mrcImageFourierNeighborCorrelation

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mrcImageFourierNeighborCorrelationは、フーリエ空間の冗長性を利用した分解能をチェックする為のEosのコマンドです。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII(FNC) stdout
-d 選択 delta(フーリエ空間) 0.0
-C 選択 CentreMode 0
-M 選択 補間モード 0
-FSC 選択 予測したFSCの出力フラグ
-mask 選択 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC) NULL
-maskBack 選択 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC Back) NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-Cの詳細

モード 説明
0 中心を画像の中心とする: (Nx/2.0, Ny/2.0, Nz/2.0 )
1 中心を原点(左下端)とする: (0, 0, 0 )
2 中心を画像のStartNとする: (StartNx,StartNy,StartNz)


-Mの詳細

補間モード参照。

-mの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N.png
xy平面

Input1-1VOM-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2390.42 (77, 14, 69)

4374.62 (17, 62, 46)
72.1487
577.82

0.722275


オプション必須項目のみの場合

  0.000000   0.863711          1 
  0.012500   0.553876         18 
  0.025000   0.170684         64 
  0.037500   0.221808        146 
  0.050000   0.230874        266 
  0.062500   0.280359        382 
  0.075000   0.269777        588 
  0.087500   0.280955        746 
  0.100000   0.322332       1002 
  0.112500   0.249747       1294 

-中略-

  0.750000  -0.005313       2256 
  0.762500   0.036957       1688 
  0.775000   0.021723       1264 
  0.787500   0.010364        864 
  0.800000  -0.026498        568 
  0.812500  -0.009259        312 
  0.825000  -0.009356        144 
  0.837500   0.030291         72 
  0.850000  -0.109028          8 
  0.862500   0.000000          0 


Outdata-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png

オプション -d

d=0.025で実行

  0.000000   0.630209          7 
  0.025000   0.327491        132 
  0.050000   0.228926        498 
  0.075000   0.279077       1136 
  0.100000   0.297614       2046 
  0.125000   0.231185       3120 
  0.150000   0.177932       4574 
  0.175000   0.182045       6136 
  0.200000   0.243301       8014 
  0.225000   0.272185      10208 
  0.250000   0.237388      12690 
  0.275000   0.210439      15060 
  0.300000   0.177609      17970 
  0.325000   0.138364      21468 
  0.350000   0.118748      24602 
  0.375000   0.092290      28200 
  0.400000   0.072673      32302 
  0.425000   0.070219      36280 
  0.450000   0.060196      40758 
  0.475000   0.053160      45280 
  0.500000   0.038769      48478 
  0.525000   0.027983      45408 
  0.550000   0.020791      42404 
  0.575000   0.022048      38512 
  0.600000   0.014752      34148 
  0.625000   0.010083      29184 
  0.650000   0.002658      23676 
  0.675000   0.000445      17908 
  0.700000  -0.001615      11852 
  0.725000   0.000667       7368 
  0.750000   0.002666       4448 
  0.775000   0.030521       2512 
  0.800000  -0.017165       1112 
  0.825000   0.003291        336 
  0.850000   0.017206         32 


Outdata-d-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png

オプション -FSC, -mask, -maskBack

-mask のファイルの画像

Input-Noise1.png
xy平面

Input1-Noise1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (26, 47, 12)
0.284269
0.451065

0.000563832


-maskBack のファイルの画像

Input-Null1.png
xy平面

Input1-Null1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

1 (0, 0, 0)
1
0

0


出力結果

FNCF 0.413881 FNCN -0.000212
  0.000000   0.863711          1 FSC -24.174014 SNR -1.920553e+00 FNCF   0.094691 FNCN  -0.659726 
  0.012500   0.553876         18 FSC   2.021493 SNR -3.957918e+00 FNCF   0.361149 FNCN  -0.062826 
  0.025000   0.170684         64 FSC   0.260000 SNR  7.027045e-01 FNCF   0.393269 FNCN  -0.066561 
  0.037500   0.221808        146 FSC   0.366269 SNR  1.155914e+00 FNCF   0.317897 FNCN   0.012032 
  0.050000   0.230874        266 FSC   0.387014 SNR  1.262716e+00 FNCF   0.354981 FNCN   0.038313 
  0.062500   0.280359        382 FSC   0.512351 SNR  2.101310e+00 FNCF   0.388550 FNCN   0.046225 
  0.075000   0.269777        588 FSC   0.483680 SNR  1.873567e+00 FNCF   0.434951 FNCN   0.010797 
  0.087500   0.280955        746 FSC   0.513999 SNR  2.115222e+00 FNCF   0.400467 FNCN   0.003227 
  0.100000   0.322332       1002 FSC   0.637890 SNR  3.523179e+00 FNCF   0.412811 FNCN   0.024125 
  0.112500   0.249747       1294 FSC   0.432286 SNR  1.522904e+00 FNCF   0.390954 FNCN   0.031259 

-中略-

  0.750000  -0.005313       2256 FSC  -0.006122 SNR -1.216892e-02 FNCF   0.411853 FNCN   0.006577 
  0.762500   0.036957       1688 FSC   0.046989 SNR  9.861089e-02 FNCF   0.416505 FNCN   0.020629 
  0.775000   0.021723       1264 FSC   0.027206 SNR  5.593442e-02 FNCF   0.428659 FNCN   0.022653 
  0.787500   0.010364        864 FSC   0.012935 SNR  2.620988e-02 FNCF   0.400202 FNCN   0.008316 
  0.800000  -0.026498        568 FSC  -0.030763 SNR -5.968982e-02 FNCF   0.425399 FNCN  -0.022254 
  0.812500  -0.009259        312 FSC  -0.010805 SNR -2.137959e-02 FNCF   0.425374 FNCN  -0.013187 
  0.825000  -0.009356        144 FSC  -0.010921 SNR -2.160565e-02 FNCF   0.420379 FNCN  -0.002559 
  0.837500   0.030291         72 FSC   0.038240 SNR  7.952060e-02 FNCF   0.354269 FNCN  -0.028751 
  0.850000  -0.109028          8 FSC  -0.116132 SNR -2.080965e-01 FNCF   0.316227 FNCN   0.114469 
  0.862500   0.000000          0 FSC   0.000256 SNR  5.125559e-04 FNCF   0.000000 FNCN   0.000000 


Outdata-FSC-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FSC

Outdata-SNR-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
SNR

Outdata-FNCF-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FNCF

Outdata-FNCN-mrcImageFourierNeighborCorrelation.png
FNCN

グラフではR=0.000000を除いている。