「mrcImageRefCreate」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の14版が非表示)
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−
'''mrcImageRefCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageRefCreate'''とは[[３次元再構成]]にて使用する参照投影像を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](3D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](2Dセット)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree])</td>  
+
<td>回転の中心: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-w</td>  
 
<td>-w</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>幅:(Phi[±degree], Omega[±degree], Alpha[±degree]) </td>  
+
<td>回転の範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) </td>  
 
<td>(360, 10, 10)</td>  
 
<td>(360, 10, 10)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>間隔[degree]:(Phi[Z軸周り], Omega[Y軸], Alpha[X軸])</td>  
+
<td>回転の間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td>  
 
<td>(5, 5, 5)</td>  
 
<td>(5, 5, 5)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-x</td>  
 
<td>-x</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイルのx長(デフォルト:入力ファイルのx長)</td>  
+
<td>出力ファイルのx長</td>  
−
<td>NULL</td>  
+
<td>入力ファイルのx長</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行66: 行66:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>Phi: Z軸周り, Omega: Y軸周り, Alpha: x軸周り</div>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行85: 行86:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-121P1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行96: 行102:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
2 (4, 4, 3)<br>  
+
3500.79 (24, 28, 5)<br>  
−
0.390933<br>  
+
88.3104<br>  
−
0.611902<br>  
+
323.414<br>  
−
0.0111718<br></p>  
+
0.914753<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
===オプション必須項目のみの場合===
+
 
 +
===オプション　-w===
 +
====w=(30, 0, 0)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Outdata-mrcImageRefCreate.png]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-w-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行114: 行122:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-49.375 (4, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-618.193 (35, 39, 6)<br>  
−
246.875 (3, 0, 0)<br>  
+
37724 (22, 29, 11)<br>  
−
58.4295<br>  
+
4099.57<br>  
−
39.1421<br>  
+
5776.94<br>  
−
0.153212<br></p>  
+
30.879<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
===オプション　-w===
+
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
====w=(10, 5, 15)で実行====  
+
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 30
 +
7 0 0
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
====w=(0, 15, 0)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-w-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata1-w-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行134: 行165:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left">-847.927 (14, 27, 4)<br>  
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
33249 (13, 17, 5)<br>  
−
4.00604<br>  
+
5834.45<br>  
−
3.45942<br>  
+
6371.51<br>  
−
0.0208384<br></p>  
+
59.158<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>
 +
<br>
  
−
===オプション　-p===
+
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
====p=(5, 10, 15), w=(10, 5, 15)で実行====  
+
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 0
 +
7 0 15
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
====w=(0, 0, 15)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-p-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata2-w-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行154: 行208:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.820199 (18, 2, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-1630.77 (24, 32, 7)<br>  
−
15 (2, 0, 0)<br>  
+
29967.2 (28, 19, 1)<br>  
−
4.89738<br>  
+
4257.55<br>  
−
3.59733<br>  
+
5978.44<br>  
−
0.0390646<br></p>  
+
45.3746<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 0
 +
7 0 0
 +
8 0 15
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション　-d===
 
===オプション　-d===
−
====d=(10, 5, 1.25), w=(10, 5, 15)で実行====  
+
====d=(30, 5, 5), w=(180, 0, 0)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行174: 行252:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.11021 (4, 0, 121)<br>  
+
<td><p align="left">-581.161 (19, 13, 3)<br>  
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
36079.7 (23, 28, 5)<br>  
−
4.02236<br>  
+
4099.7<br>  
−
3.45945<br>  
+
5771.83<br>  
−
0.0142714<br></p>  
+
30.8517<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 30
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 180
 +
7 0 0
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション　-p===
 +
====p=(30, 0, 0), w=(30, 0, 0)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-p-mrcImageRefCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-586.437 (45, 25, 4)<br>
 +
42135.5 (31, 26, 12)<br>
 +
4099.79<br>
 +
5869.56<br>
 +
31.3741<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 30
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 30
 +
7 0 0
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション　-x===
 +
====x=30, w=(30, 0, 0)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-x-mrcImageRefCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-618.193 (25, 39, 6)<br>
 +
37724 (12, 29, 11)<br>
 +
6170.05<br>
 +
6385.51<br>
 +
44.0642<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 30
 +
7 0 0
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
−
====m=1で実行====  
+
====m=1, w=(0, 15, 0)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行194: 行384:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left">-3757.87 (20, 0, 7)<br>  
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
32675.7 (13, 17, 5)<br>  
−
4.03214<br>  
+
5959.8<br>  
−
3.45754<br>  
+
6481.03<br>  
−
0.020827<br></p>  
+
60.1748<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 0
 +
7 0 15
 +
8 0 0
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
<br>

2014年7月30日 (水) 04:00時点における最新版

mrcImageRefCreateとは３次元再構成にて使用する参照投影像を作成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage(2Dセット) NULL
-p 選択 回転の中心: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) (0, 0, 0)
-w 選択 回転の範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) (360, 10, 10)
-d 選択 回転の間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) (5, 5, 5)
-x 選択 出力ファイルのx長 入力ファイルのx長
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
Phi: Z軸周り, Omega: Y軸周り, Alpha: x軸周り

モードの詳細

モード 説明
0 通常
1 分子間距離を変更せずに倍率を変更


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P1.png
xy平面

Input1-121P1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (24, 28, 5)
88.3104
323.414

0.914753


オプション　-w

w=(30, 0, 0)で実行

Outdata-w-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-618.193 (35, 39, 6)

37724 (22, 29, 11)
4099.57
5776.94

30.879


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 30 
7 0 0 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


w=(0, 15, 0)で実行

Outdata1-w-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-847.927 (14, 27, 4)

33249 (13, 17, 5)
5834.45
6371.51

59.158


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 0 
7 0 15 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


w=(0, 0, 15)で実行

Outdata2-w-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1630.77 (24, 32, 7)

29967.2 (28, 19, 1)
4257.55
5978.44

45.3746


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 0 
7 0 0 
8 0 15 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-d

d=(30, 5, 5), w=(180, 0, 0)で実行

Outdata-d-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-581.161 (19, 13, 3)

36079.7 (23, 28, 5)
4099.7
5771.83

30.8517


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 30 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 180 
7 0 0 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-p

p=(30, 0, 0), w=(30, 0, 0)で実行

Outdata-p-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-586.437 (45, 25, 4)

42135.5 (31, 26, 12)
4099.79
5869.56

31.3741


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 30 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 30 
7 0 0 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-x

x=30, w=(30, 0, 0)で実行

Outdata-x-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-618.193 (25, 39, 6)

37724 (12, 29, 11)
6170.05
6385.51

44.0642


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 30 
7 0 0 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-m

m=1, w=(0, 15, 0)で実行

Outdata-m-mrcImageRefCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3757.87 (20, 0, 7)

32675.7 (13, 17, 5)
5959.8
6481.03

60.1748


z=0(ヘッダ)をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 0 
7 0 15 
8 0 0 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-



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