「mrcImageFOMCalc」の版間の差分
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'''mrcImageFOMCalc'''とは[[mrcImage]](3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | '''mrcImageFOMCalc'''とは[[mrcImage]](3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | ||
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+ | ==参考文献== | ||
+ | * [http://www.nature.com/nature/journal/v424/n6949/full/nature01830.html Complete atomic model of the bacterial flagellar filament by electron cryomicroscopy] |
2014年6月3日 (火) 10:10時点における最新版
mrcImageFOMCalcとはmrcImage(3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出するEosのコマンドである。
アルゴリズム
FOM(Figure of merit)のアルゴリズムについては下記、参考文献を参照。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(FFT)(3D) | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイルリスト: ASCII | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage(FFT)(3D) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-w | 選択 | Weight | 1.0 |
-RR | 選択 | Ring Range (Rmin, Rmax) | (0.0, 0.1) |
-dR | 選択 | Ring Width | 0.0 |
-nS | 選択 | Sector Number | 1 |
-dA | 選択 | delta Alpha | 5 |
-XMax | 選択 | Xmax: If not set, one calc Xmax | 0.0 |
-AS | 選択 | Auto Scaling | |
-AAS | 選択 | All Area Auto Scaling | 0.05 |
-RS | 選択 | R Scaling | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-i, -I のいずれかは必須項目
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-I のフォーマット
3DFFTファイル 3DFFTファイル . .
実行例
入力ファイルの画像
-iのファイルの画像
|
最小 最大 |
0.466157 (79, 38, 83) 11101.8 (0, 0, 0) |
-rのファイルの画像
|
最小 最大 |
0.337695 (84, 41, 49) 10881.2 (0, 0, 0) |
-I のデータ
Input-121P-N.fft 1.0 Input-121P-N2.fft 1.0
Input-121P-N.fftは-i のファイルを使用する
|
最小 最大 |
-2175.23 (42, 93, 33) 4252.65 (42, 64, 56) |
-i のデータで実行
その他のオプション設定なし
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6693 2588 1.5496e+05 1.0000e+00
w=2.0で実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6078 2588 8.5440e+02 2.0000e+00
RR=(0.1, 0.6)で実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 1.0000e-01 6.0000e-01 0.4923 408780 8.8144e+04 1.0000e+00
dR=0.01で実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-02 nan 0 0.0000e+00 1.0000e+00 1.0000e-02 2.0000e-02 0.9982 28 1.5495e+05 1.0000e+00 2.0000e-02 3.0000e-02 0.9407 60 1.5496e+05 1.0000e+00 3.0000e-02 4.0000e-02 0.8423 112 1.0873e+04 1.0000e+00 4.0000e-02 5.0000e-02 0.7840 156 1.0872e+04 1.0000e+00 5.0000e-02 6.0000e-02 0.7246 268 4.0601e+02 1.0000e+00 6.0000e-02 7.0000e-02 0.7007 328 4.4218e+03 1.0000e+00 7.0000e-02 8.0000e-02 0.6649 408 2.3074e+02 1.0000e+00 8.0000e-02 9.0000e-02 0.6015 520 3.9558e+03 1.0000e+00 9.0000e-02 1.0000e-01 0.6063 672 9.1944e+02 1.0000e+00
nS=10で実行
##Sector index 0/ 10 0.00 9.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6914 552 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 1/ 10 9.00 18.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6572 304 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 2/ 10 18.00 27.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6687 376 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 3/ 10 27.00 36.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6560 296 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 4/ 10 36.00 45.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6729 296 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 5/ 10 45.00 54.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.7008 232 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 6/ 10 54.00 63.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6690 196 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 7/ 10 63.00 72.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6572 176 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 8/ 10 72.00 81.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.5504 92 1.5496e+05 1.0000e+00 ##Sector index 9/ 10 81.00 90.00 9.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6745 68 1.5496e+05 1.0000e+00
dA=3で実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6691 2588 1.5496e+05 1.0000e+00
AAS=0.01で実行
All Area Scaling Calc. Start: 1 ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06 ##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6693 2588 3.2948e+04 9.9561e-01
-ASで実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6693 2588 2.8993e+04 9.9509e-01
-RSで実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.6289 2588 4.2090e+03 1.0000e+00
-I のデータで実行
その他のオプション設定なし
sumPP is zero sumPP is zero -中略- sumPP is zero ##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 1.0000e-01 0.8316 5176 2.6579e+05 1.0000e+00 1.0000e+00
-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行
##Sector index 0/ 1 0.00 90.00 90.00 ## minR< <=maxR FOM Num XMax Scaling 0.0000e+00 5.0000e-02 0.9090 784 9.9502e+02 1.0000e+00 1.0000e+00