「mrcImagePCA」の版間の差分

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'''mrcImagePCA'''とは複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImagePCA'''とは複数画像から[[主成分分析]]を行い、主成分画像を生成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイルリスト</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイルリスト</td>  
+
<td>出力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o の画像</div>
 
<div>データの先頭が極端に大きいので画像は[[mrcImageWindowing]]で補正している</div>
 
<div>データの先頭が極端に大きいので画像は[[mrcImageWindowing]]で補正している</div>
 
<br>
 
<br>
行209: 行210:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 73525.2
 +
1 0 107098
 +
2 0 -0.00138839
 +
3 0 -0.00137284
 +
4 0 -0.00128583
 +
5 0 0.000646963
 +
6 0 -0.000642849
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 10 -2.65457e-06
 +
9 10 -6.40329e-06
 +
10 10 -6.56773e-06
 +
11 10 -9.83265e-05
 +
12 10 8.96691e-07
 +
 +
-中略-
 +
 +
25 29 -1.81996e-06
 +
26 29 -8.89436e-07
 +
27 29 1.35051e-06
 +
28 29 7.98696e-07
 +
29 29 -7.37277e-07
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
<div>Outdata1-mrcImagePCA.mrc</div>
 
<div>Outdata1-mrcImagePCA.mrc</div>
行228: 行257:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 76769.3
 +
1 0 -105568
 +
2 0 0.00136864
 +
3 0 0.00135261
 +
4 0 0.00127105
 +
5 0 0.000675541
 +
6 0 -0.000672826
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 10 -3.828e-06
 +
9 10 -6.76705e-06
 +
10 10 -6.8542e-06
 +
11 10 -9.83877e-05
 +
12 10 7.78496e-07
 +
 +
-中略-
 +
 +
25 29 1.8971e-06
 +
26 29 -1.24502e-06
 +
27 29 1.55392e-06
 +
28 29 1.16343e-06
 +
29 29 -1.05502e-06
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
<div>Outdata2-mrcImagePCA.mrc</div>
 
<div>Outdata2-mrcImagePCA.mrc</div>
行247: 行304:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 -150295
 +
1 0 -1530.13
 +
2 0 1.97447e-05
 +
3 0 2.02311e-05
 +
4 0 1.47764e-05
 +
5 0 -0.0013225
 +
6 0 0.00131568
 +
7 0 0.00128579
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 10 6.48256e-06
 +
9 10 1.31703e-05
 +
10 10 1.34219e-05
 +
11 10 0.000196714
 +
12 10 -1.67518e-06
 +
 +
-中略-
 +
 +
25 29 -7.71467e-08
 +
26 29 2.13446e-06
 +
27 29 -2.90443e-06
 +
28 29 -1.96212e-06
 +
29 29 1.7923e-06
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-NX, -NY===
 +
====NX=20, NY=20で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<div>データの先頭が極端に大きいので画像は[[mrcImageWindowing]]で補正している</div>
 +
<br>
 +
 +
<div>Outdata0-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata0-N-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.00138839 (2, 0, 0)<br>
 +
107098 (1, 0, 0)<br>
 +
451.558<br>
 +
6479.66<br>
 +
323.983<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 73525.2
 +
1 0 107098
 +
2 0 -0.00138839
 +
3 0 -0.00137284
 +
4 0 -0.00128583
 +
5 0 0.000646963
 +
6 0 -0.000642849
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 15 -2.65457e-06
 +
9 15 -6.40329e-06
 +
10 15 -6.56773e-06
 +
11 15 -9.83265e-05
 +
12 15 8.96691e-07
 +
 +
-中略-
 +
 +
15 19 -5.82619e-07
 +
16 19 4.00663e-07
 +
17 19 6.01493e-07
 +
18 19 7.07807e-06
 +
19 19 6.33428e-06
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Outdata1-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-N-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-105568 (1, 0, 0)<br>
 +
76769.3 (0, 0, 0)<br>
 +
-71.9964<br>
 +
6526.11<br>
 +
326.305<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 76769.3
 +
1 0 -105568
 +
2 0 0.00136864
 +
3 0 0.00135261
 +
4 0 0.00127105
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 15 -3.828e-06
 +
9 15 -6.76705e-06
 +
10 15 -6.8542e-06
 +
11 15 -9.83877e-05
 +
12 15 7.78496e-07
 +
 +
-中略-
 +
 +
15 19 -3.87463e-07
 +
16 19 4.56702e-07
 +
17 19 8.39118e-07
 +
18 19 7.15604e-06
 +
19 19 6.71392e-06
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Outdata2-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-N-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-150295 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00131568 (6, 0, 0)<br>
 +
-379.562<br>
 +
7505.53<br>
 +
375.276<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 -150295
 +
1 0 -1530.13
 +
2 0 1.97447e-05
 +
3 0 2.02311e-05
 +
4 0 1.47764e-05
 +
5 0 -0.0013225
 +
6 0 0.00131568
 +
 +
-中略-
 +
 +
8 15 6.48256e-06
 +
9 15 1.31703e-05
 +
10 15 1.34219e-05
 +
11 15 0.000196714
 +
12 15 -1.67518e-06
 +
 +
-中略-
 +
 +
15 19 9.70083e-07
 +
16 19 -8.57366e-07
 +
17 19 -1.4406e-06
 +
18 19 -1.42341e-05
 +
19 19 -1.30482e-05
 +
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
行259: 行489:
 
   5  184  0.00  100.00
 
   5  184  0.00  100.00
 
   6  1398  0.00  100.00
 
   6  1398  0.00  100.00
−
 
−
-中略-
 
−
 
−
791  1198  0.00  100.00
 
−
792  1201  0.00  100.00
 
−
793    55  0.00  100.00
 
−
794  437  0.00  100.00
 
−
795  996  0.00  100.00
 
−
796  732  0.00  100.00
 
−
797  251  0.00  100.00
 
−
798  618  0.00  100.00
 
−
799  657  0.00  100.00
 
−
800  1325  0.00  100.00
 
  
 
-中略-
 
-中略-
行294: 行511:
 
EPSbreak
 
EPSbreak
 
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec
 
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-EPS===
 +
====EPS=1e3で実行====
 +
<div>-EPSO のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 1000 2 sec
 +
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 1000 4 sec
 +
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 1000 7 sec
 +
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 1000 9 sec
 +
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 1000 11 sec
 +
EPSbreak
 +
5952/1279200 = 0.465291 % current 968.28 EPS 1000 13 sec
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年6月27日 (金) 04:17時点における最新版

mrcImagePCAとは複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-o 必須 出力ファイルリスト: ASCII NULL
-EPS 選択 EPS: lambda<EPS, stop calculation. 1e2
-NX 選択 ピクセル数: Nx 30
-NY 選択 ピクセル数: Ny 30
-O 選択 出力ファイル: vectorfile NULL
-EPSO 選択 出力ファイル: EPSOutput: caletimefile NULL
-E 選択 出力: eigenImage eigen
-numE 選択 Number of eigenImages 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


-i, -oのフォーマット

ファイル1
ファイル2
.
.


実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-2D-P.mrc
Input-121P-2D1-P.mrc
Input-121P-2D2-P.mrc
Input-121P-2D-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

29741.8 (13, 23, 0)
5686.81
5820.04

145.501


Input-121P-2D1-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

30528.7 (8, 21, 0)
5656.23
6199.33

154.983


Input-121P-2D2-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

29425.9 (17, 12, 0)
5666.16
6154.34

153.858


-o は以下のデータを使用する
Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.mrc


オプション必須項目のみの場合

-o の画像
データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している


Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata0-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0)

107098 (1, 0, 0)
200.692
4325.59

144.186
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 73525.2 
1 0 107098 
2 0 -0.00138839 
3 0 -0.00137284 
4 0 -0.00128583 
5 0 0.000646963 
6 0 -0.000642849 

-中略-

8 10 -2.65457e-06 
9 10 -6.40329e-06 
10 10 -6.56773e-06 
11 10 -9.83265e-05 
12 10 8.96691e-07 

-中略-

25 29 -1.81996e-06 
26 29 -8.89436e-07 
27 29 1.35051e-06 
28 29 7.98696e-07 
29 29 -7.37277e-07


Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-105568 (1, 0, 0)

76769.3 (0, 0, 0)
-31.9984
4350.89

145.03
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 76769.3 
1 0 -105568 
2 0 0.00136864 
3 0 0.00135261 
4 0 0.00127105 
5 0 0.000675541 
6 0 -0.000672826 

-中略-

8 10 -3.828e-06 
9 10 -6.76705e-06 
10 10 -6.8542e-06 
11 10 -9.83877e-05 
12 10 7.78496e-07 

-中略-

25 29 1.8971e-06 
26 29 -1.24502e-06 
27 29 1.55392e-06 
28 29 1.16343e-06 
29 29 -1.05502e-06


Outdata2-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-150295 (0, 0, 0)

0.00131568 (6, 0, 0)
-168.694
5007.24

166.908
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 -150295 
1 0 -1530.13 
2 0 1.97447e-05 
3 0 2.02311e-05 
4 0 1.47764e-05 
5 0 -0.0013225 
6 0 0.00131568 
7 0 0.00128579 

-中略-

8 10 6.48256e-06 
9 10 1.31703e-05 
10 10 1.34219e-05 
11 10 0.000196714 
12 10 -1.67518e-06 

-中略-

25 29 -7.71467e-08 
26 29 2.13446e-06 
27 29 -2.90443e-06 
28 29 -1.96212e-06 
29 29 1.7923e-06


オプション　-NX, -NY

NX=20, NY=20で実行

-o の画像
データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している


Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata0-N-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0)

107098 (1, 0, 0)
451.558
6479.66

323.983
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 73525.2 
1 0 107098 
2 0 -0.00138839 
3 0 -0.00137284 
4 0 -0.00128583 
5 0 0.000646963 
6 0 -0.000642849 

-中略-

8 15 -2.65457e-06 
9 15 -6.40329e-06 
10 15 -6.56773e-06 
11 15 -9.83265e-05 
12 15 8.96691e-07 

-中略-

15 19 -5.82619e-07 
16 19 4.00663e-07 
17 19 6.01493e-07 
18 19 7.07807e-06 
19 19 6.33428e-06


Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-N-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-105568 (1, 0, 0)

76769.3 (0, 0, 0)
-71.9964
6526.11

326.305
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 76769.3 
1 0 -105568 
2 0 0.00136864 
3 0 0.00135261 
4 0 0.00127105 

-中略-

8 15 -3.828e-06 
9 15 -6.76705e-06 
10 15 -6.8542e-06 
11 15 -9.83877e-05 
12 15 7.78496e-07 

-中略-

15 19 -3.87463e-07 
16 19 4.56702e-07 
17 19 8.39118e-07 
18 19 7.15604e-06 
19 19 6.71392e-06


Outdata2-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-N-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-150295 (0, 0, 0)

0.00131568 (6, 0, 0)
-379.562
7505.53

375.276
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 -150295 
1 0 -1530.13 
2 0 1.97447e-05 
3 0 2.02311e-05 
4 0 1.47764e-05 
5 0 -0.0013225 
6 0 0.00131568 

-中略-

8 15 6.48256e-06 
9 15 1.31703e-05 
10 15 1.34219e-05 
11 15 0.000196714 
12 15 -1.67518e-06 

-中略-

15 19 9.70083e-07 
16 19 -8.57366e-07 
17 19 -1.4406e-06 
18 19 -1.42341e-05 
19 19 -1.30482e-05


オプション　-O

-O のデータ
   0   848  11295979840.68  59.97
   1   933  7538968371.30  100.00
   2  1077   0.00  100.00
   3   231   0.00  100.00
   4   122   0.00  100.00
   5   184   0.00  100.00
   6  1398   0.00  100.00

-中略-

1595   450  -0.00  100.00
1596   888  -0.00  100.00
1597  1068  -0.00  100.00
1598  1259  -0.00  100.00
1599  1132  -0.00  100.00


オプション　-EPSO

-EPSO のデータ
1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 100 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 100 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 100 6 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 100 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 100 11 sec
6000/1279200 = 0.469043 % current 663.412 EPS 100 14 sec
EPSbreak
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec


オプション　-EPS

EPS=1e3で実行

-EPSO のデータ
1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 1000 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 1000 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 1000 7 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 1000 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 1000 11 sec
EPSbreak
5952/1279200 = 0.465291 % current 968.28 EPS 1000 13 sec


オプション　-E

-E のデータ
デフォルト設定でnumE=10であるので10個のファイルができる
eigen.00000
Outdata10-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0)

0.0947194 (8, 21, 0)
2.23033e-05
0.025

0.000625
eigen.00001
Outdata11-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0)

0.092875 (12, 22, 0)
0.000144147
0.0249996

0.00062499
eigen.00002
Outdata12-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.000641438 (8, 21, 0)

0.999987 (37, 26, 0)
0.000625099
0.0249922

0.000624805

-中略-

eigen.00009
Outdata19-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00053598 (13, 23, 0)

0.999988 (14, 4, 0)
0.000624184
0.0249922

0.000624805


オプション　-numE

numE=2で実行

-E のデータ
eigen.00000
Outdata20-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0)

0.0947194 (8, 21, 0)
2.23033e-05
0.025

0.000625
eigen.00001
Outdata21-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0)

0.092875 (12, 22, 0)
0.000144147
0.0249996

0.00062499

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