「mrcImageRefCreate」の版間の差分
(同じ利用者による、間の9版が非表示) | |||
行1: | 行1: | ||
− | '''mrcImageRefCreate''' | + | '''mrcImageRefCreate'''とは[[3次元再構成]]にて使用する参照投影像を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](3D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]](2Dセット)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-p</td> | <td>-p</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>回転の中心: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td> |
<td>(0, 0, 0)</td> | <td>(0, 0, 0)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-w</td> | <td>-w</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>回転の範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) </td> |
<td>(360, 10, 10)</td> | <td>(360, 10, 10)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>回転の間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td> |
<td>(5, 5, 5)</td> | <td>(5, 5, 5)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行130: | 行130: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 30 | ||
+ | 7 0 0 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====w=(0, 15, 0)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-w-mrcImageRefCreate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-847.927 (14, 27, 4)<br> | ||
+ | 33249 (13, 17, 5)<br> | ||
+ | 5834.45<br> | ||
+ | 6371.51<br> | ||
+ | 59.158<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 0 | ||
+ | 7 0 15 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====w=(0, 0, 15)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-w-mrcImageRefCreate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1630.77 (24, 32, 7)<br> | ||
+ | 29967.2 (28, 19, 1)<br> | ||
+ | 4257.55<br> | ||
+ | 5978.44<br> | ||
+ | 45.3746<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 0 | ||
+ | 7 0 0 | ||
+ | 8 0 15 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -d=== | ===オプション -d=== | ||
行151: | 行260: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 30 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 180 | ||
+ | 7 0 0 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -p=== | ===オプション -p=== | ||
− | ====p=( | + | ====p=(30, 0, 0), w=(30, 0, 0)で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td | + | <td>[[画像:Outdata-p-mrcImageRefCreate.png]]</td> |
− | + | <td><p align="left">最小<br> | |
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align=" | + | <td><p align="left">-586.437 (45, 25, 4)<br> |
− | + | 42135.5 (31, 26, 12)<br> | |
+ | 4099.79<br> | ||
+ | 5869.56<br> | ||
+ | 31.3741<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 30 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 30 | ||
+ | 7 0 0 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -x=== | ||
+ | ====x=30, w=(30, 0, 0)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-x-mrcImageRefCreate.png]]</td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行169: | 行340: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-618.193 (25, 39, 6)<br> |
− | + | 37724 (12, 29, 11)<br> | |
− | + | 6170.05<br> | |
− | + | 6385.51<br> | |
− | + | 44.0642<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 30 | ||
+ | 7 0 0 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
− | ====m=1, | + | ====m=1, w=(0, 15, 0)で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td | + | <td>[[画像:Outdata-m-mrcImageRefCreate.png]]</td> |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行196: | 行384: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-3757.87 (20, 0, 7)<br> |
− | + | 32675.7 (13, 17, 5)<br> | |
− | + | 5959.8<br> | |
− | + | 6481.03<br> | |
− | + | 60.1748<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>z=0(ヘッダ)を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 0 | ||
+ | 7 0 15 | ||
+ | 8 0 0 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> |
2014年7月30日 (水) 04:00時点における最新版
mrcImageRefCreateとは3次元再構成にて使用する参照投影像を作成するEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage(2Dセット) | NULL |
-p | 選択 | 回転の中心: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) | (0, 0, 0) |
-w | 選択 | 回転の範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) | (360, 10, 10) |
-d | 選択 | 回転の間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) | (5, 5, 5) |
-x | 選択 | 出力ファイルのx長 | 入力ファイルのx長 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 通常 |
1 | 分子間距離を変更せずに倍率を変更 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (24, 28, 5) |
オプション -w
w=(30, 0, 0)で実行
最小 最大 |
-618.193 (35, 39, 6) 37724 (22, 29, 11) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 30 7 0 0 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
w=(0, 15, 0)で実行
最小 最大 |
-847.927 (14, 27, 4) 33249 (13, 17, 5) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 0 7 0 15 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
w=(0, 0, 15)で実行
最小 最大 |
-1630.77 (24, 32, 7) 29967.2 (28, 19, 1) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 0 7 0 0 8 0 15 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -d
d=(30, 5, 5), w=(180, 0, 0)で実行
最小 最大 |
-581.161 (19, 13, 3) 36079.7 (23, 28, 5) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 30 4 0 5 5 0 5 6 0 180 7 0 0 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -p
p=(30, 0, 0), w=(30, 0, 0)で実行
最小 最大 |
-586.437 (45, 25, 4) 42135.5 (31, 26, 12) |
0 0 30 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 30 7 0 0 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -x
x=30, w=(30, 0, 0)で実行
最小 最大 |
-618.193 (25, 39, 6) 37724 (12, 29, 11) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 30 7 0 0 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -m
m=1, w=(0, 15, 0)で実行
最小 最大 |
-3757.87 (20, 0, 7) 32675.7 (13, 17, 5) |
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 0 7 0 15 8 0 0 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-