「mrcImageModelCreate」の版間の差分

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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
<pre>
+
[[画像:Outdata-mrcImageModelCreate.png]]
N            : (        70,        70,        100)
+
Mode        :          2  mrcFloatImage       
+
StartN      : (        0,          0,          0)
+
M            : (        1,          1,          1)
+
Length      : (    5.000,      5.000,      5.000)
+
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
+
C,R,S        : (        1,          2,          3)
+
Min,Max,Mean : (        0,          2,      0.493)
+
ISPG        :          0
+
NSYMBT      :          0
+
EXTRA        :  0: 0        1: 0        2: 0        3: 4.2e-45  4: 4.2e-32  5: 0        6: 4e+12    7: 4.6e-41  8: 4e+12    9: 4.6e-41  10: 4e+12    11: 4.6e-41  12: 4.2e-32  13: 1.4e-45  14: 0        15: 2.2e-44  16: 0        17: 0        18: 0        19: 0        20: 0        21: 0        22: 0        23: 0        24: 0        25: 0        26: 0        27: 0        28: 0       
+
XORIGIN      : (        0,          0)
+
XORIGIN      : (        0,  272125767)
+
LABEL        :          0
+
Tailer Number: 0
+
</pre>
+
  
===オプション -===
+
===オプション -nx, -ny, -nz===
====で実行====
+
====nx=50, ny=100, nz=150で実行====
 +
[[画像:Outdata-nx50ny100nz150-mrcImageModelCreate.png]]
 +
 
 +
===オプション -r===
 +
====r=100で実行====
 +
[[画像:Outdata-r100-mrcImageModelCreate.png]]
 +
 
 +
===オプション -lx, -ly, -lz===
 +
====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行====
 +
[[画像:Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png]]

2013年10月25日 (金) 01:47時点における版

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-nx 選択 Real length = nx * lx 70
-ny 選択 Real length = ny * ly 70
-nz 選択 Real length = nz * lz 100
-r 選択 半径[pixel] 1
-lx 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-ly 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-lz 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-radius 選択 filament radius [A] 150
-n 選択 n-helix 3
-dz 選択 pitch [A] 143
-dphi 選択 rotation angle [degree] 40
-phi 選択 rotation angle in the same level [degree] 120
-sz 選択 start z [A] 0
-ez 選択 end z [A] 500
-sphi 選択 start angle [degree] 0
-sphi2 選択 start angle 2 [degree] 40
-inMode 選択 inMode 0
-units 選択 units number 9
-fm 選択 0 formation
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D)
Optional argument : -nx -ny -nz -r
1 Thick Filaments
Example 
       Optional argument 
       -nx -ny -nz Image Size 
       -lx -ly -lz Pixel Size 
       -radius filament radius 150[A]
       -n  three helix 
       -dz  pitch 143[A] 
       -dphi rotation angle 40[degree]
       -phi rotation angle in the same level 120[degree]
       -sz  start z 0[A]
       -ez  end z 800[A]
       -sphi start phi 0[degree]
       -----------------------
       -inMode Centre = 0     
       -inMode Origin = 1     
       -----------------------
       -units 9 
       -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3)
       	0: normal 
       	1: 3 sphere on the same z
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
           2: 3 sphere on the differnt z  and on the differnt radius
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
       		Z  0 , 30 , 60 A         
       		Radius 0 ,1.2 ,1.4 times     
           3: 3 sphere on the same z and on the different radius
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
       		Z  0 ,  0 ,  0 A         
       		Radius 0 ,1.2 ,1.4 times     
       -----------------------
       -units 3 
       -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3)
       	0: abnormal 
					
2 Dot(2D)
3 Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
Optional argument : -nx -ny
4 Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
Optional argument : -nx -ny
5 Another Projection of 2 Sphere for 2D
Optional argument : -nx -ny
6 SheppLogan 2D
Optional argument : -nx -ny
7 SheppLogan 3D
Optional argument : -nx -ny -nz


実行例

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageModelCreate.png

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

Outdata-nx50ny100nz150-mrcImageModelCreate.png

オプション -r

r=100で実行

Outdata-r100-mrcImageModelCreate.png

オプション -lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png