「mrcImageSpatialFrequencyFilter」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
行105: 行105:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
 +
 +
=== -filter, -filterCol の実行例 ===
 +
[[:Media:Input-1VOM.FNC.zip|-filter のファイル]]のデータ<br>
 +
<pre>
 +
  0.000000  0.991796          1 FSC  9.519133 SNR -2.234766e+00 FNCF  0.887094 FNCN  0.921272 FSCfull  1.809870 Cref  1.345314 NoiseWeighted  1.345314
 +
  0.003906  0.982392        18 FSC  5.915698 SNR -2.406860e+00 FNCF  0.882438 FNCN  0.813045 FSCfull  1.710803 Cref  1.307977 NoiseWeighted  1.308476
 +
  0.007812  0.963411        62 FSC  3.088757 SNR -2.957507e+00 FNCF  0.864149 FNCN  0.779968 FSCfull  1.510854 Cref  1.229168 NoiseWeighted  1.231045
 +
  0.011719  0.934883        98 FSC  1.532664 SNR -5.754709e+00 FNCF  0.841882 FNCN  0.823140 FSCfull  1.210318 Cref  1.100144 NoiseWeighted  1.103928
 +
  0.015625  0.902410        210 FSC  0.767160 SNR  6.589575e+00 FNCF  0.843278 FNCN  0.833989 FSCfull  0.868240 Cref  0.931794 NoiseWeighted  0.937499
 +
 +
-中略-
 +
 +
  0.078125  0.874788      5034 FSC  0.405730 SNR  1.365474e+00 FNCF  0.918267 FNCN  0.805186 FSCfull  0.577252 Cref  0.759771 NoiseWeighted  0.885015
 +
  0.082031  0.881223      5714 FSC  0.476054 SNR  1.817189e+00 FNCF  0.920790 FNCN  0.818042 FSCfull  0.645036 Cref  0.803142 NoiseWeighted  0.950282
 +
  0.085938  0.887642      5982 FSC  0.553597 SNR  2.480260e+00 FNCF  0.918410 FNCN  0.819727 FSCfull  0.712665 Cref  0.844195 NoiseWeighted  1.015377
 +
  0.089844  0.888627      6602 FSC  0.566220 SNR  2.610627e+00 FNCF  0.914992 FNCN  0.811965 FSCfull  0.723040 Cref  0.850317 NoiseWeighted  1.040449
 +
  0.093750  0.887771      7130 FSC  0.555237 SNR  2.496775e+00 FNCF  0.913122 FNCN  0.820130 FSCfull  0.714022 Cref  0.844998 NoiseWeighted  1.052645
 +
  0.097656  0.892122      8034 FSC  0.612713 SNR  3.164125e+00 FNCF  0.914968 FNCN  0.817642 FSCfull  0.759854 Cref  0.871696 NoiseWeighted  1.106391
 +
  0.101562  0.896910      8606 FSC  0.681085 SNR  4.271264e+00 FNCF  0.915875 FNCN  0.815180 FSCfull  0.810292 Cref  0.900162 NoiseWeighted  1.164968
 +
  0.105469  0.889562      9066 FSC  0.578393 SNR  2.743754e+00 FNCF  0.913390 FNCN  0.816582 FSCfull  0.732888 Cref  0.856089 NoiseWeighted  1.130557
 +
  0.109375  0.879936      9962 FSC  0.461431 SNR  1.713548e+00 FNCF  0.915444 FNCN  0.824100 FSCfull  0.631479 Cref  0.794656 NoiseWeighted  1.071679
 +
  0.113281  0.873392      10550 FSC  0.391352 SNR  1.285974e+00 FNCF  0.917362 FNCN  0.826946 FSCfull  0.562550 Cref  0.750033 NoiseWeighted  1.033735
 +
 +
-中略-
 +
 +
  0.652344  0.820764    101724 FSC  0.004082 SNR  8.197289e-03 FNCF  0.914716 FNCN  0.819407 FSCfull  0.008131 Cref  0.090170 NoiseWeighted 3762.170730
 +
  0.656250  0.821992      98396 FSC  0.010648 SNR  2.152460e-02 FNCF  0.915023 FNCN  0.819700 FSCfull  0.021071 Cref  0.145159 NoiseWeighted 6882.065383
 +
  0.660156  0.820556      94632 FSC  0.002979 SNR  5.976104e-03 FNCF  0.915374 FNCN  0.820679 FSCfull  0.005941 Cref  0.077075 NoiseWeighted 4155.485366
 +
  0.664062  0.819228      90908 FSC  -0.004008 SNR -7.984459e-03 FNCF  0.916605 FNCN  0.819217 FSCfull  -0.008049 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
  0.667969  0.819197      86684 FSC  -0.004168 SNR -8.302339e-03 FNCF  0.917529 FNCN  0.816882 FSCfull  -0.008372 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
 +
-中略-
 +
 +
  0.847656  0.821916        392 FSC  0.010239 SNR  2.068939e-02 FNCF  0.910826 FNCN  0.841365 FSCfull  0.020270 Cref  0.142373 NoiseWeighted  0.000000
 +
  0.851562  0.765112        200 FSC  -0.224245 SNR -3.663394e-01 FNCF  0.922496 FNCN  0.812100 FSCfull  -0.578132 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
  0.855469  0.812369        72 FSC  -0.038602 SNR -7.433483e-02 FNCF  0.958576 FNCN  0.817161 FSCfull  -0.080304 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
  0.859375  0.777638          8 FSC  -0.182399 SNR -3.085238e-01 FNCF  0.982674 FNCN  0.748480 FSCfull  -0.446181 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
  0.863281  0.000000          0 FSC  -0.811999 SNR -8.962464e-01 FNCF  0.000000 FNCN  0.000000 FSCfull  -8.638216 Cref  0.000000 NoiseWeighted  0.000000
 +
</pre>
 +
このファイルではRが1列目、Weightが17列目に書かれているので、filterCol=(1, 17)で指定して実行する。
 +
<br>
 +
 +
==== その他オプションなしで実行 ====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-filter-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-filter-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.59766e+06 (8, 70, 17)<br>
 +
2.64186e+06 (43, 75, 36)<br>
 +
97.0626<br>
 +
582169<br>
 +
727.711<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
そのままでは高周波数成分内でSN比が小さい重みが非常に大きくなってしまうので、ノイズ部分が強調され入力ファイルとは全く違う形が出来上がる。<br>
 +
<br>
 +
 +
==== H=0.105469 で実行 ====
 +
フィルタファイルにおいて、FSCが0.5を上回りSN比が3であるR=0.105469を基準にして実行する。
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-H-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-H-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-178.789 (1, 26, 29)<br>
 +
798.082 (42, 35, 41)<br>
 +
97.0627<br>
 +
149.022<br>
 +
0.186278<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
入力ファイルに対して周辺のノイズが軽減されている。
 
<br>
 
<br>

2014年10月28日 (火) 03:07時点における版

mrcImageSpatialFrequencyFilterは、設定した空間周波数毎の重みに応じて、フィルタをかけるためのEosのツールである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-filter 必須 入力: フィルタファイル: ASCII NULL
-filterCol 選択 Filter Column: (R, Weight) (1, 2)
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-L 選択 LowCut: [/A] -0.1
-H 選択 HighCut: [/A] 1.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N.png
xy平面

Input1-1VOM-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2390.42 (77, 14, 69)

4374.62 (17, 62, 46)
72.1487
577.82

0.722275


-filter, -filterCol の実行例

-filter のファイルのデータ

  0.000000   0.991796          1 FSC   9.519133 SNR -2.234766e+00 FNCF   0.887094 FNCN   0.921272 FSCfull   1.809870 Cref   1.345314 NoiseWeighted   1.345314 
  0.003906   0.982392         18 FSC   5.915698 SNR -2.406860e+00 FNCF   0.882438 FNCN   0.813045 FSCfull   1.710803 Cref   1.307977 NoiseWeighted   1.308476 
  0.007812   0.963411         62 FSC   3.088757 SNR -2.957507e+00 FNCF   0.864149 FNCN   0.779968 FSCfull   1.510854 Cref   1.229168 NoiseWeighted   1.231045 
  0.011719   0.934883         98 FSC   1.532664 SNR -5.754709e+00 FNCF   0.841882 FNCN   0.823140 FSCfull   1.210318 Cref   1.100144 NoiseWeighted   1.103928 
  0.015625   0.902410        210 FSC   0.767160 SNR  6.589575e+00 FNCF   0.843278 FNCN   0.833989 FSCfull   0.868240 Cref   0.931794 NoiseWeighted   0.937499 

-中略-

  0.078125   0.874788       5034 FSC   0.405730 SNR  1.365474e+00 FNCF   0.918267 FNCN   0.805186 FSCfull   0.577252 Cref   0.759771 NoiseWeighted   0.885015 
  0.082031   0.881223       5714 FSC   0.476054 SNR  1.817189e+00 FNCF   0.920790 FNCN   0.818042 FSCfull   0.645036 Cref   0.803142 NoiseWeighted   0.950282 
  0.085938   0.887642       5982 FSC   0.553597 SNR  2.480260e+00 FNCF   0.918410 FNCN   0.819727 FSCfull   0.712665 Cref   0.844195 NoiseWeighted   1.015377 
  0.089844   0.888627       6602 FSC   0.566220 SNR  2.610627e+00 FNCF   0.914992 FNCN   0.811965 FSCfull   0.723040 Cref   0.850317 NoiseWeighted   1.040449 
  0.093750   0.887771       7130 FSC   0.555237 SNR  2.496775e+00 FNCF   0.913122 FNCN   0.820130 FSCfull   0.714022 Cref   0.844998 NoiseWeighted   1.052645 
  0.097656   0.892122       8034 FSC   0.612713 SNR  3.164125e+00 FNCF   0.914968 FNCN   0.817642 FSCfull   0.759854 Cref   0.871696 NoiseWeighted   1.106391 
  0.101562   0.896910       8606 FSC   0.681085 SNR  4.271264e+00 FNCF   0.915875 FNCN   0.815180 FSCfull   0.810292 Cref   0.900162 NoiseWeighted   1.164968 
  0.105469   0.889562       9066 FSC   0.578393 SNR  2.743754e+00 FNCF   0.913390 FNCN   0.816582 FSCfull   0.732888 Cref   0.856089 NoiseWeighted   1.130557 
  0.109375   0.879936       9962 FSC   0.461431 SNR  1.713548e+00 FNCF   0.915444 FNCN   0.824100 FSCfull   0.631479 Cref   0.794656 NoiseWeighted   1.071679 
  0.113281   0.873392      10550 FSC   0.391352 SNR  1.285974e+00 FNCF   0.917362 FNCN   0.826946 FSCfull   0.562550 Cref   0.750033 NoiseWeighted   1.033735 

-中略-

  0.652344   0.820764     101724 FSC   0.004082 SNR  8.197289e-03 FNCF   0.914716 FNCN   0.819407 FSCfull   0.008131 Cref   0.090170 NoiseWeighted 3762.170730 
  0.656250   0.821992      98396 FSC   0.010648 SNR  2.152460e-02 FNCF   0.915023 FNCN   0.819700 FSCfull   0.021071 Cref   0.145159 NoiseWeighted 6882.065383 
  0.660156   0.820556      94632 FSC   0.002979 SNR  5.976104e-03 FNCF   0.915374 FNCN   0.820679 FSCfull   0.005941 Cref   0.077075 NoiseWeighted 4155.485366 
  0.664062   0.819228      90908 FSC  -0.004008 SNR -7.984459e-03 FNCF   0.916605 FNCN   0.819217 FSCfull  -0.008049 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 
  0.667969   0.819197      86684 FSC  -0.004168 SNR -8.302339e-03 FNCF   0.917529 FNCN   0.816882 FSCfull  -0.008372 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 

-中略-

  0.847656   0.821916        392 FSC   0.010239 SNR  2.068939e-02 FNCF   0.910826 FNCN   0.841365 FSCfull   0.020270 Cref   0.142373 NoiseWeighted   0.000000 
  0.851562   0.765112        200 FSC  -0.224245 SNR -3.663394e-01 FNCF   0.922496 FNCN   0.812100 FSCfull  -0.578132 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 
  0.855469   0.812369         72 FSC  -0.038602 SNR -7.433483e-02 FNCF   0.958576 FNCN   0.817161 FSCfull  -0.080304 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 
  0.859375   0.777638          8 FSC  -0.182399 SNR -3.085238e-01 FNCF   0.982674 FNCN   0.748480 FSCfull  -0.446181 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 
  0.863281   0.000000          0 FSC  -0.811999 SNR -8.962464e-01 FNCF   0.000000 FNCN   0.000000 FSCfull  -8.638216 Cref   0.000000 NoiseWeighted   0.000000 

このファイルではRが1列目、Weightが17列目に書かれているので、filterCol=(1, 17)で指定して実行する。

その他オプションなしで実行

Outdata-filter-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png
xy平面

Outdata1-filter-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.59766e+06 (8, 70, 17)

2.64186e+06 (43, 75, 36)
97.0626
582169

727.711

そのままでは高周波数成分内でSN比が小さい重みが非常に大きくなってしまうので、ノイズ部分が強調され入力ファイルとは全く違う形が出来上がる。

H=0.105469 で実行

フィルタファイルにおいて、FSCが0.5を上回りSN比が3であるR=0.105469を基準にして実行する。

Outdata-H-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png
xy平面

Outdata1-H-mrcImageSpatialFrequencyFilter.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-178.789 (1, 26, 29)

798.082 (42, 35, 41)
97.0627
149.022

0.186278

入力ファイルに対して周辺のノイズが軽減されている。