「mrcImageROIs」の版間の差分

提供: Eospedia
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(→‎-M の詳細)
 
(同じ利用者による、間の10版が非表示)
行15: 行15:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル:　画像</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行21: 行21:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル：ROI情報の設定</td>  
+
<td>入力ファイル：[[ASCII]](ROI情報の設定)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>
 
</tr>
行61: 行61:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
−
</table>  
+
</table>
  
−
===モードの詳細===
+
===-m の詳細===
 
[[補間]]の仕方を指定する。
 
[[補間]]の仕方を指定する。
 +
<table border="1">
 +
<div align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>最近傍法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>線形補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>３次補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>２次曲面補間法</td>
 +
</tr>
 +
</div>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-M の詳細===
 +
出力ファイルフォーマットを指定する。
 +
<table border="1">
 +
<div align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>Char</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>Short</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>Float</td>
 +
</tr>
 +
</div>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
=== ROI情報ファイルのフォーマット===
 
=== ROI情報ファイルのフォーマット===
行76: 行125:
  
 
中心と半径の指定
 
中心と半径の指定
−
  OutFileName Circle centerx centery radius  
+
  OutFileName Circle centerx centery radius
  
−
=== 出力ファイルフォーマットの指定===
+
== 実行例 ==
−
0: Char
+
===------入力ファイルの画像------===
−
1: Short
+
<table>
−
2: Float
+
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.357<br>
 +
119.241<br>
 +
1.49051<br></p>
 +
</td>
 +
<td>ノイズを加えたものを使用<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.r1-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
95.3804<br>
 +
123.024<br>
 +
1.51882<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------Infomationファイルの内容------===
 +
====ファイル形式１: OutFileName Rect  blx bly brx bry trx try tlx tly====
 +
<div>※長方形の座標を指定</div>
 +
<pre>
 +
inputnoise-0000.roi Rect 6 6 26 6 26 26 6 26
 +
inputnoise-0001.roi Rect 20 6 40 6 40 26 20 26
 +
inputnoise-0002.roi Rect 40 6 60 6 60 26 40 26
 +
inputnoise-0003.roi Rect 54 6 74 6 74 26 54 26
 +
inputnoise-0004.roi Rect 6 20 26 20 26 40 6 40
 +
inputnoise-0005.roi Rect 20 20 40 20 40 40 20 40
 +
inputnoise-0006.roi Rect 40 20 60 20 60 40 40 40
 +
inputnoise-0007.roi Rect 54 20 74 20 74 40 54 40
 +
inputnoise-0008.roi Rect 6 40 26 40 26 60 6 60
 +
inputnoise-0009.roi Rect 20 40 40 40 40 60 20 60
 +
inputnoise-0010.roi Rect 40 40 60 40 60 60 40 60
 +
inputnoise-0011.roi Rect 54 40 74 40 74 60 54 60
 +
inputnoise-0012.roi Rect 6 54 26 54 26 74 6 74
 +
inputnoise-0013.roi Rect 20 54 40 54 40 74 20 74
 +
inputnoise-0014.roi Rect 40 54 60 54 60 74 40 74
 +
inputnoise-0015.roi Rect 54 54 74 54 74 74 54 74
  
 +
</pre>
 +
 +
====ファイル形式２: OutFileName Rect2  centerx centery width height====
 +
<div>※画像の中心の座標、幅・高さを指定</div><br>
 +
[[画像:Infomation2-mrcImageROIs.png]]
 +
 +
===------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------===
 +
====Infomationファイルタイプ：Rect====
 +
<div>Infomationファイルの数分、画像が出力される</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====Infomationファイルタイプ：Rect2====
 +
[[画像:Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]<br>
 +
 +
===------オプション　-oを使用------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-168.927<br>
 +
160.828<br>
 +
-9.74867e-07<br>
 +
111.57<br>
 +
1.18799<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-Sを使用------===
 +
====Infomationファイルの15番を表示====
 +
=====-S=3の時=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
99.9307<br>
 +
124.111<br>
 +
2.03461<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-S=5の時=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.7682<br>
 +
119.056<br>
 +
1.17877<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-width,-heightを使用------===
 +
====-width=10,-height=10に設定====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
203.47<br>
 +
101.588<br>
 +
10.1588<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-width=50,-height=50に設定====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
84.2792<br>
 +
119.61<br>
 +
2.3922<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード１：０～２での処理------===
 +
====Infomationファイル：Rectで実行====
 +
=====モード：０=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
165<br>
 +
99.2579<br>
 +
54.0903<br>
 +
0.575951<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====モード：１=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
65445<br>
 +
25411.9<br>
 +
31831.5<br>
 +
338.94<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====モード：２=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-168.927<br>
 +
160.828<br>
 +
-9.74867e-07<br>
 +
111.57<br>
 +
1.18799<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード２：０～２での処理------===
 +
====Infomationファイル：Rect2で実行====
 +
=====モード：０=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
106.696<br>
 +
125.405<br>
 +
2.92352<br>
 +
196321<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====モード：１=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
106.881<br>
 +
105.188<br>
 +
2.4522<br>
 +
196661<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====モード：２=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-65.1789<br>
 +
323.14<br>
 +
106.754<br>
 +
121.757<br>
 +
2.83848<br>
 +
196428<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====モード：３=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13045.1<br>
 +
399922<br>
 +
81934.6<br>
 +
82047.6<br>
 +
1912.75<br>
 +
1.5076e+08<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
  
−
== 実行例 ==
 
  
 
== 参考文献 ==
 
== 参考文献 ==

2014年7月30日 (水) 01:18時点における最新版

mrcImageROIsとはmrcImageファイルから、複数の気になる領域を切り出すためのEosのコマンドである。

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-I 必須 入力ファイル：ASCII(ROI情報の設定) NULL
-o 選択 出力ファイル：モンタージュファイルの指定 stdout(設定しなければ標準出力）
-S 選択 入力：入力ファイルとROI情報を設定した画像の間で縮小率が異なっていた場合 NULL（縮小が掛かっていないとする）
-w 選択 入力：全てのROIの幅を指定した一定幅にする 0.0（ROI情報ファイルのまま）
-h 選択 入力：全てのROIの高さを指定した一定高さにする 0.0（ROI情報ファイルのまま）
-m 選択 補間方法の指定 0
-M 選択 出力ファイルフォーマットの指定 2

-m の詳細

補間の仕方を指定する。

モード 説明
0 最近傍法
1 線形補間法
2 ３次補間法
3 ２次曲面補間法


-M の詳細

出力ファイルフォーマットを指定する。

モード 説明
0 Char
1 Short
2 Float


ROI情報ファイルのフォーマット

出力ファイル名　形　パラメータ

長方形（４隅を指定） 

OutFileName Rect   blx bly brx bry trx try tlx tly

長方形（中心と大きさの指定） 

OutFileName Rect2  centerx centery width height

中心と半径の指定 

OutFileName Circle centerx centery radius

実行例

------入力ファイルの画像------

Input-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.357
119.241

1.49051

 ノイズを加えたものを使用
　　－－－－－－＞		 Inputnoise.r1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.3804
123.024

1.51882

------Infomationファイルの内容------

ファイル形式１: OutFileName Rect blx bly brx bry trx try tlx tly

※長方形の座標を指定
inputnoise-0000.roi Rect 6 6 26 6 26 26 6 26
inputnoise-0001.roi Rect 20 6 40 6 40 26 20 26
inputnoise-0002.roi Rect 40 6 60 6 60 26 40 26
inputnoise-0003.roi Rect 54 6 74 6 74 26 54 26
inputnoise-0004.roi Rect 6 20 26 20 26 40 6 40
inputnoise-0005.roi Rect 20 20 40 20 40 40 20 40
inputnoise-0006.roi Rect 40 20 60 20 60 40 40 40
inputnoise-0007.roi Rect 54 20 74 20 74 40 54 40
inputnoise-0008.roi Rect 6 40 26 40 26 60 6 60
inputnoise-0009.roi Rect 20 40 40 40 40 60 20 60
inputnoise-0010.roi Rect 40 40 60 40 60 60 40 60
inputnoise-0011.roi Rect 54 40 74 40 74 60 54 60
inputnoise-0012.roi Rect 6 54 26 54 26 74 6 74
inputnoise-0013.roi Rect 20 54 40 54 40 74 20 74
inputnoise-0014.roi Rect 40 54 60 54 60 74 40 74
inputnoise-0015.roi Rect 54 54 74 54 74 74 54 74

ファイル形式２: OutFileName Rect2 centerx centery width height

※画像の中心の座標、幅・高さを指定

Infomation2-mrcImageROIs.png

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Infomationファイルタイプ：Rect

Infomationファイルの数分、画像が出力される
Inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png
Inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png

Infomationファイルタイプ：Rect2

Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

------オプション　-oを使用------

Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------オプション　-Sを使用------

Infomationファイルの15番を表示

-S=3の時
Inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
99.9307
124.111

2.03461
-S=5の時
Inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.7682
119.056

1.17877

------オプション　-width,-heightを使用------

-width=10,-height=10に設定

Inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
203.47
101.588

10.1588

-width=50,-height=50に設定

Inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
84.2792
119.61

2.3922

------モード１：０～２での処理------

Infomationファイル：Rectで実行

モード：０
Inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

165
99.2579
54.0903

0.575951
モード：１
Inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

65445
25411.9
31831.5

338.94
モード：２
Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------モード２：０～２での処理------

Infomationファイル：Rect2で実行

モード：０
Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.696
125.405
2.92352

196321
モード：１
Inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.881
105.188
2.4522

196661
モード：２
Inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-65.1789

323.14
106.754
121.757
2.83848

196428
モード：３
Inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-13045.1

399922
81934.6
82047.6
1912.75

1.5076e+08


参考文献


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