「mrcImageShapeSearch」の版間の差分
提供: Eospedia
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| 行28: | 行28: | ||
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> | ||
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-n</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>対象とする物体の大きさ(pixel)</td> | ||
| + | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行54: | 行60: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| + | <td>-Psi</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>around y-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta)</td> | ||
| + | <td>(0.0, 359.0, 1.0)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-thres[Zcore]i</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>Zscore</td> | ||
| + | <td>1.0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-interp</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>補間モード</td> | ||
| + | <td>0(最近傍)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-OVBILD</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>BILD形式の矢印(chimeraで対応)のファイル名</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-arrow</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>BILD形式の矢印(chimeraで対応)の形</td> | ||
| + | <td>0.1 0.4 0.75</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-zoom</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>BILD形式の矢印(chimeraで対応)の大きさ</td> | ||
| + | <td>1.0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-arrowColorDisk</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Disk)</td> | ||
| + | <td>0.0 1.0 0.0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-arrowColorDisk</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Sylinder)</td> | ||
| + | <td>1.0 0.0 0.0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
<td>-c</td> | <td>-c</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
2015年10月18日 (日) 13:44時点における版
mrcImageShapeSearchとは、三次元画像の中から円筒や円盤、球などの物体を探索するためのEosのコマンドである。入力画像は2値像が基本となっています。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -Shape | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -n | 選択 | 対象とする物体の大きさ(pixel) | 0 |
| -r | 選択 | Radius[pixel]: (minR, maxR) | (3, 5) |
| -l | 選択 | Length[pixel]: (minL. maxL) | (3, 5) |
| -Phi | 選択 | around z-axis[degree]: (minPhi, maxPhi, delPhi) | (0.0, 359.0, 1.0) |
| -Theta | 選択 | around x-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) | (0.0, 359.0, 1.0) |
| -Psi | 選択 | around y-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) | (0.0, 359.0, 1.0) |
| -thres[Zcore]i | 選択 | Zscore | 1.0 |
| -interp | 選択 | 補間モード | 0(最近傍) |
| -OVBILD | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)のファイル名 | NULL |
| -arrow | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の形 | 0.1 0.4 0.75 |
| -zoom | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の大きさ | 1.0 |
| -arrowColorDisk | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Disk) | 0.0 1.0 0.0 |
| -arrowColorDisk | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Sylinder) | 1.0 0.0 0.0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Cylinder with radius and length |
