「mrcImageMappingtoPdb」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImageMappingtoPdb'''とは画像の値をPDBに組み込むEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <ta...」)
 
 
(同じ利用者による、間の1版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル:[[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-ipdb</td>  
 
<td>-ipdb</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: PDB</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: PDB</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行48: 行48:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行60: 行61:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[:Media:Input-121P.pdb.zip|-i のデータ]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06          N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27          C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41          C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12          O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94          C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
ATOM    641  CE2 PHE A  82      14.813  20.233  17.454  1.00  9.42          C 
 +
ATOM    642  CZ  PHE A  82      14.402  19.552  16.322  1.00 10.16          C 
 +
ATOM    643  N  ALA A  83      13.147  24.056  19.362  1.00  8.77          N 
 +
ATOM    644  CA  ALA A  83      14.417  24.796  19.338  1.00 10.28          C 
 +
ATOM    645  C  ALA A  83      15.540  23.828  19.671  1.00  9.49          C 
 +
ATOM    646  O  ALA A  83      15.406  23.022  20.607  1.00  8.40          O 
 +
ATOM    647  CB  ALA A  83      14.390  25.939  20.368  1.00  9.40          C 
 +
ATOM    648  N  ILE A  84      16.654  23.891  18.940  1.00 10.76          N 
 +
ATOM    649  CA  ILE A  84      17.724  22.889  19.092  1.00 12.94          C 
 +
ATOM    650  C  ILE A  84      18.491  22.984  20.427  1.00 14.25          C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57          O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00 41.71          O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44          O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11          O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00          O 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-121P1.mrc|-p のデータ]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3500.79 (24, 28, 5)<br>
 +
88.3104<br>
 +
323.414<br>
 +
0.914753<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00-3090.49  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00485.63  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00  0.00  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00  0.00  0      C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
ATOM    641  CE2 PHE A  82      14.813  20.233  17.454  1.00132.76  0      C 
 +
ATOM    642  CZ  PHE A  82      14.402  19.552  16.322  1.00505.69  0      C 
 +
ATOM    643  N  ALA A  83      13.147  24.056  19.362  1.00160058.34  0      N 
 +
ATOM    644  CA  ALA A  83      14.417  24.796  19.338  1.00166476.73  0      C 
 +
ATOM    645  C  ALA A  83      15.540  23.828  19.671  1.00188632.66  0      C 
 +
ATOM    646  O  ALA A  83      15.406  23.022  20.607  1.00241683.72  0      O 
 +
ATOM    647  CB  ALA A  83      14.390  25.939  20.368  1.0053644.95  0      C 
 +
ATOM    648  N  ILE A  84      16.654  23.891  18.940  1.0030992.45  0      N 
 +
ATOM    649  CA  ILE A  84      17.724  22.889  19.092  1.0017561.63  0      C 
 +
ATOM    650  C  ILE A  84      18.491  22.984  20.427  1.0011657.85  0      C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00  0.00  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00  0.00  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.0035609.15  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00307.89  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.0093878.00  0      O 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>

2014年3月7日 (金) 00:58時点における最新版

mrcImageMappingtoPdbとは画像の値をPDBに組み込むEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル:mrcImage NULL
-ipdb 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

 


-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  

-中略-

ATOM    641  CE2 PHE A  82      14.813  20.233  17.454  1.00  9.42           C  
ATOM    642  CZ  PHE A  82      14.402  19.552  16.322  1.00 10.16           C  
ATOM    643  N   ALA A  83      13.147  24.056  19.362  1.00  8.77           N  
ATOM    644  CA  ALA A  83      14.417  24.796  19.338  1.00 10.28           C  
ATOM    645  C   ALA A  83      15.540  23.828  19.671  1.00  9.49           C  
ATOM    646  O   ALA A  83      15.406  23.022  20.607  1.00  8.40           O  
ATOM    647  CB  ALA A  83      14.390  25.939  20.368  1.00  9.40           C  
ATOM    648  N   ILE A  84      16.654  23.891  18.940  1.00 10.76           N  
ATOM    649  CA  ILE A  84      17.724  22.889  19.092  1.00 12.94           C  
ATOM    650  C   ILE A  84      18.491  22.984  20.427  1.00 14.25           C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57           O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00 41.71           O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44           O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11           O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00           O  

-後略-


Input-121P1.png
xy平面

Input1-121P1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (24, 28, 5)
88.3104
323.414

0.914753


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00-3090.49   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00485.63   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  0.00   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00  0.00   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00  0.00   0       C  

-中略-

ATOM    641  CE2 PHE A  82      14.813  20.233  17.454  1.00132.76   0       C  
ATOM    642  CZ  PHE A  82      14.402  19.552  16.322  1.00505.69   0       C  
ATOM    643  N   ALA A  83      13.147  24.056  19.362  1.00160058.34   0       N  
ATOM    644  CA  ALA A  83      14.417  24.796  19.338  1.00166476.73   0       C  
ATOM    645  C   ALA A  83      15.540  23.828  19.671  1.00188632.66   0       C  
ATOM    646  O   ALA A  83      15.406  23.022  20.607  1.00241683.72   0       O  
ATOM    647  CB  ALA A  83      14.390  25.939  20.368  1.0053644.95   0       C  
ATOM    648  N   ILE A  84      16.654  23.891  18.940  1.0030992.45   0       N  
ATOM    649  CA  ILE A  84      17.724  22.889  19.092  1.0017561.63   0       C  
ATOM    650  C   ILE A  84      18.491  22.984  20.427  1.0011657.85   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00  0.00   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00  0.00   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.0035609.15   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00307.89   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.0093878.00   0       O  

-後略-



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageMappingtoPdb&oldid=6750」から取得