「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル設定</td>  
+
<td>入力ファイル設定: テキスト</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル設定(average file)</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](average file)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-f</td>  
 
<td>-f</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル設定(averaged fft file)</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](averaged fft file)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-ctfMode</td>  
 
<td>-ctfMode</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>CTFMode: refer to mrcImageCTFObservation</td>  
+
<td>CTFMode</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行80: 行80:
 
<td>-Log</td>  
 
<td>-Log</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>stderr</td>
 
 
<td>ログファイル名</td>  
 
<td>ログファイル名</td>  
 +
<td>stderr</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行534: 行534:
 
365.42<br>  
 
365.42<br>  
 
5.70969<br></p>  
 
5.70969<br></p>  
</td>
 
</tr>
 
</table>
 
 
 
====ctfMode=で実行====
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>
 
<tr>
 
<td>[[画像:Outdata-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
平均値<br>
 
標準偏差<br>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
<td><p align="left"><br>
 
<br>
 
<br>
 
<br>
 
<br></p>
 
</td>
 
</tr>
 
</table>
 
 
<div>-f の画像</div>
 
<table>
 
<tr>
 
<td>[[画像:Outdata2-ctfMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
平均値<br>
 
標準偏差<br>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
<td><p align="left"><br>
 
<br>
 
<br>
 
<br>
 
<br></p>
 
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行620: 行580:
 
</table>
 
</table>
  
 +
<div>-log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
iter          0 : rms  -1.965984e+01 : min    1.000000e+06
 +
</pre>
  
 
====solventMode=1で実行====  
 
====solventMode=1で実行====  
行660: 行624:
 
</table>
 
</table>
  
 +
<div>-log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
iter          0 : rms  -3.997643e+00 : min    1.000000e+06
 +
</pre>
  
====で実行====  
+
 
 +
====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====  
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行672: 行641:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">342.42 (29, 32, 0)<br>  
<br>  
+
552.916 (15, 31, 0)<br>  
<br>  
+
513.538<br>  
<br>  
+
35.9686<br>  
<br></p>  
+
0.562009<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行684: 行653:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行691: 行660:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">0.000751982 (61, 50, 0)<br>  
<br>  
+
32866.4 (0, 0, 0)<br>  
<br>  
+
21.7463<br>  
<br>  
+
726.986<br>  
<br></p>  
+
11.3592<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
 +
<div>-log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
 +
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
 +
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
 +
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
 +
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
 +
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
 +
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
 +
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
 +
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
 +
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02
 +
</pre>
 +
 +
 +
====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">107.285 (29, 32, 0)<br>
 +
317.781 (15, 31, 0)<br>
 +
278.402<br>
 +
35.9686<br>
 +
0.562009<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-f の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.000789315 (61, 50, 0)<br>
 +
17817.7 (0, 0, 0)<br>
 +
14.3983<br>
 +
395.41<br>
 +
6.17827<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
 +
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
 +
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
 +
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
 +
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
 +
</pre>
  
  
行741: 行773:
  
  
====m=で実行====  
+
====m=17で実行====  
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行752: 行784:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">161250 (60, 60, 0)<br>  
<br>  
+
1.85064e+06 (29, 32, 0)<br>  
<br>  
+
432887<br>  
<br>  
+
388639<br>  
<br></p>  
+
6072.49<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行764: 行796:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata2-m-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行771: 行803:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">0.00899138 (31, 33, 0)<br>  
<br>  
+
2.77048e+07 (0, 0, 0)<br>  
<br>  
+
51930<br>  
<br>  
+
757226<br>  
<br></p>  
+
11831.7<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
 +
<div>-log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
 +
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
 +
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
 +
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
 +
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
 +
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
 +
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
 +
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
 +
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
 +
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01
 +
</pre>

2013年12月9日 (月) 04:27時点における版

mrcImageMultiCTFCompensationとは複数枚の画像からCTFの補正を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: テキスト stdin
-info2 選択 入力ファイルリスト設定: the same order as the input: ctfinfo from Display2/ctfDisplay stdin
-o 必須 出力ファイル設定: mrcImage(average file) stdout
-f 選択 出力ファイル設定: mrcImage(averaged fft file) stdout
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-WR 選択 WhiteNoiseRaising 1.0
-SinWin 選択 Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A](SinWinRmin, SinWinRmax) (0.1, 1.0)
-MaxIter 選択 Max Iteration 10
-ctfMode 選択 CTFMode 1
-solventMode 選択 If solvent flatterning is used, NEED 0
-solventSTD 選択 If solvent flatterning is used as mode=1, NEED -1.0
-Log 選択 ログファイル名 stderr
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる(位相を補正しない)

-m の詳細

モード 説明
0 CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1 Adding solvent-flattening process
+16 Without phase flipping, in case of images after phase only correction.

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .


実行例

-i のデータ

/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1

Input0の画像
Input0-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (30, 25, 0)
21.8076
47.9133

0.748645

Input1の画像
Input1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (30, 26, 0)
20.6895
47.2143

0.737723

Input2の画像
Input2-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (27, 32, 0)
19.0078
47.768

0.746374

Input3の画像
Input3-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (28, 33, 0)
18.3279
45.0774

0.704334


オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-950.729 (30, 33, 0)

91.5373 (61, 58, 0)
-199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


オプション -W

W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-178.794 (29, 32, 0)

31.7025 (15, 31, 0)
-7.67623
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000786083 (61, 50, 0)

656.031 (1, 0, 0)
5.93815
40.2896

0.629525


オプション -WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-153.883 (30, 32, 0)

23.7931 (15, 31, 0)
-7.67623
31.3292

0.489519

-f の画像
Outdata2-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

9.05608e-06 (60, 32, 0)

587.065 (1, 0, 0)
4.29171
35.7021

0.557845


オプション -SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像
Outdata-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-939.931 (30, 33, 0)

82.2886 (61, 59, 0)
-199.582
201.211

3.14392

-f の画像
Outdata2-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (8, 0, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
28.1205
365.158

5.70559


オプション -ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1243.15 (30, 31, 0)

534.543 (1, 0, 0)
-7.92556e-07
404.255

6.31648

-f の画像
Outdata2-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387


ctfMode=256で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-501.951 (1, 0, 0)

1288.01 (33, 32, 0)
-2.09152e-06
404.255

6.31648

-f の画像
Outdata2-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387


ctfMode=257で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


オプション -m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし
-o の画像
Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-175.249 (29, 32, 0)

49.852 (15, 31, 0)
-1.99391
37.3853

0.584145

-f の画像
Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00642588 (59, 34, 0)

681.324 (34, 0, 0)
6.41058
40.1134

0.626771

-log のデータ
iter          0 : rms   -1.965984e+01 : min    1.000000e+06

solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-220.728 (30, 32, 0)

42.9295 (15, 31, 0)
-9.08899
47.6864

0.7451

-f の画像
Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00745064 (63, 30, 0)

916.491 (1, 0, 0)
7.81324
53.2299

0.831717

-log のデータ
iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06


solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

342.42 (29, 32, 0)

552.916 (15, 31, 0)
513.538
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000751982 (61, 50, 0)

32866.4 (0, 0, 0)
21.7463
726.986

11.3592

-log のデータ
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02


MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

107.285 (29, 32, 0)

317.781 (15, 31, 0)
278.402
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000789315 (61, 50, 0)

17817.7 (0, 0, 0)
14.3983
395.41

6.17827

-log のデータ
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01


m=16で実行

-o の画像
Outdata-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


m=17で実行

-o の画像
Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

161250 (60, 60, 0)

1.85064e+06 (29, 32, 0)
432887
388639

6072.49

-f の画像
Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00899138 (31, 33, 0)

2.77048e+07 (0, 0, 0)
51930
757226

11831.7

-log のデータ
iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01