「mrcImageParticleCandidateExtract」の版間の差分
提供: Eospedia
(→RW=30で実行) |
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(同じ利用者による、間の9版が非表示) | |||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]](IQマップ)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-RR</td> | <td>-RR</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力: [A]</td> | + | <td>入力: 探索範囲の内径 [A]</td> |
<td>100.0</td> | <td>100.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-RW</td> | <td>-RW</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力: [A]</td> | + | <td>入力: 探索範囲の幅 [A]</td> |
<td>10.0</td> | <td>10.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-thres</td> | <td>-thres</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力: IQの閾値</td> | + | <td>入力: IQの閾値(標準出力用)</td> |
<td>3.0</td> | <td>3.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行65: | 行65: | ||
<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | IQ = (testdata - mean)/sd;<br> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行81: | 行83: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-B120.mrc|入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-B120.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行98: | 行100: | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | <br> | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
行119: | 行122: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | 入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。<br> | ||
+ | <br> | ||
====-out のデータ==== | ====-out のデータ==== | ||
行138: | 行143: | ||
36.000000 59.000000 0.000000 4.024090 | 36.000000 59.000000 0.000000 4.024090 | ||
</pre> | </pre> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -RR=== | ===オプション -RR=== | ||
行158: | 行164: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。<br> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -RW=== | ===オプション -RW=== | ||
− | ====RW= | + | ====RW=30, RR=50で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行171: | 行179: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0<br> | <td><p align="left">0<br> | ||
− | + | 9<br> | |
− | + | 0.345781<br> | |
− | + | 1.15243<br> | |
− | 0. | + | 0.0144054<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -thres=== | ===オプション -thres=== |
2015年1月26日 (月) 00:17時点における最新版
mrcImageParticleCandidateExtractとは周辺に比べて密度が有意に高いところを見出すEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage(IQマップ) | NULL |
-RR | 選択 | 入力: 探索範囲の内径 [A] | 100.0 |
-RW | 選択 | 入力: 探索範囲の幅 [A] | 10.0 |
-thres | 選択 | 入力: IQの閾値(標準出力用) | 3.0 |
-out | 選択 | 出力 | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
IQ = (testdata - mean)/sd;
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
オプション必須項目のみの場合
出力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。
-out のデータ
38.000000 24.000000 0.000000 3.285927 39.000000 24.000000 0.000000 5.289909 40.000000 24.000000 0.000000 6.301086 41.000000 24.000000 0.000000 5.084664 51.000000 24.000000 0.000000 3.458355 52.000000 24.000000 0.000000 3.290684 -中略- 36.000000 58.000000 0.000000 7.257681 37.000000 58.000000 0.000000 6.887584 38.000000 58.000000 0.000000 5.179653 39.000000 58.000000 0.000000 3.826627 35.000000 59.000000 0.000000 3.485140 36.000000 59.000000 0.000000 4.024090
オプション -RR
RR=50で実行
最小 最大 |
0 7 |
RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。
オプション -RW
RW=30, RR=50で実行
最小 最大 |
0 9 |
オプション -thres
thres=1で実行
出力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
-out の出力データ
47.000000 19.000000 0.000000 1.098040 48.000000 19.000000 0.000000 1.125516 46.000000 20.000000 0.000000 1.035438 47.000000 20.000000 0.000000 1.264296 48.000000 20.000000 0.000000 1.169891 49.000000 20.000000 0.000000 1.004437 -中略- 29.000000 62.000000 0.000000 1.318240 30.000000 62.000000 0.000000 1.408884 31.000000 62.000000 0.000000 1.180901 33.000000 62.000000 0.000000 1.042541 34.000000 62.000000 0.000000 1.174146 35.000000 62.000000 0.000000 1.107767