1VOM-N-2D.fft|-iのファイル]]の画像</div>	+	<div>[[:Media:Input-121P-N.fft|-iのファイル]]の画像</div>
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-N-2D-FFT.png]]<br>	+	<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N-FFT.png]]<br>
	[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>		[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
	</td>		</td>
行138:		行151:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">54.0292 (62, 14, 0)<br>	+	<td><p align="left">0.466157 (79, 38, 83)<br>
−	577190 (0, 0, 0)<br>	+	11101.8 (0, 0, 0)<br>
−	6065.8<br>	+	417.825<br>
−	13473.6<br>	+	227.083<br>
−	168.42<br></p>	+	0.227083<br></p>
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
行148:		行161:
	<br>		<br>
−	<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.fft|-rのファイル]]の画像</div>	+	<div>[[:Media:Input-121P-N1.fft|-rのファイル]]の画像</div>
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-2D-FFT.png]]<br>	+	<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N1-FFT.png]]<br>
	[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>		[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
	</td>		</td>
行160:		行173:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">18.4637 (75, 36, 0)<br>	+	<td><p align="left">0.337695 (84, 41, 49)<br>
−	577032 (0, 0, 0)<br>	+	10881.2 (0, 0, 0)<br>
−	3573.53<br>	+	418.011<br>
−	13475.7<br>	+	227.229<br>
−	168.446<br></p>	+	0.227229<br></p>
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
行172:		行185:
	<div>-I のデータ</div>		<div>-I のデータ</div>
	<pre>		<pre>
−	Input-1VOM-N-2D.fft	+	Input-121P-N.fft 1.0
−	Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft	+	Input-121P-N2.fft 1.0
−	Input-1VOM-N-Rot5-2D.fft	+
	</pre>		</pre>
−	<div>Input-1VOM-N-2D.fftは-i のファイルを使用する</div>	+	<div>Input-121P-N.fftは-i のファイルを使用する</div>
−	<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft|Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft]]の画像</div>	+	<div>[[:Media:Input-121P-N2.fft|Input-121P-N2.fft]]の画像</div>
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D-FFT.png]]<br>	+	<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-N2-FFT.png]]<br>
	[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>		[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
	</td>		</td>
行190:		行203:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">57.2237 (78, 32, 0)<br>	+	<td><p align="left">-2175.23 (42, 93, 33)<br>
−	520564 (0, 0, 0)<br>	+	4252.65 (42, 64, 56)<br>
−	4898.64<br>	+	10.8573<br>
−	12077.5<br>	+	474.411<br>
−	150.969<br></p>	+	0.474411<br></p>
−	</td>	+
−	</tr>	+
−	</table>	+
−		+
−	<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot5-2D.fft|Input-1VOM-N-Rot5-2D.fft]]の画像</div>	+
−	<table>	+
−	<tr>	+
−	<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-N-Rot5-2D-FFT.png]]<br>	+
−	[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>	+
−	</td>	+
−	<td><p align="left">最小<br>	+
−	最大<br>	+
−	平均値<br>	+
−	標準偏差<br>	+
−	標準誤差<br></p>	+
−	</td>	+
−	<td><p align="left">83.3568 (76, 55, 0)<br>	+
−	521761 (0, 0, 0)<br>	+
−	4886.83<br>	+
−	12609.7<br>	+
−	157.621<br></p>	+
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
行226:		行218:
	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00		##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01        0.9152          114   5.7563e+03   1.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588   1.5496e+05   1.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
行234:		行226:
	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00		##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01        0.8142          114   8.6251e+02    2.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6078          2588   8.5440e+02    2.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
−	====RR=(0.1, 0.2)で実行====	+	====RR=(0.1, 0.6)で実行====
	<pre>		<pre>
	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00		##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	1.0000e-01    2.0000e-01        0.8018          316   5.6657e+03   1.0000e+00	+	1.0000e-01    6.0000e-01        0.4923        408780   8.8144e+04   1.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
行248:		行240:
	====dR=0.01で実行====		====dR=0.01で実行====
	<pre>		<pre>
		+	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
	0.0000e+00    1.0000e-02          nan            0    0.0000e+00    1.0000e+00		0.0000e+00    1.0000e-02          nan            0    0.0000e+00    1.0000e+00
−	1.0000e-02    2.0000e-02        0.9995            6   5.7563e+03   1.0000e+00	+	1.0000e-02    2.0000e-02        0.9982            28   1.5495e+05   1.0000e+00
−	2.0000e-02    3.0000e-02        0.9683            8   1.1485e+03   1.0000e+00	+	2.0000e-02    3.0000e-02        0.9407            60   1.5496e+05   1.0000e+00
−	3.0000e-02    4.0000e-02        0.9902            10   4.7958e+02   1.0000e+00	+	3.0000e-02    4.0000e-02        0.8423          112   1.0873e+04   1.0000e+00
−	4.0000e-02    5.0000e-02        0.9774            4   4.0431e+02   1.0000e+00	+	4.0000e-02    5.0000e-02        0.7840          156   1.0872e+04   1.0000e+00
−	5.0000e-02    6.0000e-02        0.9765            14   3.3161e+02    1.0000e+00	+	5.0000e-02    6.0000e-02        0.7246          268   4.0601e+02    1.0000e+00
−	6.0000e-02    7.0000e-02        0.9611            16   1.1842e+02   1.0000e+00	+	6.0000e-02    7.0000e-02        0.7007          328   4.4218e+03   1.0000e+00
−	7.0000e-02    8.0000e-02        0.8315            18   3.6601e+01   1.0000e+00	+	7.0000e-02    8.0000e-02        0.6649          408   2.3074e+02   1.0000e+00
−	8.0000e-02    9.0000e-02        0.8072            18   1.2327e+02   1.0000e+00	+	8.0000e-02    9.0000e-02        0.6015          520   3.9558e+03   1.0000e+00
−	9.0000e-02    1.0000e-01        0.9391            16   1.8912e+02    1.0000e+00	+	9.0000e-02    1.0000e-01        0.6063          672   9.1944e+02    1.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
−	===-I のデータで実行===	+	====nS=10で実行====
−	====その他のオプション設定なし====	+	<pre>
		+	##Sector index    0/  10        0.00        9.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6914          552    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    1/  10        9.00      18.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572          304    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    2/  10      18.00      27.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6687          376    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    3/  10      27.00      36.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6560          296    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    4/  10      36.00      45.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6729          296    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    5/  10      45.00      54.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.7008          232    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    6/  10      54.00      63.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6690          196    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    7/  10      63.00      72.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572          176    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    8/  10      72.00      81.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.5504            92    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	##Sector index    9/  10      81.00      90.00        9.00
		+	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
		+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6745            68    1.5496e+05    1.0000e+00
		+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	====dA=3で実行====
	<pre>		<pre>
	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00		##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01        1.3958          342   5.7563e+03   1.0000e+00    2.0000e+00    3.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6691          2588   1.5496e+05   1.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
−	====nS=5で実行====	+	====AAS=0.01で実行====
	<pre>		<pre>
−	##Sector index    0/    5       0.00      18.00      18.00	+	All Area Scaling Calc. Start: 1
		+	ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06
		+	##Sector index    0/    1       0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01        0.9152          114   5.7563e+03   1.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588   3.2948e+04   9.9561e-01
−	##Sector index    1/    5      18.00      36.00      18.00	+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	====-ASで実行====
		+	<pre>
		+	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01           nan            0    5.7563e+03   1.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01       0.6693          2588   2.8993e+04   9.9509e-01
−	##Sector index    2/    5      36.00      54.00      18.00	+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	====-RSで実行====
		+	<pre>
		+	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01           nan            0    5.7563e+03    1.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01       0.6289          2588   4.2090e+03    1.0000e+00
−	##Sector index    3/    5      54.00      72.00      18.00	+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	===-I のデータで実行===
		+	====その他のオプション設定なし====
		+	<pre>
		+	sumPP is zero
		+	sumPP is zero
		+
		+	-中略-
		+
		+	sumPP is zero
		+	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01           nan            0    5.7563e+03   1.0000e+00	+	0.0000e+00    1.0000e-01       0.8316          5176   2.6579e+05    1.0000e+00   1.0000e+00
−	##Sector index    4/    5      72.00      90.00      18.00	+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	====-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行====
		+	<pre>
		+	##Sector index    0/    1        0.00      90.00      90.00
	##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling		##      minR<        <=maxR          FOM          Num          XMax      Scaling
−	0.0000e+00    1.0000e-01          nan            0    5.7563e+03   1.0000e+00	+	0.0000e+00    5.0000e-02        0.9090          784   9.9502e+02    1.0000e+00   1.0000e+00
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
		+
		+	==参考文献==
		+	* [http://www.nature.com/nature/journal/v424/n6949/full/nature01830.html Complete atomic model of the bacterial flagellar filament by electron cryomicroscopy]

---

2014年6月3日 (火) 10:10時点における最新版

mrcImageFOMCalcとはmrcImage(3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出するEosのコマンドである。

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル: mrcImage(FFT)(3D)	NULL
-I	選択	入力ファイルリスト: ASCII	NULL
-r	必須	参照ファイル: mrcImage(FFT)(3D)	NULL
-o	選択	出力ファイル: ASCII	stdout
-w	選択	Weight	1.0
-RR	選択	Ring Range (Rmin, Rmax)	(0.0, 0.1)
-dR	選択	Ring Width	0.0
-nS	選択	Sector Number	1
-dA	選択	delta Alpha	5
-XMax	選択	Xmax: If not set, one calc Xmax	0.0
-AS	選択	Auto Scaling
-AAS	選択	All Area Auto Scaling	0.05
-RS	選択	R Scaling
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-I のフォーマット

3DFFTファイル
3DFFTファイル
.
.

実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0.466157 (79, 38, 83) 11101.8 (0, 0, 0) 417.825 227.083 0.227083

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0.337695 (84, 41, 49) 10881.2 (0, 0, 0) 418.011 227.229 0.227229

Input-121P-N.fft	1.0
Input-121P-N2.fft	1.0

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-2175.23 (42, 93, 33) 4252.65 (42, 64, 56) 10.8573 474.411 0.474411

-i のデータで実行

その他のオプション設定なし

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    1.5496e+05    1.0000e+00

w=2.0で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6078          2588    8.5440e+02    2.0000e+00

RR=(0.1, 0.6)で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   1.0000e-01    6.0000e-01        0.4923        408780    8.8144e+04    1.0000e+00

dR=0.01で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-02           nan             0    0.0000e+00    1.0000e+00
   1.0000e-02    2.0000e-02        0.9982            28    1.5495e+05    1.0000e+00
   2.0000e-02    3.0000e-02        0.9407            60    1.5496e+05    1.0000e+00
   3.0000e-02    4.0000e-02        0.8423           112    1.0873e+04    1.0000e+00
   4.0000e-02    5.0000e-02        0.7840           156    1.0872e+04    1.0000e+00
   5.0000e-02    6.0000e-02        0.7246           268    4.0601e+02    1.0000e+00
   6.0000e-02    7.0000e-02        0.7007           328    4.4218e+03    1.0000e+00
   7.0000e-02    8.0000e-02        0.6649           408    2.3074e+02    1.0000e+00
   8.0000e-02    9.0000e-02        0.6015           520    3.9558e+03    1.0000e+00
   9.0000e-02    1.0000e-01        0.6063           672    9.1944e+02    1.0000e+00

nS=10で実行

##Sector index     0/   10        0.00        9.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6914           552    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     1/   10        9.00       18.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           304    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     2/   10       18.00       27.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6687           376    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     3/   10       27.00       36.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6560           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     4/   10       36.00       45.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6729           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     5/   10       45.00       54.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.7008           232    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     6/   10       54.00       63.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6690           196    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     7/   10       63.00       72.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           176    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     8/   10       72.00       81.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.5504            92    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     9/   10       81.00       90.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6745            68    1.5496e+05    1.0000e+00

dA=3で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6691          2588    1.5496e+05    1.0000e+00

AAS=0.01で実行

All Area Scaling Calc. Start: 1
ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    3.2948e+04    9.9561e-01

-ASで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    2.8993e+04    9.9509e-01

-RSで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6289          2588    4.2090e+03    1.0000e+00

-I のデータで実行

その他のオプション設定なし

sumPP is zero
sumPP is zero

-中略-

sumPP is zero
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.8316          5176    2.6579e+05    1.0000e+00    1.0000e+00

-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    5.0000e-02        0.9090           784    9.9502e+02    1.0000e+00    1.0000e+00

参考文献

• Complete atomic model of the bacterial flagellar filament by electron cryomicroscopy