「mrcImageFeatureCalc」の版間の差分
(→オプション指定なし) |
(→オプション指定なし) |
||
| 行114: | 行114: | ||
出力ファイル：２次元画像 | 出力ファイル：２次元画像 | ||
| − | < | + | <code> |
id gcx gcy gcz area startx starty startz perimeter circularity | id gcx gcy gcz area startx starty startz perimeter circularity | ||
000000 33.9348 34.7792 0.0000 4338.0000 0 0 0 -1.0000 10000.0000 | 000000 33.9348 34.7792 0.0000 4338.0000 0 0 0 -1.0000 10000.0000 | ||
| 行122: | 行122: | ||
000004 41.5000 38.1250 0.0000 8.0000 41 37 0 11.0000 0.8308 | 000004 41.5000 38.1250 0.0000 8.0000 41 37 0 11.0000 0.8308 | ||
000005 26.6000 50.3095 0.0000 210.0000 20 43 0 65.0000 0.6246 | 000005 26.6000 50.3095 0.0000 210.0000 20 43 0 65.0000 0.6246 | ||
| − | </ | + | </code> |
出力ファイル：３次元画像 | 出力ファイル：３次元画像 | ||
| − | < | + | <code> |
id gcx gcy gcz area startx starty startz surfArea circularity | id gcx gcy gcz area startx starty startz surfArea circularity | ||
000000 34.4354 34.4132 47.8910 428697.0000 0 0 0 0.0000 10000.0000 | 000000 34.4354 34.4132 47.8910 428697.0000 0 0 0 0.0000 10000.0000 | ||
| 行145: | 行145: | ||
000017 31.6667 29.0000 68.6667 3.0000 32 29 68 3.0000 37.6991 | 000017 31.6667 29.0000 68.6667 3.0000 32 29 68 3.0000 37.6991 | ||
000018 34.0000 28.0000 95.0000 1.0000 34 28 95 1.0000 113.0973 | 000018 34.0000 28.0000 95.0000 1.0000 34 28 95 1.0000 113.0973 | ||
| − | </ | + | </code> |
2015年9月16日 (水) 21:50時点における版
mrcImageFeatureCalcとは、２値化画像で求められるラベル化された粒子毎にその情報を実施するEosのコマンドである。
ラベル化された粒子毎の面積、表面積（周辺長）、円形度などを表示します。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: ASCIIファイル | stdout |
| -oL | 選択 | 出力ファイル：ラベル画像 | NULL |
| -oGC | 選択 | 出力ファイル：重心画像 | NULL |
| -oP | 選択 | 出力ファイル：周辺長画像（２Ｄ）の計算 | NULL |
| -oL | 選択 | 出力ファイル：表面画像（３Ｄ）の計算 | NULL |
| -n | 選択 | 近傍を設定[2D: 4|8 or 3D: 6|18|26 ] | 0 |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
オプション指定なし
id: ラベル ラベル０は背景
gc: 重心
area: 面積（体積）
start: 始点（周辺、表面積）
perimeter: 周辺長
surfArea: 表面積
circularity: 円形度（球形度）
円形度=4*PI*面積/(周辺長)^2 球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3
出力ファイル：２次元画像
id gcx gcy gcz area startx starty startz perimeter circularity
000000 33.9348 34.7792 0.0000 4338.0000 0 0 0 -1.0000 10000.0000
000001 48.8459 20.7803 0.0000 305.0000 46 13 0 75.0000 0.6814
000002 28.5500 24.7000 0.0000 20.0000 27 21 0 23.0000 0.4751
000003 23.8947 25.0526 0.0000 19.0000 22 22 0 21.0000 0.5414
000004 41.5000 38.1250 0.0000 8.0000 41 37 0 11.0000 0.8308
000005 26.6000 50.3095 0.0000 210.0000 20 43 0 65.0000 0.6246
出力ファイル：３次元画像
id gcx gcy gcz area startx starty startz surfArea circularity
000000 34.4354 34.4132 47.8910 428697.0000 0 0 0 0.0000 10000.0000 000001 46.7244 21.8306 52.1859 21705.0000 40 9 0 9337.0000 0.0655 000002 20.2446 18.4345 5.6273 695.0000 20 18 0 475.0000 0.5097 000003 46.9393 34.3125 6.8051 544.0000 45 33 0 428.0000 0.4269 000004 24.3666 48.6168 48.2675 23005.0000 21 48 0 9544.0000 0.0689 000005 23.0000 37.0000 1.0000 3.0000 22 37 1 3.0000 37.6991 000006 59.5970 43.9552 8.7761 67.0000 59 44 6 66.0000 1.7659 000007 12.2787 19.6557 22.3607 61.0000 13 20 19 59.0000 2.0491 000008 48.0000 46.0000 41.5000 2.0000 48 46 41 2.0000 56.5487 000009 44.0000 45.0000 42.0000 1.0000 44 45 42 1.0000 113.0973 000010 26.2264 32.6415 47.6226 53.0000 27 32 43 53.0000 2.1339 000011 12.3577 37.9024 54.4797 123.0000 12 37 52 114.0000 1.1549 000012 26.4244 24.7267 60.0756 172.0000 29 24 55 172.0000 0.6575 000013 38.0000 39.5000 55.0000 2.0000 38 39 55 2.0000 56.5487 000014 41.9074 38.1667 60.8704 54.0000 41 38 57 54.0000 2.0944 000015 56.9273 35.9182 68.0545 110.0000 57 33 66 100.0000 1.3685 000016 30.0000 25.0000 67.5000 2.0000 30 25 67 2.0000 56.5487 000017 31.6667 29.0000 68.6667 3.0000 32 29 68 3.0000 37.6991 000018 34.0000 28.0000 95.0000 1.0000 34 28 95 1.0000 113.0973
