mrcImagePCA

mrcImagePCAとは複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト	NULL
-o	必須	出力ファイルリスト	NULL
-EPS	選択	EPS: lambda<EPS, stop calculation.	1e2
-NX	選択	ピクセル数: Nx	30
-NY	選択	ピクセル数: Ny	30
-O	選択	出力ファイル: vectorfile	NULL
-EPSO	選択	出力ファイル: EPSOutput: caletimefile	NULL
-E	選択	出力: eigenImage	eigen
-numE	選択	Number of eigenImages	10
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-i, -oのフォーマット

ファイル1
ファイル2
.
.

実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-2D-P.mrc
Input-121P-2D1-P.mrc
Input-121P-2D2-P.mrc

Input-121P-2D-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 29741.8 (13, 23, 0) 5686.81 5820.04 145.501

Input-121P-2D1-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 30528.7 (8, 21, 0) 5656.23 6199.33 154.983

Input-121P-2D2-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 29425.9 (17, 12, 0) 5666.16 6154.34 153.858

-o は以下のデータを使用する

Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.mrc

オプション必須項目のみの場合

データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している

Outdata0-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0) 107098 (1, 0, 0) 200.692 4325.59 144.186

Outdata1-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-105568 (1, 0, 0) 76769.3 (0, 0, 0) -31.9984 4350.89 145.03

Outdata2-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-150295 (0, 0, 0) 0.00131568 (6, 0, 0) -168.694 5007.24 166.908

オプション　-O

-O のデータ

   0   848  11295979840.68  59.97
   1   933  7538968371.30  100.00
   2  1077   0.00  100.00
   3   231   0.00  100.00
   4   122   0.00  100.00
   5   184   0.00  100.00
   6  1398   0.00  100.00

-中略-

 791  1198   0.00  100.00
 792  1201   0.00  100.00
 793    55   0.00  100.00
 794   437   0.00  100.00
 795   996   0.00  100.00
 796   732   0.00  100.00
 797   251   0.00  100.00
 798   618   0.00  100.00
 799   657   0.00  100.00
 800  1325   0.00  100.00

-中略-

1595   450  -0.00  100.00
1596   888  -0.00  100.00
1597  1068  -0.00  100.00
1598  1259  -0.00  100.00
1599  1132  -0.00  100.00

オプション　-EPSO

-EPSO のデータ

1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 100 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 100 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 100 6 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 100 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 100 11 sec
6000/1279200 = 0.469043 % current 663.412 EPS 100 14 sec
EPSbreak
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec

オプション　-E

-E のデータ

デフォルト設定でnumE=10であるので10個のファイルができる

eigen.00000

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0) 0.0947194 (8, 21, 0) 2.23033e-05 0.025 0.000625

eigen.00001

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0) 0.092875 (12, 22, 0) 0.000144147 0.0249996 0.00062499

eigen.00002

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.000641438 (8, 21, 0) 0.999987 (37, 26, 0) 0.000625099 0.0249922 0.000624805

-中略-

eigen.00009

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.00053598 (13, 23, 0) 0.999988 (14, 4, 0) 0.000624184 0.0249922 0.000624805

オプション　-numE

numE=2で実行

-E のデータ

eigen.00000

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0) 0.0947194 (8, 21, 0) 2.23033e-05 0.025 0.000625

eigen.00001

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0) 0.092875 (12, 22, 0) 0.000144147 0.0249996 0.00062499