「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル設定</td> | + | <td>入力ファイル設定: テキスト</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル設定(average file)</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](average file)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-f</td> | <td>-f</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル設定(averaged fft file)</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](averaged fft file)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行62: | 行62: | ||
<td>-ctfMode</td> | <td>-ctfMode</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>CTFMode | + | <td>CTFMode</td> |
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行80: | 行80: | ||
<td>-Log</td> | <td>-Log</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | |||
<td>ログファイル名</td> | <td>ログファイル名</td> | ||
+ | <td>stderr</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行534: | 行534: | ||
365.42<br> | 365.42<br> | ||
5.70969<br></p> | 5.70969<br></p> | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
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− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行620: | 行580: | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | iter 0 : rms -1.965984e+01 : min 1.000000e+06 | ||
+ | </pre> | ||
====solventMode=1で実行==== | ====solventMode=1で実行==== | ||
行660: | 行624: | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | iter 0 : rms -3.997643e+00 : min 1.000000e+06 | ||
+ | </pre> | ||
− | ==== | + | |
+ | ====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行==== | ||
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行672: | 行641: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">342.42 (29, 32, 0)<br> |
− | <br> | + | 552.916 (15, 31, 0)<br> |
− | <br> | + | 513.538<br> |
− | <br> | + | 35.9686<br> |
− | <br></p> | + | 0.562009<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行684: | 行653: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata2- | + | <td>[[画像:Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行691: | 行660: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">0.000751982 (61, 50, 0)<br> |
− | <br> | + | 32866.4 (0, 0, 0)<br> |
− | <br> | + | 21.7463<br> |
− | <br> | + | 726.986<br> |
− | <br></p> | + | 11.3592<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | iter 0 : rms 7.485705e-01 : min 1.000000e+06 | ||
+ | iter 1 : rms 3.354889e-01 : min 7.485705e-01 | ||
+ | iter 2 : rms 2.279355e-01 : min 3.354889e-01 | ||
+ | iter 3 : rms 1.763709e-01 : min 2.279355e-01 | ||
+ | iter 4 : rms 1.463149e-01 : min 1.763709e-01 | ||
+ | iter 5 : rms 1.267555e-01 : min 1.463149e-01 | ||
+ | iter 6 : rms 1.130881e-01 : min 1.267555e-01 | ||
+ | iter 7 : rms 1.030489e-01 : min 1.130881e-01 | ||
+ | iter 8 : rms 9.539606e-02 : min 1.030489e-01 | ||
+ | iter 9 : rms 8.939259e-02 : min 9.539606e-02 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">107.285 (29, 32, 0)<br> | ||
+ | 317.781 (15, 31, 0)<br> | ||
+ | 278.402<br> | ||
+ | 35.9686<br> | ||
+ | 0.562009<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-f の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000789315 (61, 50, 0)<br> | ||
+ | 17817.7 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 14.3983<br> | ||
+ | 395.41<br> | ||
+ | 6.17827<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | iter 0 : rms 7.485705e-01 : min 1.000000e+06 | ||
+ | iter 1 : rms 3.354889e-01 : min 7.485705e-01 | ||
+ | iter 2 : rms 2.279355e-01 : min 3.354889e-01 | ||
+ | iter 3 : rms 1.763709e-01 : min 2.279355e-01 | ||
+ | iter 4 : rms 1.463149e-01 : min 1.763709e-01 | ||
+ | </pre> | ||
行741: | 行773: | ||
− | ====m= | + | ====m=17で実行==== |
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行752: | 行784: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">161250 (60, 60, 0)<br> |
− | <br> | + | 1.85064e+06 (29, 32, 0)<br> |
− | <br> | + | 432887<br> |
− | <br> | + | 388639<br> |
− | <br></p> | + | 6072.49<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行764: | 行796: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata2- | + | <td>[[画像:Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行771: | 行803: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">0.00899138 (31, 33, 0)<br> |
− | <br> | + | 2.77048e+07 (0, 0, 0)<br> |
− | <br> | + | 51930<br> |
− | <br> | + | 757226<br> |
− | <br></p> | + | 11831.7<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-log のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | iter 0 : rms 9.051428e-01 : min 1.000000e+06 | ||
+ | iter 1 : rms 7.732108e-01 : min 9.051428e-01 | ||
+ | iter 2 : rms 7.194946e-01 : min 7.732108e-01 | ||
+ | iter 3 : rms 6.952064e-01 : min 7.194946e-01 | ||
+ | iter 4 : rms 6.840820e-01 : min 6.952064e-01 | ||
+ | iter 5 : rms 6.782160e-01 : min 6.840820e-01 | ||
+ | iter 6 : rms 6.752780e-01 : min 6.782160e-01 | ||
+ | iter 7 : rms 6.739355e-01 : min 6.752780e-01 | ||
+ | iter 8 : rms 6.730211e-01 : min 6.739355e-01 | ||
+ | iter 9 : rms 6.722654e-01 : min 6.730211e-01 | ||
+ | </pre> |
2013年12月9日 (月) 04:27時点における版
mrcImageMultiCTFCompensationとは複数枚の画像からCTFの補正を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: テキスト | stdin |
-info2 | 選択 | 入力ファイルリスト設定: the same order as the input: ctfinfo from Display2/ctfDisplay | stdin |
-o | 必須 | 出力ファイル設定: mrcImage(average file) | stdout |
-f | 選択 | 出力ファイル設定: mrcImage(averaged fft file) | stdout |
-W | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-WR | 選択 | WhiteNoiseRaising | 1.0 |
-SinWin | 選択 | Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A](SinWinRmin, SinWinRmax) | (0.1, 1.0) |
-MaxIter | 選択 | Max Iteration | 10 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode | 1 |
-solventMode | 選択 | If solvent flatterning is used, NEED | 0 |
-solventSTD | 選択 | If solvent flatterning is used as mode=1, NEED | -1.0 |
-Log | 選択 | ログファイル名 | stderr |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ctfMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 位相のみ |
1 | 位相+強度コントラスト |
+32 | 照射角を考慮する |
+256 | 絶対値を割り当てる(位相を補正しない) |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2) |
+1 | Adding solvent-flattening process |
+16 | Without phase flipping, in case of images after phase only correction. |
-i のフォーマット
filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase . . . . . . . . . . . . . . .
-Info のフォーマット
filename0.ctfinfo filename1.ctfinfo . . .
実行例
-i のデータ
/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (30, 25, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (30, 26, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (27, 32, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (28, 33, 0) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-950.729 (30, 33, 0) 91.5373 (61, 58, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
オプション -W
W=0.5で実行
最小 最大 |
-178.794 (29, 32, 0) 31.7025 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.000786083 (61, 50, 0) 656.031 (1, 0, 0) |
オプション -WR
WR=10.0, W=0.5で実行
最小 最大 |
-153.883 (30, 32, 0) 23.7931 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
9.05608e-06 (60, 32, 0) 587.065 (1, 0, 0) |
オプション -SinWin
SinWin=(0.05, 0.2)で実行
最小 最大 |
-939.931 (30, 33, 0) 82.2886 (61, 59, 0) |
最小 最大 |
0 (8, 0, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
オプション -ctfMode
ctfMode=32で実行
最小 最大 |
-1243.15 (30, 31, 0) 534.543 (1, 0, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 12267.8 (1, 0, 0) |
ctfMode=256で実行
最小 最大 |
-501.951 (1, 0, 0) 1288.01 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 12267.8 (1, 0, 0) |
ctfMode=257で実行
最小 最大 |
-50.4152 (5, 2, 0) 1009.22 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
オプション -m
m=1, W=0.5で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-175.249 (29, 32, 0) 49.852 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.00642588 (59, 34, 0) 681.324 (34, 0, 0) |
iter 0 : rms -1.965984e+01 : min 1.000000e+06
solventMode=1で実行
最小 最大 |
-220.728 (30, 32, 0) 42.9295 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.00745064 (63, 30, 0) 916.491 (1, 0, 0) |
iter 0 : rms -3.997643e+00 : min 1.000000e+06
solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
最小 最大 |
342.42 (29, 32, 0) 552.916 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.000751982 (61, 50, 0) 32866.4 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 7.485705e-01 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 3.354889e-01 : min 7.485705e-01 iter 2 : rms 2.279355e-01 : min 3.354889e-01 iter 3 : rms 1.763709e-01 : min 2.279355e-01 iter 4 : rms 1.463149e-01 : min 1.763709e-01 iter 5 : rms 1.267555e-01 : min 1.463149e-01 iter 6 : rms 1.130881e-01 : min 1.267555e-01 iter 7 : rms 1.030489e-01 : min 1.130881e-01 iter 8 : rms 9.539606e-02 : min 1.030489e-01 iter 9 : rms 8.939259e-02 : min 9.539606e-02
MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
最小 最大 |
107.285 (29, 32, 0) 317.781 (15, 31, 0) |
最小 最大 |
0.000789315 (61, 50, 0) 17817.7 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 7.485705e-01 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 3.354889e-01 : min 7.485705e-01 iter 2 : rms 2.279355e-01 : min 3.354889e-01 iter 3 : rms 1.763709e-01 : min 2.279355e-01 iter 4 : rms 1.463149e-01 : min 1.763709e-01
m=16で実行
最小 最大 |
-50.4152 (5, 2, 0) 1009.22 (33, 32, 0) |
最小 最大 |
0.0117408 (32, 31, 0) 12773.2 (0, 0, 0) |
m=17で実行
最小 最大 |
161250 (60, 60, 0) 1.85064e+06 (29, 32, 0) |
最小 最大 |
0.00899138 (31, 33, 0) 2.77048e+07 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 9.051428e-01 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 7.732108e-01 : min 9.051428e-01 iter 2 : rms 7.194946e-01 : min 7.732108e-01 iter 3 : rms 6.952064e-01 : min 7.194946e-01 iter 4 : rms 6.840820e-01 : min 6.952064e-01 iter 5 : rms 6.782160e-01 : min 6.840820e-01 iter 6 : rms 6.752780e-01 : min 6.782160e-01 iter 7 : rms 6.739355e-01 : min 6.752780e-01 iter 8 : rms 6.730211e-01 : min 6.739355e-01 iter 9 : rms 6.722654e-01 : min 6.730211e-01