mrcImageShapeSearch
提供: Eospedia
mrcImageShapeSearchとは、三次元画像の中から円筒や円盤、球などの物体を探索するためのEosのコマンドである。入力画像は2値像が基本となっています。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル(指定した形の可能性を示す): mrcImage | NULL |
-Shape | 必須 | 出力ファイル(可能性の高い形0/1/2): mrcImage | NULL |
-n | 選択 | 対象とする物体の大きさ(pixel) | 0 |
-r | 選択 | Radius[pixel]: (minR, maxR) | (3, 5) |
-l | 選択 | Length[pixel]: (minL. maxL) | (3, 5) |
-Phi | 選択 | around z-axis[degree]: (minPhi, maxPhi, delPhi) | (0.0, 359.0, 1.0) |
-Theta | 選択 | around x-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) | (0.0, 359.0, 1.0) |
-Psi | 選択 | around y-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta) | (0.0, 359.0, 1.0) |
-thres[Zcore]i | 選択 | Zscore | 1.0 |
-interp | 選択 | 補間モード | 0(最近傍) |
-OVBILD | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)のファイル名 | NULL |
-OV | 選択 | ベクトル情報のMRCファイル(.0, .1, .2として3つ出力される) | NULL |
-arrow | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の形 | 0.1 0.4 0.75 |
-zoom | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の大きさ | 1.0 |
-arrowColorDisk | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Disk) | 0.0 1.0 0.0 |
-arrowColorDisk | 選択 | BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Sylinder) | 1.0 0.0 0.0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Cylinder with radius and length |
1 | Disk with radius and length |
2 | Sphere with radius |