mrcImageSolventFlattening
提供: Eospedia
mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-rmax | 選択 | rmax [A] | 190 |
-sd | 選択 | Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent | 0 |
-density | 選択 | 溶液の平均密度(下回る値を補正する) | 0 |
-Floating | 選択 | データから溶液の平均密度を引く | |
-oparam | 選択 | 出力: パラメータ | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定(-densityの方が優先される) | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | mean of all density |
1 | mean of sphere surface density at rmax |
2 | mean of cylinder surface density at rmax |
6 | mean of 2D Edge X=0 or N.x-1 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (41, 10, 0) 255 (42, 36, 0) |
オプション必須項目のみの場合
-o の画像
最小 最大 |
111 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -sd
sd=1で実行
-o の画像
最小 最大 |
143 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -density
density=64で実行
-o の画像
最小 最大 |
64 (8, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 64 SD: 0
オプション -Floating
-o の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 143 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 111.211 SD: 32.7239
オプション -m
m=6で実行
-o の画像
最小 最大 |
102 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) |
-oparam のデータ
Mean: 102.875 SD: 24.7022