mrcImageFourierNeighborCorrelation
mrcImageFourierNeighborCorrelationは、フーリエ空間の冗長性を利用した分解能をチェックする為のEosのコマンドです。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(FNC) | stdout |
-d | 選択 | delta(フーリエ空間) | 0.0 |
-C | 選択 | CentreMode | 0 |
-M | 選択 | 補間モード | 0 |
-FSC | 選択 | 予測したFSCの出力フラグ | |
-mask | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC) | NULL |
-maskBack | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC Back) | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-maskの詳細
-i のファイルと同じ形状の二値化ファイルを使用します。
(作成例)
-i のファイルを元にmrcImageLowPassFilterにて低周波成分を得て、
mrcImageBinalization(m=32)にて二値化する。
-maskBackの詳細
-i のファイルと同じサイズで全てのデータが1のファイルを使用します。
但し、-i のファイルがWindowingされている場合は同じ窓関数を掛けるようにします。
(作成例)
-iの入力ファイルをmrcInfoにてサイズを調べ、
mrcImageNullImageCreate(v=1)にて全てのファイルが1の画像を作成し、
mrcImageWindowingにて同じ窓関数を掛ける。
-Cの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 中心を画像の中心とする: (Nx/2.0, Ny/2.0, Nz/2.0 ) |
1 | 中心を原点(左下端)とする: (0, 0, 0 ) |
2 | 中心を画像のStartNとする: (StartNx,StartNy,StartNz) |
-Mの詳細
補間モード参照。
-mの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像で実行
最小 最大 |
-2390.42 (77, 14, 69) 4374.62 (17, 62, 46) |
0.000000 0.863711 1 0.012500 0.553876 18 0.025000 0.170684 64 0.037500 0.221808 146 0.050000 0.230874 266 0.062500 0.280359 382 0.075000 0.269777 588 0.087500 0.280955 746 0.100000 0.322332 1002 0.112500 0.249747 1294 -中略- 0.750000 -0.005313 2256 0.762500 0.036957 1688 0.775000 0.021723 1264 0.787500 0.010364 864 0.800000 -0.026498 568 0.812500 -0.009259 312 0.825000 -0.009356 144 0.837500 0.030291 72 0.850000 -0.109028 8 0.862500 0.000000 0
この画像は冗長性がほとんどないためにFSCがすぐに下がってしまっている。
入力ファイル(パディング)
上記のファイルを0でパディングして、冗長性を持たせます。
最小 最大 |
-2390.42 (165, 102, 147) 4374.62 (105, 150, 124) |
実行結果
0.000000 0.991796 1 0.003906 0.982392 18 0.007812 0.963411 62 0.011719 0.934883 98 0.015625 0.902410 210 0.019531 0.864067 350 0.023438 0.841587 450 0.027344 0.856990 602 0.031250 0.887424 762 0.035156 0.887318 1142 -中略- 0.828125 0.811470 1320 0.832031 0.812934 1352 0.835938 0.823354 1152 0.839844 0.817772 800 0.843750 0.824257 288 0.847656 0.821916 392 0.851562 0.765112 200 0.855469 0.812369 72 0.859375 0.777638 8 0.863281 0.000000 0
冗長性を持つ画像の場合、FNCが高周波成分でも高い値になる。
以降、この入力ファイルを使用する。
オプション -d
d=0.025で実行
0.000000 0.961060 147 0.025000 0.884961 3596 0.050000 0.876699 13334 0.075000 0.884583 30012 0.100000 0.888691 53048 0.125000 0.873868 82634 0.150000 0.860938 118688 0.175000 0.862499 161322 0.200000 0.875542 211496 0.225000 0.882194 266468 0.250000 0.874374 330126 0.275000 0.868385 398912 0.300000 0.861123 473858 0.325000 0.852294 557496 0.350000 0.846181 647132 0.375000 0.842054 739454 0.400000 0.836904 845340 0.425000 0.836800 950870 0.450000 0.834607 1068284 0.475000 0.831828 1190048 0.500000 0.829300 1284690 0.525000 0.827369 1227836 0.550000 0.824926 1141760 0.575000 0.824884 1043124 0.600000 0.823838 930008 0.625000 0.822523 803708 0.650000 0.821119 663864 0.675000 0.820229 512012 0.700000 0.819524 348596 0.725000 0.818723 217808 0.750000 0.820472 135048 0.775000 0.825089 77288 0.800000 0.815167 38120 0.825000 0.816419 13488 0.850000 0.814605 1760
オプション -FSC, -mask, -maskBack
-mask : 入力ファイルのマスクファイルを同様にパディングした画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1 (111, 135, 84) |
-maskBack: 入力ファイルの背景ファイルを同様にパディングした画像
最小 最大 |
1 (0, 0, 0) 1 (88, 88, 78) |
出力結果
FNCF 0.894073 FNCN 0.820233 0.000000 0.991796 1 FSC -7.183377 SNR -1.755602e+00 FNCF 0.951711 FNCN -0.366379 0.003906 0.982392 18 FSC -11.199417 SNR -1.836058e+00 FNCF 0.903913 FNCN 0.595703 0.007812 0.963411 62 FSC 31.808857 SNR -2.064916e+00 FNCF 0.844130 FNCN 0.798653 0.011719 0.934883 98 FSC 3.471075 SNR -2.809364e+00 FNCF 0.845211 FNCN 0.799688 0.015625 0.902410 210 FSC 1.254576 SNR -9.856209e+00 FNCF 0.886035 FNCN 0.734901 0.019531 0.864067 350 FSC 0.422099 SNR 1.460802e+00 FNCF 0.893608 FNCN 0.787841 0.023438 0.841587 450 FSC 0.169033 SNR 4.068355e-01 FNCF 0.889512 FNCN 0.827210 0.027344 0.856990 602 FSC 0.331378 SNR 9.912261e-01 FNCF 0.873868 FNCN 0.811905 0.031250 0.887424 762 FSC 0.834791 SNR 1.010589e+01 FNCF 0.889606 FNCN 0.818398 0.035156 0.887318 1142 FSC 0.832380 SNR 9.931723e+00 FNCF 0.897804 FNCN 0.824152 0.039062 0.879608 1250 FSC 0.672387 SNR 4.104771e+00 FNCF 0.894009 FNCN 0.803585 0.042969 0.874892 1458 FSC 0.587592 SNR 2.849572e+00 FNCF 0.887004 FNCN 0.803368 0.046875 0.874435 1814 FSC 0.579834 SNR 2.760026e+00 FNCF 0.884325 FNCN 0.816900 0.050781 0.877405 2178 FSC 0.631676 SNR 3.429994e+00 FNCF 0.896430 FNCN 0.821318 0.054688 0.875931 2498 FSC 0.605536 SNR 3.070172e+00 FNCF 0.908684 FNCN 0.828866 0.058594 0.876247 2622 FSC 0.611065 SNR 3.142250e+00 FNCF 0.910457 FNCN 0.831098 0.062500 0.884193 3338 FSC 0.763974 SNR 6.473637e+00 FNCF 0.898597 FNCN 0.823882 0.066406 0.890079 3722 FSC 0.897373 SNR 1.748804e+01 FNCF 0.888997 FNCN 0.820916 0.070312 0.888096 4170 FSC 0.850229 SNR 1.135368e+01 FNCF 0.896541 FNCN 0.822739 0.074219 0.881947 4358 FSC 0.717896 SNR 5.089588e+00 FNCF 0.897502 FNCN 0.819764 -中略- 0.789062 0.821038 8592 FSC 0.005476 SNR 1.101324e-02 FNCF 0.888864 FNCN 0.821332 0.792969 0.813430 7208 FSC -0.044041 SNR -8.436653e-02 FNCF 0.889662 FNCN 0.818472 0.796875 0.813393 6296 FSC -0.044265 SNR -8.477789e-02 FNCF 0.890629 FNCN 0.815216 0.800781 0.812815 5544 FSC -0.047832 SNR -9.129702e-02 FNCF 0.894048 FNCN 0.808839 0.804688 0.814086 5360 FSC -0.039964 SNR -7.685736e-02 FNCF 0.892404 FNCN 0.813711 0.808594 0.814528 4344 FSC -0.037196 SNR -7.172486e-02 FNCF 0.886577 FNCN 0.828553 0.812500 0.813960 3272 FSC -0.040749 SNR -7.830638e-02 FNCF 0.887005 FNCN 0.826397 0.816406 0.816745 3096 FSC -0.023074 SNR -4.510691e-02 FNCF 0.895393 FNCN 0.818955 0.820312 0.823611 2840 FSC 0.023408 SNR 4.793880e-02 FNCF 0.898811 FNCN 0.825501 0.824219 0.810629 2240 FSC -0.061066 SNR -1.151032e-01 FNCF 0.895444 FNCN 0.827601 0.828125 0.811470 1320 FSC -0.056018 SNR -1.060935e-01 FNCF 0.903966 FNCN 0.820170 0.832031 0.812934 1352 FSC -0.047100 SNR -8.996210e-02 FNCF 0.908462 FNCN 0.826379 0.835938 0.823354 1152 FSC 0.021585 SNR 4.412220e-02 FNCF 0.887402 FNCN 0.824615 0.839844 0.817772 800 FSC -0.016396 SNR -3.226391e-02 FNCF 0.869994 FNCN 0.815638 0.843750 0.824257 288 FSC 0.028007 SNR 5.762863e-02 FNCF 0.880944 FNCN 0.824954 0.847656 0.821916 392 FSC 0.011526 SNR 2.331998e-02 FNCF 0.899626 FNCN 0.837368 0.851562 0.765112 200 FSC -0.271800 SNR -4.274263e-01 FNCF 0.925513 FNCN 0.800424 0.855469 0.812369 72 FSC -0.050561 SNR -9.625498e-02 FNCF 0.902540 FNCN 0.779785 0.859375 0.777638 8 FSC -0.223864 SNR -3.658316e-01 FNCF 0.774510 FNCN 0.868126 0.863281 0.000000 0 FSC -0.847425 SNR -9.174121e-01 FNCF 0.000000 FNCN 0.000000
グラフでは最初と最後の10点を除いていて表示している。