「mrcImageParticleCandidateExtract」の版間の差分

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(RW=30で実行)
 
(同じ利用者による、間の9版が非表示)
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](IQマップ)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-RR</td>  
 
<td>-RR</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力: [A]</td>  
+
<td>入力: 探索範囲の内径 [A]</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-RW</td>  
 
<td>-RW</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力: [A]</td>  
+
<td>入力: 探索範囲の幅 [A]</td>  
 
<td>10.0</td>  
 
<td>10.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-thres</td>  
 
<td>-thres</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力: IQの閾値</td>  
+
<td>入力: IQの閾値(標準出力用)</td>  
 
<td>3.0</td>  
 
<td>3.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行65: 行65:
 
<td> </td>  
 
<td> </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
 +
IQ = (testdata - mean)/sd;<br>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-B120.mrc|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcImageParticleCandidateExtract.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行98: 行100:
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
 +
<br>  
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。<br>
 +
<br>
  
 
====-out のデータ====
 
====-out のデータ====
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36.000000 59.000000 0.000000 4.024090
 
36.000000 59.000000 0.000000 4.024090
 
</pre>
 
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション -RR===
 
===オプション -RR===
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。<br>
 +
<br>
  
 
===オプション -RW===
 
===オプション -RW===
====RW=30で実行====  
+
====RW=30, RR=50で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行171: 行179:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0<br>  
 
<td><p align="left">0<br>  
255<br>  
+
9<br>  
6.42328<br>  
+
0.345781<br>  
32.0784<br>  
+
1.15243<br>  
0.40098<br></p>  
+
0.0144054<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -thres===
 
===オプション -thres===

2015年1月26日 (月) 00:17時点における最新版

mrcImageParticleCandidateExtractとは周辺に比べて密度が有意に高いところを見出すEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage(IQマップ) NULL
-RR 選択 入力: 探索範囲の内径 [A] 100.0
-RW 選択 入力: 探索範囲の幅 [A] 10.0
-thres 選択 入力: IQの閾値(標準出力用) 3.0
-out 選択 出力 stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

IQ = (testdata - mean)/sd;

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

出力ファイルの画像

Outdata-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
9.36703
42.704

0.5338

入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。

-out のデータ

38.000000 24.000000 0.000000 3.285927
39.000000 24.000000 0.000000 5.289909
40.000000 24.000000 0.000000 6.301086
41.000000 24.000000 0.000000 5.084664
51.000000 24.000000 0.000000 3.458355
52.000000 24.000000 0.000000 3.290684

-中略-

36.000000 58.000000 0.000000 7.257681
37.000000 58.000000 0.000000 6.887584
38.000000 58.000000 0.000000 5.179653
39.000000 58.000000 0.000000 3.826627
35.000000 59.000000 0.000000 3.485140
36.000000 59.000000 0.000000 4.024090


オプション -RR

RR=50で実行

Outdata-RR50-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

7
0.217344
0.741059

0.00926323

RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。

オプション -RW

RW=30, RR=50で実行

Outdata-RW30-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

9
0.345781
1.15243

0.0144054


オプション -thres

thres=1で実行

出力ファイルの画像
Outdata-thres-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
9.36703
42.704

0.5338

-out の出力データ
47.000000 19.000000 0.000000 1.098040
48.000000 19.000000 0.000000 1.125516
46.000000 20.000000 0.000000 1.035438
47.000000 20.000000 0.000000 1.264296
48.000000 20.000000 0.000000 1.169891
49.000000 20.000000 0.000000 1.004437

-中略-

29.000000 62.000000 0.000000 1.318240
30.000000 62.000000 0.000000 1.408884
31.000000 62.000000 0.000000 1.180901
33.000000 62.000000 0.000000 1.042541
34.000000 62.000000 0.000000 1.174146
35.000000 62.000000 0.000000 1.107767