mrcImageFeatureCalc

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2015年9月16日 (水) 21:49時点におけるTacyas (トーク | 投稿記録)による版

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mrcImageFeatureCalcとは、2値化画像で求められるラベル化された粒子毎にその情報を実施するEosコマンドである。

ラベル化された粒子毎の面積、表面積(周辺長)、円形度などを表示します。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCIIファイル stdout
-oL 選択 出力ファイル:ラベル画像 NULL
-oGC 選択 出力ファイル:重心画像 NULL
-oP 選択 出力ファイル:周辺長画像(2D)の計算 NULL
-oL 選択 出力ファイル:表面画像(3D)の計算 NULL
-n 選択 近傍を設定[2D: 4|8 or 3D: 6|18|26 ] 0
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

実行例

オプション指定なし

id: ラベル ラベル0は背景

gc: 重心

area: 面積(体積)

start: 始点(周辺、表面積)

perimeter: 周辺長

surfArea: 表面積

circularity: 円形度(球形度)

円形度=4*PI*面積/(周辺長)^2
球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3


出力ファイル:2次元画像

    id        gcx        gcy        gcz         area startx starty startz  perimeter  circularity
000000    33.9348    34.7792     0.0000    4338.0000      0      0      0    -1.0000   10000.0000
000001    48.8459    20.7803     0.0000     305.0000     46     13      0    75.0000       0.6814
000002    28.5500    24.7000     0.0000      20.0000     27     21      0    23.0000       0.4751
000003    23.8947    25.0526     0.0000      19.0000     22     22      0    21.0000       0.5414
000004    41.5000    38.1250     0.0000       8.0000     41     37      0    11.0000       0.8308
000005    26.6000    50.3095     0.0000     210.0000     20     43      0    65.0000       0.6246

出力ファイル:3次元画像

    id        gcx        gcy        gcz         area startx starty startz   surfArea  circularity
000000    34.4354    34.4132    47.8910  428697.0000      0      0      0     0.0000   10000.0000
000001    46.7244    21.8306    52.1859   21705.0000     40      9      0  9337.0000       0.0655
000002    20.2446    18.4345     5.6273     695.0000     20     18      0   475.0000       0.5097
000003    46.9393    34.3125     6.8051     544.0000     45     33      0   428.0000       0.4269
000004    24.3666    48.6168    48.2675   23005.0000     21     48      0  9544.0000       0.0689
000005    23.0000    37.0000     1.0000       3.0000     22     37      1     3.0000      37.6991
000006    59.5970    43.9552     8.7761      67.0000     59     44      6    66.0000       1.7659
000007    12.2787    19.6557    22.3607      61.0000     13     20     19    59.0000       2.0491
000008    48.0000    46.0000    41.5000       2.0000     48     46     41     2.0000      56.5487
000009    44.0000    45.0000    42.0000       1.0000     44     45     42     1.0000     113.0973
000010    26.2264    32.6415    47.6226      53.0000     27     32     43    53.0000       2.1339
000011    12.3577    37.9024    54.4797     123.0000     12     37     52   114.0000       1.1549
000012    26.4244    24.7267    60.0756     172.0000     29     24     55   172.0000       0.6575
000013    38.0000    39.5000    55.0000       2.0000     38     39     55     2.0000      56.5487
000014    41.9074    38.1667    60.8704      54.0000     41     38     57    54.0000       2.0944
000015    56.9273    35.9182    68.0545     110.0000     57     33     66   100.0000       1.3685
000016    30.0000    25.0000    67.5000       2.0000     30     25     67     2.0000      56.5487
000017    31.6667    29.0000    68.6667       3.0000     32     29     68     3.0000      37.6991
000018    34.0000    28.0000    95.0000       1.0000     34     28     95     1.0000     113.0973