「mrcImageInfo」の版間の差分
提供: Eospedia
| (同じ利用者による、間の3版が非表示) | |||
| 行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | <td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行26: | 行26: | ||
<td>-I</td> | <td>-I</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>このオプションが設定された場合には、<br> |
| + | 画像の一般的な統計情報が出力される</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行32: | 行33: | ||
<td>-X</td> | <td>-X</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: x=Xの値: | + | <td>出力: x=Xの値: [[ASCII]]</td> |
<td>0.0</td> | <td>0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行38: | 行39: | ||
<td>-Y</td> | <td>-Y</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: y=Yの値: | + | <td>出力: y=Yの値: [[ASCII]]</td> |
<td>0.0</td> | <td>0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行44: | 行45: | ||
<td>-x</td> | <td>-x</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: x軸への投影: | + | <td>出力: x軸への投影: [[ASCII]]</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行50: | 行51: | ||
<td>-y</td> | <td>-y</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: y軸への投影: | + | <td>出力: y軸への投影: [[ASCII]]</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行127: | 行128: | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
| 行153: | 行155: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>4</td> | <td>4</td> | ||
| − | <td>mean of Centre</td> | + | <td>mean of Centre: 未実装</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>5</td> | <td>5</td> | ||
| − | <td>mean of Sparse</td> | + | <td>mean of Sparse: 未実装</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>6</td> | <td>6</td> | ||
| − | <td>mean of 2DEdge</td> | + | <td>mean of 2DEdge: 未実装</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行169: | 行171: | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
===入力ファイルの画像=== | ===入力ファイルの画像=== | ||
[[画像:B120-2-mrcImageInfo.png]] | [[画像:B120-2-mrcImageInfo.png]] | ||
| + | <br> | ||
| + | <div>以下の画像はm=1, m=2で使用する</div> | ||
| + | [[画像:Input(3D)-mrcImageInfo.png]] | ||
| + | <br> | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
<div>オプションなしでは何も出力されない。 </div> | <div>オプションなしでは何も出力されない。 </div> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -I=== | ===オプション -I=== | ||
| 行188: | 行195: | ||
Sum: 711751 | Sum: 711751 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -X=== | ===オプション -X=== | ||
| 行208: | 行216: | ||
79 96 | 79 96 | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | + | <br> | |
===オプション -Y=== | ===オプション -Y=== | ||
| 行229: | 行237: | ||
79 128 | 79 128 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -x=== | ===オプション -x=== | ||
| 行248: | 行257: | ||
79 102 | 79 102 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -y=== | ===オプション -y=== | ||
| 行267: | 行277: | ||
79 5 | 79 5 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H=== | ===オプション -H=== | ||
| 行331: | 行342: | ||
255 0.00990099 | * | 255 0.00990099 | * | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | ====H=16で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 0 0.00213068 | * | ||
| + | 17 0.00497159 | * | ||
| + | 34 0.0326705 | * | ||
| + | 51 0.139915 | * | ||
| + | 68 0.40625 | * | ||
| + | 85 0.796165 | * | ||
| + | 102 1 | * | ||
| + | 119 0.922585 | * | ||
| + | 136 0.585227 | * | ||
| + | 153 0.319602 | * | ||
| + | 170 0.176847 | * | ||
| + | 187 0.0852273 | * | ||
| + | 204 0.0539773 | * | ||
| + | 221 0.0106534 | * | ||
| + | 238 0.0078125 | * | ||
| + | 255 0.00142045 | * | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H2=== | ===オプション -H2=== | ||
| 行378: | 行410: | ||
254 0 |* | 254 0 |* | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H3=== | ===オプション -H3=== | ||
| 行408: | 行441: | ||
255 1 | 255 1 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H4=== | ===オプション -H4=== | ||
| 行438: | 行472: | ||
255 1 | 255 1 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H5=== | ===オプション -H5=== | ||
| − | ====H5= | + | ====H5=16で実行==== |
<pre> | <pre> | ||
| − | + | 1 1 | * | |
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
| + | 1 0 |* | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====H5=16, Low=0, High=255で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 0 0.00213068 | * | ||
| + | 17 0.00497159 | * | ||
| + | 34 0.0326705 | * | ||
| + | 51 0.139915 | * | ||
| + | 68 0.40625 | * | ||
| + | 85 0.796165 | * | ||
| + | 102 1 | * | ||
| + | 119 0.922585 | * | ||
| + | 136 0.585227 | * | ||
| + | 153 0.319602 | * | ||
| + | 170 0.176847 | * | ||
| + | 187 0.0852273 | * | ||
| + | 204 0.0539773 | * | ||
| + | 221 0.0106534 | * | ||
| + | 238 0.0078125 | * | ||
| + | 255 0.00142045 | * | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -H6=== | ===オプション -H6=== | ||
| − | ====H6= | + | ====H6=16で実行==== |
| + | <pre> | ||
| + | 1 1 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====H6=16, Low=0, High=255で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 0 0.00213068 | ||
| + | 16 0.00497159 | ||
| + | 32 0.0326705 | ||
| + | 48 0.139915 | ||
| + | 64 0.40625 | ||
| + | 80 0.796165 | ||
| + | 96 1 | ||
| + | 112 0.922585 | ||
| + | 128 0.585227 | ||
| + | 144 0.319602 | ||
| + | 160 0.176847 | ||
| + | 176 0.0852273 | ||
| + | 192 0.0539773 | ||
| + | 208 0.0106534 | ||
| + | 224 0.0078125 | ||
| + | 240 0.00142045 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -m=== | ||
| + | ====m=1, Iで実行==== | ||
| + | =====他のオプション設定なし===== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Mean: 0.616809 | ||
| + | SD: 0.673385 | ||
| + | SE: 0.0013199 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | =====rmax=50で実行===== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Mean: 1.1812 | ||
| + | SD: 0.106769 | ||
| + | SE: 0.000209277 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====m=2, Iで実行==== | ||
| + | =====他のオプション設定なし===== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Mean: -1.1766e-05 | ||
| + | SD: 0.000598326 | ||
| + | SE: 2.23951e-06 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | =====rmax=50で実行===== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Mean: 1.01668 | ||
| + | SD: 0.477893 | ||
| + | SE: 0.00178873 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====m=3, Iで実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Mean: 102.924 | ||
| + | SD: 25.5864 | ||
| + | SE: 1.43935 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====m=7, Iで実行==== | ||
<pre> | <pre> | ||
| − | + | RMS: 115.926 | |
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
2014年3月10日 (月) 06:58時点における最新版
mrcImageInfoとはmrcImageファイルの画像の情報を表示するためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout(設定しなければ標準出力） |
| -I | 選択 | このオプションが設定された場合には、 画像の一般的な統計情報が出力される |
|
| -X | 選択 | 出力: x=Xの値: ASCII | 0.0 |
| -Y | 選択 | 出力: y=Yの値: ASCII | 0.0 |
| -x | 選択 | 出力: x軸への投影: ASCII | |
| -y | 選択 | 出力: y軸への投影: ASCII | |
| -H | 選択 | ヒストグラム出力(Normalize): 分割数設定 | 256 |
| -H2 | 選択 | ヒストグラム出力(Normalize): 幅設定 | 1 |
| -H3 | 選択 | ヒストグラム出力(Count): 分割数設定 | 256 |
| -H4 | 選択 | ヒストグラム出力(Count): 幅設定 | 1 |
| -H5 | 選択 | ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 分割数設定 | 1 |
| -H6 | 選択 | ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 幅設定 | 1 |
| -Low | 選択 | 閾値(出力の開始点) | 1 |
| -High | 選択 | 閾値(出力の終了点) | 1 |
| -rmax | 選択 | rmax [A] | 250 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | mean of all density |
| 1 | mean of sphere surface density at rmax |
| 2 | mean of cylinder surface density at rmax |
| 3 | mean of edge pixels |
| 4 | mean of Centre: 未実装 |
| 5 | mean of Sparse: 未実装 |
| 6 | mean of 2DEdge: 未実装 |
| 7 | RMS of all pixels |
実行例
入力ファイルの画像
以下の画像はm=1, m=2で使用する
-mrcImageInfo.png)
オプション必須項目のみの場合
オプションなしでは何も出力されない。
オプション -I
Min: 0 (41, 10, 0) 最小値(最小を取る座標) Max: 255 (42, 36, 0) 最大値(最大を取る座標) Mean: 111.211 平均値 SD: 32.7239 標準偏差 SE: 0.409049 標準誤差 Sum: 711751
オプション -X
X=40で実行
0 117
1 118
2 128
3 100
4 133
5 70
-中略-
74 118
75 73
76 83
77 97
78 79
79 96
オプション -Y
Y=40で実行
0 105
1 130
2 76
3 98
4 113
5 86
-中略-
74 131
75 111
76 97
77 79
78 71
79 128
オプション -x
0 230
1 2
2 23
3 157
4 107
5 108
-中略-
74 197
75 57
76 118
77 157
78 49
79 102
オプション -y
0 66
1 116
2 223
3 135
4 185
5 231
-中略-
74 154
75 158
76 177
77 189
78 244
79 5
オプション -H
H=256で実行
0 0.00990099 | *
1 0 |*
2 0 |*
3 0 |*
4 0 |*
5 0 |*
-中略-
62 0.217822 | *
63 0.326733 | *
64 0.306931 | *
65 0.267327 | *
66 0.326733 | *
67 0.336634 | *
68 0.287129 | *
69 0.356436 | *
70 0.356436 | *
71 0.386139 | *
72 0.39604 | *
73 0.386139 | *
74 0.415842 | *
75 0.386139 | *
76 0.465347 | *
77 0.475248 | *
78 0.475248 | *
79 0.584158 | *
80 0.50495 | *
-中略-
116 0.920792 | *
117 0.920792 | *
118 0.683168 | *
119 1 | *
120 0.782178 | *
121 0.712871 | *
122 0.623762 | *
123 0.594059 | *
124 0.653465 | *
125 0.70297 | *
126 0.70297 | *
127 0.653465 | *
128 0.613861 | *
129 0.633663 | *
130 0.485149 | *
131 0.564356 | *
132 0.514851 | *
133 0.475248 | *
134 0.405941 | *
-中略-
250 0 |*
251 0 |*
252 0 |*
253 0 |*
254 0 |*
255 0.00990099 | *
H=16で実行
0 0.00213068 | *
17 0.00497159 | *
34 0.0326705 | *
51 0.139915 | *
68 0.40625 | *
85 0.796165 | *
102 1 | *
119 0.922585 | *
136 0.585227 | *
153 0.319602 | *
170 0.176847 | *
187 0.0852273 | *
204 0.0539773 | *
221 0.0106534 | *
238 0.0078125 | *
255 0.00142045 | *
オプション -H2
H2=2で実行
0 0.00540541 | *
2 0 |*
4 0 |*
6 0 |*
8 0.0108108 | *
10 0 |*
-中略-
62 0.259459 | *
64 0.345946 | *
66 0.324324 | *
68 0.340541 | *
70 0.389189 | *
72 0.427027 | *
74 0.437838 | *
76 0.464865 | *
78 0.518919 | *
80 0.594595 | *
-中略-
116 0.989189 | *
118 0.875676 | *
120 0.972973 | *
122 0.72973 | *
124 0.681081 | *
126 0.767568 | *
128 0.691892 | *
130 0.610811 | *
132 0.589189 | *
134 0.481081 | *
-中略-
244 0.00540541 | *
246 0.0108108 | *
248 0.00540541 | *
250 0 |*
252 0 |*
254 0 |*
オプション -H3
H3=256で実行
0 1
1 0
2 0
3 0
4 0
5 0
-中略-
125 71
126 71
127 66
128 62
129 64
130 49
131 57
-中略-
250 0
251 0
252 0
253 0
254 0
255 1
オプション -H4
H4=1で実行
0 1
1 0
2 0
3 0
4 0
5 0
-中略-
125 71
126 71
127 66
128 62
129 64
130 49
131 57
-中略-
250 0
251 0
252 0
253 0
254 0
255 1
オプション -H5
H5=16で実行
1 1 | *
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
1 0 |*
H5=16, Low=0, High=255で実行
0 0.00213068 | *
17 0.00497159 | *
34 0.0326705 | *
51 0.139915 | *
68 0.40625 | *
85 0.796165 | *
102 1 | *
119 0.922585 | *
136 0.585227 | *
153 0.319602 | *
170 0.176847 | *
187 0.0852273 | *
204 0.0539773 | *
221 0.0106534 | *
238 0.0078125 | *
255 0.00142045 | *
オプション -H6
H6=16で実行
1 1
H6=16, Low=0, High=255で実行
0 0.00213068
16 0.00497159
32 0.0326705
48 0.139915
64 0.40625
80 0.796165
96 1
112 0.922585
128 0.585227
144 0.319602
160 0.176847
176 0.0852273
192 0.0539773
208 0.0106534
224 0.0078125
240 0.00142045
オプション -m
m=1, Iで実行
他のオプション設定なし
Mean: 0.616809 SD: 0.673385 SE: 0.0013199
rmax=50で実行
Mean: 1.1812 SD: 0.106769 SE: 0.000209277
m=2, Iで実行
他のオプション設定なし
Mean: -1.1766e-05 SD: 0.000598326 SE: 2.23951e-06
rmax=50で実行
Mean: 1.01668 SD: 0.477893 SE: 0.00178873
m=3, Iで実行
Mean: 102.924 SD: 25.5864 SE: 1.43935
m=7, Iで実行
RMS: 115.926
