mrcImageSimilarityEstimate
mrcImageSimilarityEstimateとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | NULL |
-oCor | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-ref | 必須 | 参照ファイルリスト: ASCII | stdin |
-corfilename | 選択 | 相関ファイルリスト: ASCII | stdin |
-cormode | 選択 | cormode | 0 |
-ctfinfo | 選択 | CTF情報: ASCII | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-cormode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Normal Correlation FxG* |
1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
16 | (0, 0)=0 |
-ref のフォーマット
2Dファイル1 2Dファイル2 . .
-ctfinfoのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
実行例
入力ファイルの画像
|
最小 最大 |
57.2237 (78, 32, 0) 520564 (0, 0, 0) |
参照ファイルのデータ
Input-1VOM-2D.mrc Input-1VOM-Rot-2D.mrc Input-1VOM-Rot1-2D.mrc Input-1VOM-Rot2-2D.mrc Input-1VOM-Rot3-2D.mrc Input-1VOM-Rot4-2D.mrc
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) |
最小 最大 |
-609.552 (68, 18, 0) 43476 (45, 47, 0) |
最小 最大 |
-2.31309e-06 (29, 7, 0) 49749.2 (52, 51, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.2 (28, 52, 0) |
最小 最大 |
-1.70846e-06 (56, 57, 0) 40287.6 (43, 43, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 40287.6 (43, 36, 0) |
オプション -ctfinfo
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
Cs 2.100000, defocus 27000.000000, kV 200.000000, mode 1, AoverP 0.100000, Ain 0.000000 in main Image Number 6 in main correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate maxNumber 0.000000, max 594983936.000000 ( 31.000000 39.000000 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 0, max: 594983936.000000 ( 31.000000, 39.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 1, max: 416067136.000000 ( 19.000000, 26.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 2, max: 693353536.000000 ( 52.000000, 44.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 3, max: 701726912.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 4, max: 730086528.000000 ( 28.000000, 29.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 5, max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate maxNumber: 5.000000 max:844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0 in main
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber: 5.000000 max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0
オプション -oCor
最小 最大 |
-1.41115e+09 (3, 78, 0) 8.4407e+08 (33, 41, 0) |
オプション -corfilename
Cor.mrc Cor-Rot.mrc Cor-Rot1.mrc Cor-Rot2.mrc Cor-Rot3.mrc Cor-Rot4.mrc
最小 最大 |
-1.78706e+09 (1, 0, 0) 5.94984e+08 (31, 39, 0) |
最小 最大 |
-1.96178e+09 (0, 0, 0) 4.16067e+08 (19, 26, 0) |
最小 最大 |
-1.84834e+09 (2, 2, 0) 6.93354e+08 (52, 44, 0) |
最小 最大 |
-1.78266e+09 (6, 3, 0) 7.01727e+08 (33, 41, 0) |
最小 最大 |
-1.83911e+09 (78, 77, 0) 7.30087e+08 (28, 29, 0) |
最小 最大 |
-1.41115e+09 (3, 78, 0) 8.4407e+08 (33, 41, 0) |