「mrcImageHelicalAveraging」の版間の差分

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(メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の2版が非表示)
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行65: 行65:
 
<td> </td>  
 
<td> </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]
+
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行116: 行117:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行140: 行143:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行164: 行169:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行188: 行195:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行213: 行222:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>  
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行235: 行246:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>  
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行259: 行272:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>  
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行281: 行296:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
xy平面<br></td>  
+
xy平面<br></p>
<td>[[画像:Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
+
</td>  
yz平面<br></td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  

2014年7月25日 (金) 00:59時点における最新版

mrcImageHelicalAveragingとはらせん対称(連続らせん)に従って平均した画像を求めるEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-dz 選択 deltaz [A] 27.3
-dp 選択 deltaphi [degree] -167.143
-N 選択 平均粒子数 1
-W 選択 Window size to average [pixel] 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 Discrete (-Nが必要)
1 Continuous (-Wが必要)
2 Continuous (-Wが必要), Data are weighted by exp(- (dz/W)^2)


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Input1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション -N

N=3で実行

Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

10.9537 (59, 35, 0)
0.164516
0.912197

0.0132202


オプション -dz

dz=10, N=3で実行

Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.178582 (10, 26, 64)

1.35778 (34, 9, 75)
0.00164845
0.0325027

4.71054e-05


オプション -dp

dp=100, N=3で実行

Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.188671 (36, 59, 41)

1.35778 (34, 9, 75)
0.00164518
0.0324603

4.7044e-05


オプション -m

m=1で実行

その他のオプションなし

Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.592748 (68, 64, 76)

4.09975 (67, 63, 76)
0.00566568
0.1042

0.000151015

W=3で実行

Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.592748 (68, 64, 76)

4.32666 (1, 67, 44)
0.0127395
0.155628

0.000225548


m=2で実行

その他のオプションなし

Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.21806 (68, 64, 76)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00318454
0.0655606

9.50153e-05

W=3で実行

Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.614633 (38, 8, 36)

4.23353 (37, 59, 40)
0.0128319
0.154935

0.000224544