「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分
(→m=17で実行) |
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(同じ利用者による、間の26版が非表示) | |||
行1: | 行1: | ||
− | '''mrcImageMultiCTFCompensation''' | + | '''mrcImageMultiCTFCompensation'''とは同一視野で[[CTF]]の異なる複数枚の画像から[[CTF補正]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。各画像の[[CTF補正]]後を平均した画像を出力する。 |
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-info2</td> | <td>-info2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイル(平均): [[mrcImage]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-f</td> | <td>-f</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイル(平均): [[mrcImage]](FFT)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行50: | 行50: | ||
<td>-SinWin</td> | <td>-SinWin</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)</td> |
<td>(0.1, 1.0)</td> | <td>(0.1, 1.0)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行68: | 行68: | ||
<td>-solventMode</td> | <td>-solventMode</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>溶媒の平滑化する場合に使用</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行74: | 行74: | ||
<td>-solventSTD</td> | <td>-solventSTD</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>solventMode=1の場合に使用</td> |
<td>-1.0</td> | <td>-1.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行101: | 行101: | ||
<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
===-ctfMode の詳細=== | ===-ctfMode の詳細=== | ||
行120: | 行120: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>+32</td> | <td>+32</td> | ||
− | <td> | + | <td>照射角を考慮する</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行141: | 行141: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>+1</td> | <td>+1</td> | ||
− | <td> | + | <td>溶媒の平滑化処理を加える</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>+16</td> | <td>+16</td> | ||
− | <td> | + | <td>逆位相を除く(位相のみの相関の場合)</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
行170: | 行170: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
===-i のデータ=== | ===-i のデータ=== | ||
+ | <div>[[:Media:Input-B120.mrc|元データ]]の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-B120.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (49, 32, 0)<br> | ||
+ | 21.0538<br> | ||
+ | 47.6709<br> | ||
+ | 0.595886<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | 上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。 | ||
<pre> | <pre> | ||
− | /Eos/img/ | + | /Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1 |
− | /Eos/img/ | + | /Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1 |
− | /Eos/img/ | + | /Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1 |
− | /Eos/img/ | + | /Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3 |
</pre> | </pre> | ||
− | <div> | + | <div>[[:Media:Input-B120-CTF2.mrc|Input-B120-CTF2.mrc]]の画像 </div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF2.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行188: | 行208: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-67.2449 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 48.4524 (50, 51, 0)<br> | |
− | + | -5.60279e-08<br> | |
− | + | 13.2796<br> | |
− | 0. | + | 0.165995<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF2-Cnp.png]]<br> | ||
+ | 単一でCTF補正した場合<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-49.3218 (28, 26, 0)<br> | ||
+ | 133.566 (37, 38, 0)<br> | ||
+ | 8.98254e-07<br> | ||
+ | 26.7724<br> | ||
+ | 0.334655<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | <div> | + | <div>[[:Media:Input-B120-CTF3.mrc|Input-B120-CTF3.mrc]]の画像 </div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF3.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行207: | 行242: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-57.5666 (25, 38, 0)<br> |
− | + | 53.971 (44, 29, 0)<br> | |
− | + | -5.02996e-08<br> | |
− | + | 9.30611<br> | |
− | 0. | + | 0.116326<br></p> |
</td> | </td> | ||
− | </tr> | + | <td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF3-Cnp.png]]<br> |
+ | 単一でCTF補正した場合<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-49.4192 (47, 51, 0)<br> | ||
+ | 137.108 (49, 32, 0)<br> | ||
+ | 5.49823e-07<br> | ||
+ | 19.7161<br> | ||
+ | 0.246452<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | <div> | + | <div>[[:Media:Input-B120-CTF4.mrc|Input-B120-CTF4.mrc]]の画像 </div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF4.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行226: | 行276: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-68.355 (24, 39, 0)<br> |
− | + | 42.4746 (44, 26, 0)<br> | |
− | + | -3.45941e-08<br> | |
− | + | 10.9018<br> | |
− | 0. | + | 0.136272<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF4-Cnp.png]]<br> | ||
+ | 単一でCTF補正した場合<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-43.0975 (26, 31, 0)<br> | ||
+ | 117.683 (49, 32, 0)<br> | ||
+ | 4.44953e-07<br> | ||
+ | 22.9822<br> | ||
+ | 0.287278<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | <div> | + | <div>[[:Media:Input-B120-CTF5.mrc|Input-B120-CTF5.mrc]]の画像 </div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF5.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行245: | 行310: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-44.9091 (37, 36, 0)<br> |
− | + | 26.5736 (28, 28, 0)<br> | |
− | + | -2.71914e-08<br> | |
− | + | 8.97143<br> | |
− | 0. | + | 0.112143<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF5-Cnp.png]]<br> | ||
+ | 単一でCTF補正した場合<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-33.0969 (49, 51, 0)<br> | ||
+ | 73.3827 (35, 37, 0)<br> | ||
+ | -1.68364e-08<br> | ||
+ | 15.1195<br> | ||
+ | 0.188993<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
行266: | 行345: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-40.2801 (48, 52, 0)<br> |
− | + | 104.151 (36, 38, 0)<br> | |
− | + | 1.24049e-07<br> | |
− | + | 18.8015<br> | |
− | + | 0.235019<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行285: | 行364: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">7.30857e-06 (75, 37, 0)<br> |
− | + | 378.143 (42, 0, 0)<br> | |
− | + | 4.45621<br> | |
− | + | 19.8824<br> | |
− | + | 0.24853<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
− | + | ||
===オプション -W=== | ===オプション -W=== | ||
− | ====W= | + | ====W=1で実行==== |
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行307: | 行385: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-17.0714 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 23.2441 (40, 52, 0)<br> | |
− | + | 5.81327e-09<br> | |
− | + | 4.65713<br> | |
− | 0. | + | 0.0582141<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行326: | 行404: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">3.22907e-07 (0, 0, 0)<br> |
− | + | 62.9461 (46, 78, 0)<br> | |
− | + | 1.28884<br> | |
− | + | 4.68843<br> | |
− | 0. | + | 0.0586053<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
===オプション -WR=== | ===オプション -WR=== | ||
行348: | 行425: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-11.5567 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 15.7516 (24, 39, 0)<br> | |
− | + | 1.23206e-08<br> | |
− | + | 3.24282<br> | |
− | 0. | + | 0.0405352<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行367: | 行444: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">2.72506e-08 (75, 37, 0)<br> |
− | + | 45.7637 (46, 78, 0)<br> | |
− | + | 0.700623<br> | |
− | + | 3.33709<br> | |
− | 0. | + | 0.0417136<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
===オプション -SinWin=== | ===オプション -SinWin=== | ||
行389: | 行465: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-39.9332 (48, 52, 0)<br> |
− | + | 102.315 (36, 38, 0)<br> | |
− | + | 1.52273e-07<br> | |
− | + | 18.7407<br> | |
− | + | 0.234259<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行408: | 行484: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">0 (40, 1, 0)<br> |
− | + | 378.143 (42, 0, 0)<br> | |
− | + | 4.1815<br> | |
− | + | 19.8843<br> | |
− | + | 0.248553<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
===オプション -ctfMode=== | ===オプション -ctfMode=== | ||
行430: | 行505: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-24.2681 (68, 48, 0)<br> |
− | + | 207.103 (36, 38, 0)<br> | |
− | - | + | -1.0943e-09<br> |
− | + | 45.5848<br> | |
− | + | 0.56981<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行450: | 行525: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 1280.12 (41, 0, 0)<br> | |
− | + | 6.47008<br> | |
− | + | 51.7633<br> | |
− | + | 0.647041<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
====ctfMode=256で実行==== | ====ctfMode=256で実行==== | ||
行470: | 行544: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-191.228 (36, 38, 0)<br> |
− | + | 26.7763 (67, 30, 0)<br> | |
− | - | + | -3.91243e-08<br> |
− | + | 45.3127<br> | |
− | + | 0.566409<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行490: | 行564: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 1280.12 (41, 0, 0)<br> | |
− | + | 5.38217<br> | |
− | + | 51.6411<br> | |
− | + | 0.645514<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
====ctfMode=257で実行==== | ====ctfMode=257で実行==== | ||
行510: | 行583: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-90.5402 (36, 37, 0)<br> |
− | + | 39.3153 (49, 51, 0)<br> | |
− | + | -1.30477e-07<br> | |
− | + | 18.1267<br> | |
− | + | 0.226584<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行529: | 行602: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">1.17451e-06 (75, 37, 0)<br> |
− | + | 378.143 (42, 0, 0)<br> | |
− | + | 3.33762<br> | |
− | + | 19.4523<br> | |
− | + | 0.243154<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
− | ====m=1, W= | + | ====m=1, W=1で実行==== |
=====その他のオプションなし===== | =====その他のオプションなし===== | ||
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
行552: | 行624: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-9.82557 (48, 51, 0)<br> |
− | + | 92.1757 (49, 32, 0)<br> | |
− | + | 6.14297<br> | |
− | + | 14.8838<br> | |
− | 0. | + | 0.186048<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行571: | 行643: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.00108315 (40, 41, 0)<br> |
− | + | 491.438 (0, 0, 0)<br> | |
− | + | 4.1562<br> | |
− | + | 18.0735<br> | |
− | 0. | + | 0.225919<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行582: | 行654: | ||
<div>-log のデータ</div> | <div>-log のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | iter 0 : rms | + | iter 0 : rms 1.013455e+01 : min 1.000000e+06 |
+ | iter 1 : rms 1.355871e+00 : min 1.013455e+01 | ||
+ | iter 2 : rms 8.647722e-01 : min 1.355871e+00 | ||
+ | iter 3 : rms 6.229646e-01 : min 8.647722e-01 | ||
+ | iter 4 : rms 4.844930e-01 : min 6.229646e-01 | ||
+ | iter 5 : rms 3.971868e-01 : min 4.844930e-01 | ||
+ | iter 6 : rms 3.377429e-01 : min 3.971868e-01 | ||
+ | iter 7 : rms 2.951728e-01 : min 3.377429e-01 | ||
+ | iter 8 : rms 2.629044e-01 : min 2.951728e-01 | ||
+ | iter 9 : rms 2.370113e-01 : min 2.629044e-01 | ||
</pre> | </pre> | ||
− | ====solventMode=1で実行==== | + | =====solventMode=1で実行===== |
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行596: | 行677: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-20.1029 (48, 51, 0)<br> |
− | + | 87.1488 (49, 32, 0)<br> | |
− | + | 2.38926<br> | |
− | + | 14.7396<br> | |
− | 0. | + | 0.184245<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行615: | 行696: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.00627302 (76, 14, 0<br> |
− | + | 222.088 (42, 0, 0)<br> | |
− | + | 4.12707<br> | |
− | + | 15.7098<br> | |
− | 0. | + | 0.196372<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行626: | 行707: | ||
<div>-log のデータ</div> | <div>-log のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | iter 0 : rms | + | iter 0 : rms 3.709238e+01 : min 1.000000e+06 |
+ | iter 1 : rms 3.539059e+00 : min 3.709238e+01 | ||
+ | iter 2 : rms 1.971014e+00 : min 3.539059e+00 | ||
+ | iter 3 : rms 1.314187e+00 : min 1.971014e+00 | ||
+ | iter 4 : rms 9.704149e-01 : min 1.314187e+00 | ||
+ | iter 5 : rms 7.649823e-01 : min 9.704149e-01 | ||
+ | iter 6 : rms 6.304888e-01 : min 7.649823e-01 | ||
+ | iter 7 : rms 5.362647e-01 : min 6.304888e-01 | ||
+ | iter 8 : rms 4.668152e-01 : min 5.362647e-01 | ||
+ | iter 9 : rms 4.135905e-01 : min 4.668152e-01 | ||
</pre> | </pre> | ||
− | + | =====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行===== | |
− | ====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行==== | + | |
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行641: | 行730: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">85.3666 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 146.065 (58, 33, 0)<br> | |
− | + | 101.654<br> | |
− | + | 5.9911<br> | |
− | 0. | + | 0.0748887<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行660: | 行749: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.00707058 (78, 44, 0)<br> |
− | + | 8132.32 (0, 0, 0)<br> | |
− | + | 4.62714<br> | |
− | + | 143.824<br> | |
− | + | 1.7978<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行671: | 行760: | ||
<div>-log のデータ</div> | <div>-log のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | iter 0 : rms | + | iter 0 : rms 1.424218e+00 : min 1.000000e+06 |
− | iter 1 : rms | + | iter 1 : rms 2.156973e-01 : min 1.424218e+00 |
− | iter 2 : rms | + | iter 2 : rms 1.394271e-01 : min 2.156973e-01 |
− | iter 3 : rms 1. | + | iter 3 : rms 1.043566e-01 : min 1.394271e-01 |
− | iter 4 : rms | + | iter 4 : rms 8.473523e-02 : min 1.043566e-01 |
− | iter 5 : rms | + | iter 5 : rms 7.243526e-02 : min 8.473523e-02 |
− | iter 6 : rms | + | iter 6 : rms 6.412249e-02 : min 7.243526e-02 |
− | iter 7 : rms | + | iter 7 : rms 5.819677e-02 : min 6.412249e-02 |
− | iter 8 : rms | + | iter 8 : rms 5.380184e-02 : min 5.819677e-02 |
− | iter 9 : rms | + | iter 9 : rms 5.044070e-02 : min 5.380184e-02 |
</pre> | </pre> | ||
− | + | =====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行===== | |
− | ====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行==== | + | |
<div>-o の画像</div> | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行695: | 行783: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">35.7164 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 94.8793 (58, 33, 0)<br> | |
− | + | 52.0534<br> | |
− | + | 5.94982<br> | |
− | 0. | + | 0.0743728<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行714: | 行802: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.00307367 (71, 39, 0)<br> |
− | + | 4164.28 (0, 0, 0)<br> | |
− | + | 3.33262<br> | |
− | + | 73.8045<br> | |
− | + | 0.922556<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行725: | 行813: | ||
<div>-log のデータ</div> | <div>-log のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | iter 0 : rms | + | iter 0 : rms 1.424218e+00 : min 1.000000e+06 |
− | iter 1 : rms | + | iter 1 : rms 2.156973e-01 : min 1.424218e+00 |
− | iter 2 : rms | + | iter 2 : rms 1.394271e-01 : min 2.156973e-01 |
− | iter 3 : rms 1. | + | iter 3 : rms 1.043566e-01 : min 1.394271e-01 |
− | iter 4 : rms | + | iter 4 : rms 8.473523e-02 : min 1.043566e-01 |
</pre> | </pre> | ||
− | |||
====m=16で実行==== | ====m=16で実行==== | ||
行744: | 行831: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-90.5402 (36, 37, 0)<br> |
− | + | 39.3153 (49, 51, 0)<br> | |
− | + | -1.13944e-07<br> | |
− | + | 18.1267<br> | |
− | + | 0.226584<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行763: | 行850: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">1.17451e-06 (75, 37, 0)<br> |
− | + | 378.143 (42, 0, 0)<br> | |
− | + | 3.33762<br> | |
− | + | 19.4523<br> | |
− | + | 0.243154<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
====m=17で実行==== | ====m=17で実行==== | ||
行784: | 行870: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-363.432 (24, 39, 0)<br> |
− | + | 64206.9 (50, 53, 0)<br> | |
− | + | 12232.5<br> | |
− | + | 12224.9<br> | |
− | + | 152.812<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行803: | 行889: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.000769818 (62, 30, 0)<br> |
− | + | 978599 (0, 0, 0)<br> | |
− | + | 2152.97<br> | |
− | + | 21751<br> | |
− | + | 271.888<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行814: | 行900: | ||
<div>-log のデータ</div> | <div>-log のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | iter 0 : rms | + | iter 0 : rms 2.228456e+00 : min 1.000000e+06 |
− | iter 1 : rms | + | iter 1 : rms 1.072463e+00 : min 2.228456e+00 |
− | iter 2 : rms | + | iter 2 : rms 8.595473e-01 : min 1.072463e+00 |
− | iter 3 : rms | + | iter 3 : rms 7.822678e-01 : min 8.595473e-01 |
− | iter 4 : rms | + | iter 4 : rms 7.485957e-01 : min 7.822678e-01 |
− | iter 5 : rms | + | iter 5 : rms 7.339871e-01 : min 7.485957e-01 |
− | iter 6 : rms | + | iter 6 : rms 7.188863e-01 : min 7.339871e-01 |
− | iter 7 : rms | + | iter 7 : rms 7.127621e-01 : min 7.188863e-01 |
− | iter 8 : rms | + | iter 8 : rms 7.096454e-01 : min 7.127621e-01 |
− | iter 9 : rms | + | iter 9 : rms 7.069848e-01 : min 7.096454e-01 |
</pre> | </pre> |
2014年9月22日 (月) 08:10時点における最新版
mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。各画像のCTF補正後を平均した画像を出力する。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイルリスト: ASCII | stdin |
-info2 | 選択 | 入力ファイルリスト: ASCII | stdin |
-o | 必須 | 出力ファイル(平均): mrcImage | stdout |
-f | 選択 | 出力ファイル(平均): mrcImage(FFT) | stdout |
-W | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-WR | 選択 | WhiteNoiseRaising | 1.0 |
-SinWin | 選択 | サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) | (0.1, 1.0) |
-MaxIter | 選択 | Max Iteration | 10 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode | 1 |
-solventMode | 選択 | 溶媒の平滑化する場合に使用 | 0 |
-solventSTD | 選択 | solventMode=1の場合に使用 | -1.0 |
-Log | 選択 | ログファイル名 | stderr |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ctfMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 位相のみ |
1 | 位相+強度コントラスト |
+32 | 照射角を考慮する |
+256 | 絶対値を割り当てる(位相を補正しない) |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2) |
+1 | 溶媒の平滑化処理を加える |
+16 | 逆位相を除く(位相のみの相関の場合) |
-i のフォーマット
filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase . . . . . . . . . . . . . . .
-Info2 のフォーマット
filename0.ctfinfo filename1.ctfinfo . . .
実行例
-i のデータ
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (49, 32, 0) |
上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。
/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1 /Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1 /Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3
最小 最大 |
-67.2449 (35, 36, 0) 48.4524 (50, 51, 0) |
最小 最大 |
-49.3218 (28, 26, 0) 133.566 (37, 38, 0) |
最小 最大 |
-57.5666 (25, 38, 0) 53.971 (44, 29, 0) |
最小 最大 |
-49.4192 (47, 51, 0) 137.108 (49, 32, 0) |
最小 最大 |
-68.355 (24, 39, 0) 42.4746 (44, 26, 0) |
最小 最大 |
-43.0975 (26, 31, 0) 117.683 (49, 32, 0) |
最小 最大 |
-44.9091 (37, 36, 0) 26.5736 (28, 28, 0) |
最小 最大 |
-33.0969 (49, 51, 0) 73.3827 (35, 37, 0) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-40.2801 (48, 52, 0) 104.151 (36, 38, 0) |
最小 最大 |
7.30857e-06 (75, 37, 0) 378.143 (42, 0, 0) |
オプション -W
W=1で実行
最小 最大 |
-17.0714 (27, 31, 0) 23.2441 (40, 52, 0) |
最小 最大 |
3.22907e-07 (0, 0, 0) 62.9461 (46, 78, 0) |
オプション -WR
WR=10.0, W=0.5で実行
最小 最大 |
-11.5567 (27, 31, 0) 15.7516 (24, 39, 0) |
最小 最大 |
2.72506e-08 (75, 37, 0) 45.7637 (46, 78, 0) |
オプション -SinWin
SinWin=(0.05, 0.2)で実行
最小 最大 |
-39.9332 (48, 52, 0) 102.315 (36, 38, 0) |
最小 最大 |
0 (40, 1, 0) 378.143 (42, 0, 0) |
オプション -ctfMode
ctfMode=32で実行
最小 最大 |
-24.2681 (68, 48, 0) 207.103 (36, 38, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1280.12 (41, 0, 0) |
ctfMode=256で実行
最小 最大 |
-191.228 (36, 38, 0) 26.7763 (67, 30, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1280.12 (41, 0, 0) |
ctfMode=257で実行
最小 最大 |
-90.5402 (36, 37, 0) 39.3153 (49, 51, 0) |
最小 最大 |
1.17451e-06 (75, 37, 0) 378.143 (42, 0, 0) |
オプション -m
m=1, W=1で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-9.82557 (48, 51, 0) 92.1757 (49, 32, 0) |
最小 最大 |
0.00108315 (40, 41, 0) 491.438 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 1.013455e+01 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 1.355871e+00 : min 1.013455e+01 iter 2 : rms 8.647722e-01 : min 1.355871e+00 iter 3 : rms 6.229646e-01 : min 8.647722e-01 iter 4 : rms 4.844930e-01 : min 6.229646e-01 iter 5 : rms 3.971868e-01 : min 4.844930e-01 iter 6 : rms 3.377429e-01 : min 3.971868e-01 iter 7 : rms 2.951728e-01 : min 3.377429e-01 iter 8 : rms 2.629044e-01 : min 2.951728e-01 iter 9 : rms 2.370113e-01 : min 2.629044e-01
solventMode=1で実行
最小 最大 |
-20.1029 (48, 51, 0) 87.1488 (49, 32, 0) |
最小 最大 |
0.00627302 (76, 14, 0 222.088 (42, 0, 0) |
iter 0 : rms 3.709238e+01 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 3.539059e+00 : min 3.709238e+01 iter 2 : rms 1.971014e+00 : min 3.539059e+00 iter 3 : rms 1.314187e+00 : min 1.971014e+00 iter 4 : rms 9.704149e-01 : min 1.314187e+00 iter 5 : rms 7.649823e-01 : min 9.704149e-01 iter 6 : rms 6.304888e-01 : min 7.649823e-01 iter 7 : rms 5.362647e-01 : min 6.304888e-01 iter 8 : rms 4.668152e-01 : min 5.362647e-01 iter 9 : rms 4.135905e-01 : min 4.668152e-01
solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
最小 最大 |
85.3666 (27, 31, 0) 146.065 (58, 33, 0) |
最小 最大 |
0.00707058 (78, 44, 0) 8132.32 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 1.424218e+00 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 2.156973e-01 : min 1.424218e+00 iter 2 : rms 1.394271e-01 : min 2.156973e-01 iter 3 : rms 1.043566e-01 : min 1.394271e-01 iter 4 : rms 8.473523e-02 : min 1.043566e-01 iter 5 : rms 7.243526e-02 : min 8.473523e-02 iter 6 : rms 6.412249e-02 : min 7.243526e-02 iter 7 : rms 5.819677e-02 : min 6.412249e-02 iter 8 : rms 5.380184e-02 : min 5.819677e-02 iter 9 : rms 5.044070e-02 : min 5.380184e-02
MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
最小 最大 |
35.7164 (27, 31, 0) 94.8793 (58, 33, 0) |
最小 最大 |
0.00307367 (71, 39, 0) 4164.28 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 1.424218e+00 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 2.156973e-01 : min 1.424218e+00 iter 2 : rms 1.394271e-01 : min 2.156973e-01 iter 3 : rms 1.043566e-01 : min 1.394271e-01 iter 4 : rms 8.473523e-02 : min 1.043566e-01
m=16で実行
最小 最大 |
-90.5402 (36, 37, 0) 39.3153 (49, 51, 0) |
最小 最大 |
1.17451e-06 (75, 37, 0) 378.143 (42, 0, 0) |
m=17で実行
最小 最大 |
-363.432 (24, 39, 0) 64206.9 (50, 53, 0) |
最小 最大 |
0.000769818 (62, 30, 0) 978599 (0, 0, 0) |
iter 0 : rms 2.228456e+00 : min 1.000000e+06 iter 1 : rms 1.072463e+00 : min 2.228456e+00 iter 2 : rms 8.595473e-01 : min 1.072463e+00 iter 3 : rms 7.822678e-01 : min 8.595473e-01 iter 4 : rms 7.485957e-01 : min 7.822678e-01 iter 5 : rms 7.339871e-01 : min 7.485957e-01 iter 6 : rms 7.188863e-01 : min 7.339871e-01 iter 7 : rms 7.127621e-01 : min 7.188863e-01 iter 8 : rms 7.096454e-01 : min 7.127621e-01 iter 9 : rms 7.069848e-01 : min 7.096454e-01