「mrcImageSolventFlattening」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の2版が非表示)
行38: 行38:
 
<td>-density</td>  
 
<td>-density</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>embed mean lower than density value</td>  
+
<td>溶液の平均密度(下回る値を補正する)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>data minus mean of Solvent</td>  
+
<td>データから溶液の平均密度を引く</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>モードを設定</td>  
+
<td>モードを設定(-densityの方が優先される)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行73: 行73:
 
</table>  
 
</table>  
  
<div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range <br>
+
<div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range</div>
-density is stronger than -m</div>
+
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行102: 行101:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (41, 10, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
111.211<br>
 +
32.7239<br>
 +
0.409049<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
<div>m=1で使用する[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br>
 +
4032.8 (49, 53, 30)<br>
 +
12.0338<br>
 +
475.034<br>
 +
0.48225<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
<div>m=2で使用する[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input3-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input4-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.00295664<br>
 +
0.0916201<br>
 +
0.000132783<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">111 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
123.826<br>
 +
21.2012<br>
 +
0.265015<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -sd===
 +
====sd=1で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">143 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
146.528<br>
 +
11.5143<br>
 +
0.143928<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -density===
 +
====density=64で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">64 (8, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
111.86<br>
 +
31.5489<br>
 +
0.394361<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 64
 +
SD: 0
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -Floating===
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
143 (42, 36, 0)<br>
 +
12.3614<br>
 +
20.8806<br>
 +
0.261008<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -m===
 +
====m=1で実行====
 +
=====その他のオプションなし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.93088 (2, 0, 0)<br>
 +
4032.8 (49, 53, 30)<br>
 +
195.824<br>
 +
288.816<br>
 +
0.293204<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
rmax from caliculate:49.000000
 +
meanOfSphereSurface 5.93088 at rmax 49[A]
 +
Mean: 5.93088
 +
SD: 391.086
 +
</pre>
 +
 +
=====rmax=10で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">334.514 (0, 0, 0)<br>
 +
4032.8 (49, 53, 30)<br>
 +
404.478<br>
 +
184.129<br>
 +
0.186926<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
rmax from option:10.000000
 +
meanOfSphereSurface 334.514 at rmax 10[A]
 +
Mean: 334.514
 +
SD: 673.352
 +
</pre>
 +
 +
 +
====m=2で実行====
 +
=====その他のオプションなし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00126069 (0, 0, 0)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.0323659<br>
 +
0.0689534<br>
 +
9.99325e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
rmax from caliculate:340.000000
 +
meanOfCylinderSurface 0.00126069 at rmax 340[A]
 +
Mean: 0.00126069
 +
SD: 0.065755
 +
</pre>
 +
 +
=====rmax=100で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.000652629 (0, 0, 0)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.0320589<br>
 +
0.0690925<br>
 +
0.000100134<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
rmax from option:100.000000
 +
meanOfCylinderSurface 0.000652629 at rmax 100[A]
 +
Mean: 0.000652629
 +
SD: 0.0645217
 +
</pre>
 +
 +
 +
====m=6で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">102 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
119.567<br>
 +
24.0291<br>
 +
0.300364<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 102.875
 +
SD: 24.7022
 +
</pre>

2013年12月19日 (木) 04:32時点における最新版

mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-rmax 選択 rmax [A] 190
-sd 選択 Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent 0
-density 選択 溶液の平均密度(下回る値を補正する) 0
-Floating 選択 データから溶液の平均密度を引く
-oparam 選択 出力: パラメータ stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定(-densityの方が優先される) 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range

モードの詳細

モード 説明
0 mean of all density
1 mean of sphere surface density at rmax
2 mean of cylinder surface density at rmax
6 mean of 2D Edge X=0 or N.x-1


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (41, 10, 0)

255 (42, 36, 0)
111.211
32.7239

0.409049


m=1で使用する 入力ファイルの画像

Input1-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Input2-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


m=2で使用する 入力ファイルの画像

Input3-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Input4-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783


オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

111 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
123.826
21.2012

0.265015

-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション -sd

sd=1で実行

-o の画像
Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

143 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
146.528
11.5143

0.143928

-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション -density

density=64で実行

-o の画像
Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

64 (8, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
111.86
31.5489

0.394361

-oparam のデータ
Mean: 64
SD: 0


オプション -Floating

-o の画像
Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

143 (42, 36, 0)
12.3614
20.8806

0.261008

-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション -m

m=1で実行

その他のオプションなし

Outdata-m1-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.93088 (2, 0, 0)

4032.8 (49, 53, 30)
195.824
288.816

0.293204

-oparam のデータ
rmax from caliculate:49.000000
meanOfSphereSurface 5.93088 at rmax 49[A]
Mean: 5.93088
SD: 391.086
rmax=10で実行

Outdata-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Outdata1-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

334.514 (0, 0, 0)

4032.8 (49, 53, 30)
404.478
184.129

0.186926

-oparam のデータ
rmax from option:10.000000
meanOfSphereSurface 334.514 at rmax 10[A]
Mean: 334.514
SD: 673.352


m=2で実行

その他のオプションなし

Outdata-m2-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Outdata1-m2-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00126069 (0, 0, 0)

1.52145 (47, 41, 47)
0.0323659
0.0689534

9.99325e-05

-oparam のデータ
rmax from caliculate:340.000000
meanOfCylinderSurface 0.00126069 at rmax 340[A]
Mean: 0.00126069
SD: 0.065755
rmax=100で実行

Outdata-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png
xy平面

Outdata1-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000652629 (0, 0, 0)

1.52145 (47, 41, 47)
0.0320589
0.0690925

0.000100134

-oparam のデータ
rmax from option:100.000000
meanOfCylinderSurface 0.000652629 at rmax 100[A]
Mean: 0.000652629
SD: 0.0645217


m=6で実行

-o の画像
Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

102 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
119.567
24.0291

0.300364

-oparam のデータ
Mean: 102.875
SD: 24.7022