「mrcImageSolventFlattening」の版間の差分
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行38: | 行38: | ||
<td>-density</td> | <td>-density</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>溶液の平均密度(下回る値を補正する)</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行44: | 行44: | ||
<td>-Floating</td> | <td>-Floating</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>データから溶液の平均密度を引く</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行62: | 行62: | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>モードを設定</td> | + | <td>モードを設定(-densityの方が優先される)</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行73: | 行73: | ||
</table> | </table> | ||
− | <div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range | + | <div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range</div> |
− | + | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行102: | 行101: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (41, 10, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 111.211<br> | ||
+ | 32.7239<br> | ||
+ | 0.409049<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">111 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 123.826<br> | ||
+ | 21.2012<br> | ||
+ | 0.265015<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -sd=== | ||
+ | ====sd=1で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">143 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 146.528<br> | ||
+ | 11.5143<br> | ||
+ | 0.143928<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -density=== | ||
+ | ====density=64で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">64 (8, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 111.86<br> | ||
+ | 31.5489<br> | ||
+ | 0.394361<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 64 | ||
+ | SD: 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Floating=== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 143 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 12.3614<br> | ||
+ | 20.8806<br> | ||
+ | 0.261008<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 111.211 | ||
+ | SD: 32.7239 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=6で実行==== | ||
+ | <div>-o の画像 </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">102 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 255 (42, 36, 0)<br> | ||
+ | 119.567<br> | ||
+ | 24.0291<br> | ||
+ | 0.300364<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-oparam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Mean: 102.875 | ||
+ | SD: 24.7022 | ||
+ | </pre> |
2013年12月19日 (木) 03:18時点における版
mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-rmax | 選択 | rmax [A] | 190 |
-sd | 選択 | Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent | 0 |
-density | 選択 | 溶液の平均密度(下回る値を補正する) | 0 |
-Floating | 選択 | データから溶液の平均密度を引く | |
-oparam | 選択 | 出力: パラメータ | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定(-densityの方が優先される) | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | mean of all density |
1 | mean of sphere surface density at rmax |
2 | mean of cylinder surface density at rmax |
6 | mean of 2D Edge X=0 or N.x-1 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (41, 10, 0) 255 (42, 36, 0) |
オプション必須項目のみの場合
-o の画像
最小 最大 |
111 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -sd
sd=1で実行
-o の画像
最小 最大 |
143 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -density
density=64で実行
-o の画像
最小 最大 |
64 (8, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 64 SD: 0
オプション -Floating
-o の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 143 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -m
m=6で実行
-o の画像
最小 最大 |
102 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 102.875 SD: 24.7022