「mrcImageFeatureCalc」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(メインオプション)
(メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の10版が非表示)
行48: 行48:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>-oL</td>  
+
<td>-oS</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>出力ファイル:表面画像(3D)の計算</td>  
 
<td>出力ファイル:表面画像(3D)の計算</td>  
行95: 行95:
 
===オプション指定なし===
 
===オプション指定なし===
 
<div></div>
 
<div></div>
 +
id: ラベル ラベル0は背景
  
出力ファイル
+
gc: 重心
<pre>
+
 
     id        gcx        gcy        gcz        area startx starty startz  surfArea  circularity
+
area: 面積(体積)
000000    34.4354    34.4132    47.8910  428697.0000      0      0      0    0.0000  10000.0000
+
 
000001    46.7244    21.8306    52.1859  21705.0000    40      9      0  9337.0000      0.0655
+
start: 始点(周辺、表面積)
000002    20.2446    18.4345    5.6273    695.0000    20    18      0  475.0000      0.5097
+
 
000003    46.9393    34.3125    6.8051    544.0000    45    33      0  428.0000      0.4269
+
perimeter: 周辺長
000004    24.3666    48.6168    48.2675  23005.0000    21    48      0  9544.0000      0.0689
+
 
000005    23.0000    37.0000    1.0000      3.0000    22    37      1    3.0000      37.6991
+
surfArea: 表面積
000006    59.5970    43.9552    8.7761      67.0000    59    44      6    66.0000      1.7659
+
 
000007    12.2787    19.6557    22.3607      61.0000    13    20    19    59.0000      2.0491
+
circularity: 円形度(球形度)
000008    48.0000    46.0000    41.5000      2.0000    48    46    41    2.0000      56.5487
+
円形度=4*PI*面積/(周辺長)^2
000009    44.0000    45.0000    42.0000      1.0000    44    45    42    1.0000    113.0973
+
球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3
000010    26.2264    32.6415    47.6226      53.0000    27    32    43    53.0000      2.1339
+
 
000011    12.3577    37.9024    54.4797    123.0000    12    37    52  114.0000      1.1549
+
complexity: 複雑度
000012    26.4244    24.7267    60.0756    172.0000    29    24    55  172.0000      0.6575
+
複雑度(2D) = (周辺長)^2/(面積)
000013    38.0000    39.5000    55.0000      2.0000    38    39    55    2.0000      56.5487
+
複雑度(3D) = (表面積)^3/(体積)^2
000014    41.9074    38.1667    60.8704      54.0000    41    38    57    54.0000      2.0944
+
 
000015    56.9273    35.9182    68.0545    110.0000    57    33    66  100.0000      1.3685
+
出力ファイル:2次元画像
000016    30.0000    25.0000    67.5000      2.0000    30    25    67    2.0000      56.5487
+
<code>
000017    31.6667    29.0000    68.6667      3.0000    32    29    68    3.0000      37.6991
+
    id        gcx        gcy        gcz        area startx starty startz  perimeter  circularity  complexity     diameter
000018    34.0000    28.0000    95.0000      1.0000    34    28    95    1.0000    113.0973
+
000000    33.9348    34.7792    0.0000    4338.0000      0      0      0    -1.0000  10000.0000  10000.0000  10000.0000
</pre>
+
000001    48.8459    20.7803    0.0000    305.0000    46    13      0    75.0000      0.6814      18.4426      9.8531
 +
000002    28.5500    24.7000    0.0000      20.0000    27    21      0    23.0000      0.4751      26.4500      2.5231
 +
000003    23.8947    25.0526    0.0000      19.0000    22    22      0    21.0000      0.5414      23.2105      2.4592
 +
000004    41.5000    38.1250    0.0000      8.0000    41    37      0    11.0000      0.8308      15.1250      1.5958
 +
000005    26.6000    50.3095    0.0000    210.0000    20    43      0    65.0000      0.6246      20.1190      8.1759
 +
</code>
 +
 
 +
出力ファイル:3次元画像
 +
<code>
 +
    id        gcx        gcy        gcz        area startx starty startz  surfArea  circularity   complexity    diameter
 +
000000    34.4354    34.4132    47.8910  428697.0000      0      0      0    0.0000  10000.0000  10000.0000  10000.0000
 +
000001    46.7244    21.8306    52.1859  21705.0000    40      9      0  9337.0000      0.0655   1727.8359      17.3044
 +
000002    20.2446    18.4345    5.6273    695.0000    20    18      0  475.0000      0.5097     221.8765      5.4950
 +
000003    46.9393    34.3125    6.8051    544.0000    45    33      0  428.0000      0.4269     264.9314      5.0641
 +
000004    24.3666    48.6168    48.2675  23005.0000    21    48      0  9544.0000      0.0689   1642.6568      17.6432
 +
000005    23.0000    37.0000    1.0000      3.0000    22    37      1    3.0000      37.6991       3.0000      0.8947
 +
000006    59.5970    43.9552    8.7761      67.0000    59    44      6    66.0000      1.7659     64.0446      2.5196
 +
000007    12.2787    19.6557    22.3607      61.0000    13    20    19    59.0000      2.0491     55.1946      2.4420
 +
000008    48.0000    46.0000    41.5000      2.0000    48    46    41    2.0000      56.5487       2.0000      0.7816
 +
000009    44.0000    45.0000    42.0000      1.0000    44    45    42    1.0000    113.0973       1.0000      0.6204
 +
000010    26.2264    32.6415    47.6226      53.0000    27    32    43    53.0000      2.1339     53.0000      2.3302
 +
000011    12.3577    37.9024    54.4797    123.0000    12    37    52  114.0000      1.1549     97.9274      3.0851
 +
000012    26.4244    24.7267    60.0756    172.0000    29    24    55  172.0000      0.6575     172.0000      3.4500
 +
000013    38.0000    39.5000    55.0000      2.0000    38    39    55    2.0000      56.5487       2.0000      0.7816
 +
000014    41.9074    38.1667    60.8704      54.0000    41    38    57    54.0000      2.0944     54.0000      2.3448
 +
000015    56.9273    35.9182    68.0545    110.0000    57    33    66  100.0000      1.3685     82.6446      2.9724
 +
000016    30.0000    25.0000    67.5000      2.0000    30    25    67    2.0000      56.5487       2.0000      0.7816
 +
000017    31.6667    29.0000    68.6667      3.0000    32    29    68    3.0000      37.6991       3.0000      0.8947
 +
000018    34.0000    28.0000    95.0000      1.0000    34    28    95    1.0000    113.0973       1.0000      0.6204
 +
 
 +
</code>

2016年6月19日 (日) 17:27時点における最新版

mrcImageFeatureCalcとは、2値化画像で求められるラベル化された粒子毎にその情報を実施するEosコマンドである。

ラベル化された粒子毎の面積、表面積(周辺長)、円形度などを表示します。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCIIファイル stdout
-oL 選択 出力ファイル:ラベル画像 NULL
-oGC 選択 出力ファイル:重心画像 NULL
-oP 選択 出力ファイル:周辺長画像(2D)の計算 NULL
-oS 選択 出力ファイル:表面画像(3D)の計算 NULL
-n 選択 近傍を設定[2D: 4|8 or 3D: 6|18|26 ] 0
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

実行例

オプション指定なし

id: ラベル ラベル0は背景

gc: 重心

area: 面積(体積)

start: 始点(周辺、表面積)

perimeter: 周辺長

surfArea: 表面積

circularity: 円形度(球形度)

円形度=4*PI*面積/(周辺長)^2
球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3

complexity: 複雑度

複雑度(2D) = (周辺長)^2/(面積)
複雑度(3D) = (表面積)^3/(体積)^2

出力ファイル:2次元画像

    id        gcx        gcy        gcz         area startx starty startz  perimeter  circularity   complexity     diameter
000000    33.9348    34.7792     0.0000    4338.0000      0      0      0    -1.0000   10000.0000   10000.0000   10000.0000 
000001    48.8459    20.7803     0.0000     305.0000     46     13      0    75.0000       0.6814      18.4426       9.8531
000002    28.5500    24.7000     0.0000      20.0000     27     21      0    23.0000       0.4751      26.4500       2.5231
000003    23.8947    25.0526     0.0000      19.0000     22     22      0    21.0000       0.5414      23.2105       2.4592
000004    41.5000    38.1250     0.0000       8.0000     41     37      0    11.0000       0.8308      15.1250       1.5958
000005    26.6000    50.3095     0.0000     210.0000     20     43      0    65.0000       0.6246      20.1190       8.1759

出力ファイル:3次元画像

    id        gcx        gcy        gcz         area startx starty startz   surfArea  circularity   complexity     diameter
000000    34.4354    34.4132    47.8910  428697.0000      0      0      0     0.0000   10000.0000   10000.0000   10000.0000
000001    46.7244    21.8306    52.1859   21705.0000     40      9      0  9337.0000       0.0655    1727.8359      17.3044
000002    20.2446    18.4345     5.6273     695.0000     20     18      0   475.0000       0.5097     221.8765       5.4950
000003    46.9393    34.3125     6.8051     544.0000     45     33      0   428.0000       0.4269     264.9314       5.0641
000004    24.3666    48.6168    48.2675   23005.0000     21     48      0  9544.0000       0.0689    1642.6568      17.6432
000005    23.0000    37.0000     1.0000       3.0000     22     37      1     3.0000      37.6991       3.0000       0.8947
000006    59.5970    43.9552     8.7761      67.0000     59     44      6    66.0000       1.7659      64.0446       2.5196
000007    12.2787    19.6557    22.3607      61.0000     13     20     19    59.0000       2.0491      55.1946       2.4420
000008    48.0000    46.0000    41.5000       2.0000     48     46     41     2.0000      56.5487       2.0000       0.7816
000009    44.0000    45.0000    42.0000       1.0000     44     45     42     1.0000     113.0973       1.0000       0.6204
000010    26.2264    32.6415    47.6226      53.0000     27     32     43    53.0000       2.1339      53.0000       2.3302
000011    12.3577    37.9024    54.4797     123.0000     12     37     52   114.0000       1.1549      97.9274       3.0851
000012    26.4244    24.7267    60.0756     172.0000     29     24     55   172.0000       0.6575     172.0000       3.4500
000013    38.0000    39.5000    55.0000       2.0000     38     39     55     2.0000      56.5487       2.0000       0.7816
000014    41.9074    38.1667    60.8704      54.0000     41     38     57    54.0000       2.0944      54.0000       2.3448
000015    56.9273    35.9182    68.0545     110.0000     57     33     66   100.0000       1.3685      82.6446       2.9724
000016    30.0000    25.0000    67.5000       2.0000     30     25     67     2.0000      56.5487       2.0000       0.7816
000017    31.6667    29.0000    68.6667       3.0000     32     29     68     3.0000      37.6991       3.0000       0.8947
000018    34.0000    28.0000    95.0000       1.0000     34     28     95     1.0000     113.0973       1.0000       0.6204