mrcImageShapeSearch

提供: Eospedia
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mrcImageShapeSearchとは、三次元画像の中から円筒や円盤、球などの物体を探索するためのEosコマンドである。入力画像は2値像が基本となっています。


オプション一覧

メインオプション

     
オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル(指定した形の可能性を示す): mrcImage NULL
-Shape 必須 出力ファイル(可能性の高い形0/1/2): mrcImage NULL
-n 選択 対象とする物体の大きさ(pixel) 0
-Refine 選択 形状の詳細チェック(まだ完全に対応出来ていない、バージョンアップ中)
-r 選択 Radius[pixel]: (minR, maxR) (3, 5)
-l 選択 Length[pixel]: (minL. maxL) (3, 5)
-Phi 選択 around z-axis[degree]: (minPhi, maxPhi, delPhi) (0.0, 359.0, 1.0)
-Theta 選択 around x-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) (0.0, 359.0, 1.0)
-Psi 選択 around y-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) (0.0, 359.0, 1.0)
-thres[Zcore]i 選択 Zscore 1.0
-interp 選択 補間モード 0(最近傍)
-OVBILD 選択 BILD形式の矢印(chimeraで対応)のファイル名 NULL
-OV 選択 ベクトル情報のMRCファイル(.0, .1, .2として3つ出力される) NULL
-arrow 選択 BILD形式の矢印(chimeraで対応)の形 0.1 0.4 0.75
-zoom 選択 BILD形式の矢印(chimeraで対応)の大きさ 1.0
-arrowColorDisk 選択 BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Disk) 0.0 1.0 0.0
-arrowColorDisk 選択 BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Sylinder) 1.0 0.0 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0 Cylinder with radius and length
1 Disk with radius and length
2 Sphere with radius


実行例

make Testによりテストされた結果を示します。

mrcImageShapeSearch -i data/test-sylinder.bin -o data/test-sylinder.syl -Shape data/test-sylinder.shape0 -n 9 -r 3 5 1 -l 5 5 1 -Phi 0 359 45 -Theta  0 179 45 -Psi 0 0 90 -m 0 -thres 0.5 -OVBILD data/test-sylinder.sylvec.bild  -OV data/test-sylinder.sylvec
入力test-sylinder.bin.png入力画像のシリンダー:等高面表示になっています。
形状test-sylinder.shape0.png形状データ:赤:シリンダー、緑:ディスク
ベクトルtest-sylinder.sylvec.pngベクトルデータ:赤:シリンダーの方向ベクトル、緑:ディスクの法線ベクトル