「mrcImageFourierNeighborCorrelation」の版間の差分

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(-mask のファイルを同様にパディングした画像)
(オプション -FSC, -mask, -maskBack)
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=== オプション -FSC, -mask, -maskBack ===
 
=== オプション -FSC, -mask, -maskBack ===
==== -mask : [[Media:Input-Noise1.3d|このファイル]]を同様にパディングした画像 ====
+
==== -mask : [[Media:Input-Noise1.3d|入力ファイルのマスクファイル]]を同様にパディングした画像 ====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  

2014年10月15日 (水) 08:33時点における版

mrcImageFourierNeighborCorrelationは、フーリエ空間の冗長性を利用した分解能をチェックする為のEosのコマンドです。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII(FNC) stdout
-d 選択 delta(フーリエ空間) 0.0
-C 選択 CentreMode 0
-M 選択 補間モード 0
-FSC 選択 予測したFSCの出力フラグ
-mask 選択 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC) NULL
-maskBack 選択 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC Back) NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-maskの詳細

-i のファイルと同じ形状の二値化ファイルを使用します。

(作成例)
-i のファイルを元にmrcImageLowPassFilterにて低周波成分を得て、
mrcImageBinalization(m=32)にて二値化する。

-maskBackの詳細

-i のファイルと同じサイズで全てのデータが1のファイルを使用します。
但し、-i のファイルがWindowingされている場合は同じ窓関数を掛けるようにします。

(作成例)
-iの入力ファイルをmrcInfoにてサイズを調べ、
mrcImageNullImageCreate(v=1)にて全てのファイルが1の画像を作成し、
mrcImageWindowingにて同じ窓関数を掛ける。

-Cの詳細

モード 説明
0 中心を画像の中心とする: (Nx/2.0, Ny/2.0, Nz/2.0 )
1 中心を原点(左下端)とする: (0, 0, 0 )
2 中心を画像のStartNとする: (StartNx,StartNy,StartNz)


-Mの詳細

補間モード参照。

-mの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像で実行

Input-1VOM-N.png
xy平面

Input1-1VOM-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2390.42 (77, 14, 69)

4374.62 (17, 62, 46)
72.1487
577.82

0.722275


  0.000000   0.863711          1 
  0.012500   0.553876         18 
  0.025000   0.170684         64 
  0.037500   0.221808        146 
  0.050000   0.230874        266 
  0.062500   0.280359        382 
  0.075000   0.269777        588 
  0.087500   0.280955        746 
  0.100000   0.322332       1002 
  0.112500   0.249747       1294 

-中略-

  0.750000  -0.005313       2256 
  0.762500   0.036957       1688 
  0.775000   0.021723       1264 
  0.787500   0.010364        864 
  0.800000  -0.026498        568 
  0.812500  -0.009259        312 
  0.825000  -0.009356        144 
  0.837500   0.030291         72 
  0.850000  -0.109028          8 
  0.862500   0.000000          0 


Outdata-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
この画像は冗長性がほとんどないためにFSCがすぐに下がってしまっている。

入力ファイル(パディング)

上記のファイルを0でパディングして、冗長性を持たせます。

Input-1VOM-N-P.png
xy平面

Input1-1VOM-N-P.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2390.42 (165, 102, 147)

4374.62 (105, 150, 124)
2.75226
113.698

0.0277584


実行結果

  0.000000   0.991796          1
  0.003906   0.982392         18
  0.007812   0.963411         62
  0.011719   0.934883         98
  0.015625   0.902410        210
  0.019531   0.864067        350
  0.023438   0.841587        450
  0.027344   0.856990        602
  0.031250   0.887424        762
  0.035156   0.887318       1142

-中略-

  0.828125   0.811470       1320
  0.832031   0.812934       1352
  0.835938   0.823354       1152
  0.839844   0.817772        800
  0.843750   0.824257        288
  0.847656   0.821916        392
  0.851562   0.765112        200
  0.855469   0.812369         72
  0.859375   0.777638          8
  0.863281   0.000000          0


Outdata1-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
冗長性を持つ画像の場合、FNCが高周波成分でも高い値になる。

オプション -d

d=0.025で実行

  0.000000   0.630209          7 
  0.025000   0.327491        132 
  0.050000   0.228926        498 
  0.075000   0.279077       1136 
  0.100000   0.297614       2046 
  0.125000   0.231185       3120 
  0.150000   0.177932       4574 
  0.175000   0.182045       6136 
  0.200000   0.243301       8014 
  0.225000   0.272185      10208 
  0.250000   0.237388      12690 
  0.275000   0.210439      15060 
  0.300000   0.177609      17970 
  0.325000   0.138364      21468 
  0.350000   0.118748      24602 
  0.375000   0.092290      28200 
  0.400000   0.072673      32302 
  0.425000   0.070219      36280 
  0.450000   0.060196      40758 
  0.475000   0.053160      45280 
  0.500000   0.038769      48478 
  0.525000   0.027983      45408 
  0.550000   0.020791      42404 
  0.575000   0.022048      38512 
  0.600000   0.014752      34148 
  0.625000   0.010083      29184 
  0.650000   0.002658      23676 
  0.675000   0.000445      17908 
  0.700000  -0.001615      11852 
  0.725000   0.000667       7368 
  0.750000   0.002666       4448 
  0.775000   0.030521       2512 
  0.800000  -0.017165       1112 
  0.825000   0.003291        336 
  0.850000   0.017206         32 


Outdata-d-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png

オプション -FSC, -mask, -maskBack

-mask : 入力ファイルのマスクファイルを同様にパディングした画像

Input-Noise1-P.png
xy平面

Input1-Noise1-P.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (111, 135, 84)
0.0158784
0.125005

3.05189e-05


-maskBack のファイルを同様にパディングした画像

Input-Null1-P.png
xy平面

Input1-Null1-P.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

1 (88, 88, 78)
0.038147
0.191551

4.67654e-05


出力結果

FNCF 0.894073 FNCN 0.820233
  0.000000   0.991796          1 FSC  -7.183377 SNR -1.755602e+00 FNCF   0.951711 FNCN  -0.366379 
  0.003906   0.982392         18 FSC -11.199417 SNR -1.836058e+00 FNCF   0.903913 FNCN   0.595703 
  0.007812   0.963411         62 FSC  31.808857 SNR -2.064916e+00 FNCF   0.844130 FNCN   0.798653 
  0.011719   0.934883         98 FSC   3.471075 SNR -2.809364e+00 FNCF   0.845211 FNCN   0.799688 
  0.015625   0.902410        210 FSC   1.254576 SNR -9.856209e+00 FNCF   0.886035 FNCN   0.734901 
  0.019531   0.864067        350 FSC   0.422099 SNR  1.460802e+00 FNCF   0.893608 FNCN   0.787841 
  0.023438   0.841587        450 FSC   0.169033 SNR  4.068355e-01 FNCF   0.889512 FNCN   0.827210 
  0.027344   0.856990        602 FSC   0.331378 SNR  9.912261e-01 FNCF   0.873868 FNCN   0.811905 
  0.031250   0.887424        762 FSC   0.834791 SNR  1.010589e+01 FNCF   0.889606 FNCN   0.818398 
  0.035156   0.887318       1142 FSC   0.832380 SNR  9.931723e+00 FNCF   0.897804 FNCN   0.824152 
  0.039062   0.879608       1250 FSC   0.672387 SNR  4.104771e+00 FNCF   0.894009 FNCN   0.803585 
  0.042969   0.874892       1458 FSC   0.587592 SNR  2.849572e+00 FNCF   0.887004 FNCN   0.803368 
  0.046875   0.874435       1814 FSC   0.579834 SNR  2.760026e+00 FNCF   0.884325 FNCN   0.816900 
  0.050781   0.877405       2178 FSC   0.631676 SNR  3.429994e+00 FNCF   0.896430 FNCN   0.821318 
  0.054688   0.875931       2498 FSC   0.605536 SNR  3.070172e+00 FNCF   0.908684 FNCN   0.828866 
  0.058594   0.876247       2622 FSC   0.611065 SNR  3.142250e+00 FNCF   0.910457 FNCN   0.831098 
  0.062500   0.884193       3338 FSC   0.763974 SNR  6.473637e+00 FNCF   0.898597 FNCN   0.823882 
  0.066406   0.890079       3722 FSC   0.897373 SNR  1.748804e+01 FNCF   0.888997 FNCN   0.820916 
  0.070312   0.888096       4170 FSC   0.850229 SNR  1.135368e+01 FNCF   0.896541 FNCN   0.822739 
  0.074219   0.881947       4358 FSC   0.717896 SNR  5.089588e+00 FNCF   0.897502 FNCN   0.819764 

-中略-

  0.789062   0.821038       8592 FSC   0.005476 SNR  1.101324e-02 FNCF   0.888864 FNCN   0.821332 
  0.792969   0.813430       7208 FSC  -0.044041 SNR -8.436653e-02 FNCF   0.889662 FNCN   0.818472 
  0.796875   0.813393       6296 FSC  -0.044265 SNR -8.477789e-02 FNCF   0.890629 FNCN   0.815216 
  0.800781   0.812815       5544 FSC  -0.047832 SNR -9.129702e-02 FNCF   0.894048 FNCN   0.808839 
  0.804688   0.814086       5360 FSC  -0.039964 SNR -7.685736e-02 FNCF   0.892404 FNCN   0.813711 
  0.808594   0.814528       4344 FSC  -0.037196 SNR -7.172486e-02 FNCF   0.886577 FNCN   0.828553 
  0.812500   0.813960       3272 FSC  -0.040749 SNR -7.830638e-02 FNCF   0.887005 FNCN   0.826397 
  0.816406   0.816745       3096 FSC  -0.023074 SNR -4.510691e-02 FNCF   0.895393 FNCN   0.818955 
  0.820312   0.823611       2840 FSC   0.023408 SNR  4.793880e-02 FNCF   0.898811 FNCN   0.825501 
  0.824219   0.810629       2240 FSC  -0.061066 SNR -1.151032e-01 FNCF   0.895444 FNCN   0.827601 
  0.828125   0.811470       1320 FSC  -0.056018 SNR -1.060935e-01 FNCF   0.903966 FNCN   0.820170 
  0.832031   0.812934       1352 FSC  -0.047100 SNR -8.996210e-02 FNCF   0.908462 FNCN   0.826379 
  0.835938   0.823354       1152 FSC   0.021585 SNR  4.412220e-02 FNCF   0.887402 FNCN   0.824615 
  0.839844   0.817772        800 FSC  -0.016396 SNR -3.226391e-02 FNCF   0.869994 FNCN   0.815638 
  0.843750   0.824257        288 FSC   0.028007 SNR  5.762863e-02 FNCF   0.880944 FNCN   0.824954 
  0.847656   0.821916        392 FSC   0.011526 SNR  2.331998e-02 FNCF   0.899626 FNCN   0.837368 
  0.851562   0.765112        200 FSC  -0.271800 SNR -4.274263e-01 FNCF   0.925513 FNCN   0.800424 
  0.855469   0.812369         72 FSC  -0.050561 SNR -9.625498e-02 FNCF   0.902540 FNCN   0.779785 
  0.859375   0.777638          8 FSC  -0.223864 SNR -3.658316e-01 FNCF   0.774510 FNCN   0.868126 
  0.863281   0.000000          0 FSC  -0.847425 SNR -9.174121e-01 FNCF   0.000000 FNCN   0.000000 


Outdata-FSC-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FSC

Outdata-SNR-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
SNR

Outdata-FNCF-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FNCF

Outdata-FNCN-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FNCN

グラフでは最初と最後の10点を除いていて表示している。