「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分
行103: | 行103: | ||
</table> | </table> | ||
− | === | + | ===-ctfMode の詳細=== |
+ | <table border="1"> | ||
+ | <div align="left"> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>モード</th> | ||
+ | <th>説明</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | <td>位相のみ</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | <td>位相+強度コントラスト</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>+32</td> | ||
+ | <td>照射角を考慮する</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>+256</td> | ||
+ | <td>絶対値を割り当てる(位相を補正しない)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </div> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===-m の詳細=== | ||
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<tr> | <tr> | ||
行123: | 行149: | ||
</table> | </table> | ||
− | === | + | ===-i のフォーマット=== |
<pre> | <pre> | ||
filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase | filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase | ||
行132: | 行158: | ||
</pre> | </pre> | ||
− | === | + | ===-Info のフォーマット=== |
<pre> | <pre> | ||
filename0.ctfinfo | filename0.ctfinfo | ||
行143: | 行169: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===-i のデータ=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | /Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1 | ||
+ | /Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1 | ||
+ | /Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1 | ||
+ | /Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>Input0の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input0-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (30, 25, 0)<br> | ||
+ | 21.8076<br> | ||
+ | 47.9133<br> | ||
+ | 0.748645<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input1の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (30, 26, 0)<br> | ||
+ | 20.6895<br> | ||
+ | 47.2143<br> | ||
+ | 0.737723<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input2の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input2-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (27, 32, 0)<br> | ||
+ | 19.0078<br> | ||
+ | 47.768<br> | ||
+ | 0.746374<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>Input3の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input3-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (28, 33, 0)<br> | ||
+ | 18.3279<br> | ||
+ | 45.0774<br> | ||
+ | 0.704334<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-950.729 (30, 33, 0)<br> | ||
+ | 91.5373 (61, 58, 0)<br> | ||
+ | -199.582<br> | ||
+ | 202.06<br> | ||
+ | 3.15719<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br> | ||
+ | 12773.2 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 30.7184<br> | ||
+ | 365.42<br> | ||
+ | 5.70969<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -W=== | ||
+ | ====W=0.5で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-178.794 (29, 32, 0)<br> | ||
+ | 31.7025 (15, 31, 0)<br> | ||
+ | -7.67623<br> | ||
+ | 35.9686<br> | ||
+ | 0.562009<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000786083 (61, 50, 0)<br> | ||
+ | 656.031 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 5.93815<br> | ||
+ | 40.2896<br> | ||
+ | 0.629525<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -WR=== | ||
+ | ====WR=10.0, W=0.5で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-153.883 (30, 32, 0)<br> | ||
+ | 23.7931 (15, 31, 0)<br> | ||
+ | -7.67623<br> | ||
+ | 31.3292<br> | ||
+ | 0.489519<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">9.05608e-06 (60, 32, 0)<br> | ||
+ | 587.065 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 4.29171<br> | ||
+ | 35.7021<br> | ||
+ | 0.557845<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -SinWin=== | ||
+ | ====SinWin=(0.05, 0.2)で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-939.931 (30, 33, 0)<br> | ||
+ | 82.2886 (61, 59, 0)<br> | ||
+ | -199.582<br> | ||
+ | 201.211<br> | ||
+ | 3.14392<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (8, 0, 0)<br> | ||
+ | 12773.2 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 28.1205<br> | ||
+ | 365.158<br> | ||
+ | 5.70559<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -ctfMode=== | ||
+ | ====ctfMode=32で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1243.15 (30, 31, 0)<br> | ||
+ | 534.543 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | -7.92556e-07<br> | ||
+ | 404.255<br> | ||
+ | 6.31648<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 12267.8 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 33.7224<br> | ||
+ | 477.688<br> | ||
+ | 7.46387<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====ctfMode=256で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-501.951 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 1288.01 (33, 32, 0)<br> | ||
+ | -2.09152e-06<br> | ||
+ | 404.255<br> | ||
+ | 6.31648<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 12267.8 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 33.7224<br> | ||
+ | 477.688<br> | ||
+ | 7.46387<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====ctfMode=257で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-50.4152 (5, 2, 0)<br> | ||
+ | 1009.22 (33, 32, 0)<br> | ||
+ | 199.582<br> | ||
+ | 202.06<br> | ||
+ | 3.15719<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br> | ||
+ | 12773.2 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 30.7184<br> | ||
+ | 365.42<br> | ||
+ | 5.70969<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====ctfMode=で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1, W=0.5で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-175.249 (29, 32, 0)<br> | ||
+ | 49.852 (15, 31, 0)<br> | ||
+ | -1.99391<br> | ||
+ | 37.3853<br> | ||
+ | 0.584145<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.00642588 (59, 34, 0)<br> | ||
+ | 681.324 (34, 0, 0)<br> | ||
+ | 6.41058<br> | ||
+ | 40.1134<br> | ||
+ | 0.626771<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====solventMode=1で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-220.728 (30, 32, 0)<br> | ||
+ | 42.9295 (15, 31, 0)<br> | ||
+ | -9.08899<br> | ||
+ | 47.6864<br> | ||
+ | 0.7451<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.00745064 (63, 30, 0)<br> | ||
+ | 916.491 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 7.81324<br> | ||
+ | 53.2299<br> | ||
+ | 0.831717<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=16で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-50.4152 (5, 2, 0)<br> | ||
+ | 1009.22 (33, 32, 0)<br> | ||
+ | 199.582<br> | ||
+ | 202.06<br> | ||
+ | 3.15719<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br> | ||
+ | 12773.2 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 30.7184<br> | ||
+ | 365.42<br> | ||
+ | 5.70969<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2013年12月9日 (月) 03:26時点における版
mrcImageMultiCTFCompensationとは複数枚の画像からCTFの補正を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | stdin |
-info2 | 選択 | 入力ファイルリスト設定: the same order as the input: ctfinfo from Display2/ctfDisplay | stdin |
-o | 必須 | 出力ファイル設定(average file) | stdout |
-f | 選択 | 出力ファイル設定(averaged fft file) | stdout |
-W | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-WR | 選択 | WhiteNoiseRaising | 1.0 |
-SinWin | 選択 | Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A](SinWinRmin, SinWinRmax) | (0.1, 1.0) |
-MaxIter | 選択 | Max Iteration | 10 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode: refer to mrcImageCTFObservation | 1 |
-solventMode | 選択 | If solvent flatterning is used, NEED | 0 |
-solventSTD | 選択 | If solvent flatterning is used as mode=1, NEED | -1.0 |
-Log | 選択 | stderr | ログファイル名 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ctfMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 位相のみ |
1 | 位相+強度コントラスト |
+32 | 照射角を考慮する |
+256 | 絶対値を割り当てる(位相を補正しない) |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2) |
+1 | Adding solvent-flattening process |
+16 | Without phase flipping, in case of images after phase only correction. |
-i のフォーマット
filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase . . . . . . . . . . . . . . .
-Info のフォーマット
filename0.ctfinfo filename1.ctfinfo . . .
実行例
-i のデータ
/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (30, 25, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (30, 26, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (27, 32, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (28, 33, 0) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-950.729 (30, 33, 0) 91.5373 (61, 58, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
オプション -W
W=0.5で実行
最小 最大 |
-178.794 (29, 32, 0) 31.7025 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.000786083 (61, 50, 0) 656.031 (1, 0, 0) |
オプション -WR
WR=10.0, W=0.5で実行
最小 最大 |
-153.883 (30, 32, 0) 23.7931 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
9.05608e-06 (60, 32, 0) 587.065 (1, 0, 0) |
オプション -SinWin
SinWin=(0.05, 0.2)で実行
最小 最大 |
-939.931 (30, 33, 0) 82.2886 (61, 59, 0) |
最小 最大 |
0 (8, 0, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
オプション -ctfMode
ctfMode=32で実行
最小 最大 |
-1243.15 (30, 31, 0) 534.543 (1, 0, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 12267.8 (1, 0, 0) |
ctfMode=256で実行
最小 最大 |
-501.951 (1, 0, 0) 1288.01 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 12267.8 (1, 0, 0) |
ctfMode=257で実行
最小 最大 |
-50.4152 (5, 2, 0) 1009.22 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
ctfMode=で実行
ファイル:Outdata-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png | 最小 最大 |
|
ファイル:Outdata2-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png | 最小 最大 |
|
オプション -m
m=1, W=0.5で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-175.249 (29, 32, 0) 49.852 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.00642588 (59, 34, 0) 681.324 (34, 0, 0) |
solventMode=1で実行
最小 最大 |
-220.728 (30, 32, 0) 42.9295 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.00745064 (63, 30, 0) 916.491 (1, 0, 0) |
で実行
最小 最大 |
|
最小 最大 |
|
m=16で実行
最小 最大 |
-50.4152 (5, 2, 0) 1009.22 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
m=で実行
ファイル:Outdata-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png | 最小 最大 |
|
ファイル:Outdata2-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png | 最小 最大 |
|