「mrcImageSolventFlattening」の版間の差分
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(同じ利用者による、間の2版が非表示) | |||
行38: | 行38: | ||
<td>-density</td> | <td>-density</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>溶液の平均密度(下回る値を補正する)</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行44: | 行44: | ||
<td>-Floating</td> | <td>-Floating</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>データから溶液の平均密度を引く</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行62: | 行62: | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>モードを設定</td> | + | <td>モードを設定(-densityの方が優先される)</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行73: | 行73: | ||
</table> | </table> | ||
− | <div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range | + | <div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range</div> |
− | + | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行102: | 行101: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (41, 10, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 111.211<br> | ||
+ | 32.7239<br> | ||
+ | 0.409049<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <div>m=1で使用する[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br> | ||
+ | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | ||
+ | 12.0338<br> | ||
+ | 475.034<br> | ||
+ | 0.48225<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <div>m=2で使用する[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input3-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input4-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br> | ||
+ | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | ||
+ | 0.00295664<br> | ||
+ | 0.0916201<br> | ||
+ | 0.000132783<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">111 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 123.826<br> | ||
+ | 21.2012<br> | ||
+ | 0.265015<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -sd=== | ||
+ | ====sd=1で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">143 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 146.528<br> | ||
+ | 11.5143<br> | ||
+ | 0.143928<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -density=== | ||
+ | ====density=64で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">64 (8, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 111.86<br> | ||
+ | 31.5489<br> | ||
+ | 0.394361<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 64 | ||
+ | SD: 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Floating=== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 143 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 12.3614<br> | ||
+ | 20.8806<br> | ||
+ | 0.261008<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">5.93088 (2, 0, 0)<br> | ||
+ | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | ||
+ | 195.824<br> | ||
+ | 288.816<br> | ||
+ | 0.293204<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | rmax from caliculate:49.000000 | ||
+ | meanOfSphereSurface 5.93088 at rmax 49[A] | ||
+ | Mean: 5.93088 | ||
+ | SD: 391.086 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | =====rmax=10で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">334.514 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | ||
+ | 404.478<br> | ||
+ | 184.129<br> | ||
+ | 0.186926<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | rmax from option:10.000000 | ||
+ | meanOfSphereSurface 334.514 at rmax 10[A] | ||
+ | Mean: 334.514 | ||
+ | SD: 673.352 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=2で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.00126069 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | ||
+ | 0.0323659<br> | ||
+ | 0.0689534<br> | ||
+ | 9.99325e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | rmax from caliculate:340.000000 | ||
+ | meanOfCylinderSurface 0.00126069 at rmax 340[A] | ||
+ | Mean: 0.00126069 | ||
+ | SD: 0.065755 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | =====rmax=100で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2rmax-mrcImageSolventFlattening.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000652629 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | ||
+ | 0.0320589<br> | ||
+ | 0.0690925<br> | ||
+ | 0.000100134<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | rmax from option:100.000000 | ||
+ | meanOfCylinderSurface 0.000652629 at rmax 100[A] | ||
+ | Mean: 0.000652629 | ||
+ | SD: 0.0645217 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=6で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">102 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 119.567<br> | ||
+ | 24.0291<br> | ||
+ | 0.300364<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 102.875 | ||
+ | SD: 24.7022 | ||
+ | </pre> |
2013年12月19日 (木) 04:32時点における最新版
mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-rmax | 選択 | rmax [A] | 190 |
-sd | 選択 | Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent | 0 |
-density | 選択 | 溶液の平均密度(下回る値を補正する) | 0 |
-Floating | 選択 | データから溶液の平均密度を引く | |
-oparam | 選択 | 出力: パラメータ | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定(-densityの方が優先される) | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | mean of all density |
1 | mean of sphere surface density at rmax |
2 | mean of cylinder surface density at rmax |
6 | mean of 2D Edge X=0 or N.x-1 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (41, 10, 0) 255 (42, 36, 0) |
最小 最大 |
-2255.49 (1, 42, 21) 4032.8 (49, 53, 30) |
最小 最大 |
-0.307724 (52, 10, 79) 1.52145 (47, 41, 47) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
111 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -sd
sd=1で実行
最小 最大 |
143 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -density
density=64で実行
最小 最大 |
64 (8, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
Mean: 64 SD: 0
オプション -Floating
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 143 (42, 36, 0) |
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -m
m=1で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
5.93088 (2, 0, 0) 4032.8 (49, 53, 30) |
rmax from caliculate:49.000000 meanOfSphereSurface 5.93088 at rmax 49[A] Mean: 5.93088 SD: 391.086
rmax=10で実行
最小 最大 |
334.514 (0, 0, 0) 4032.8 (49, 53, 30) |
rmax from option:10.000000 meanOfSphereSurface 334.514 at rmax 10[A] Mean: 334.514 SD: 673.352
m=2で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
0.00126069 (0, 0, 0) 1.52145 (47, 41, 47) |
rmax from caliculate:340.000000 meanOfCylinderSurface 0.00126069 at rmax 340[A] Mean: 0.00126069 SD: 0.065755
rmax=100で実行
最小 最大 |
0.000652629 (0, 0, 0) 1.52145 (47, 41, 47) |
rmax from option:100.000000 meanOfCylinderSurface 0.000652629 at rmax 100[A] Mean: 0.000652629 SD: 0.0645217
m=6で実行
最小 最大 |
102 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
Mean: 102.875 SD: 24.7022