「mrcImageSuperResolution」の版間の差分
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| 行192: | 行192: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | |||
<pre> | <pre> | ||
-Inverse | -Inverse | ||
| 行202: | 行201: | ||
Real Space Constraint for desolving edge problem | Real Space Constraint for desolving edge problem | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
| 行250: | 行250: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <div>上記のモードを組み合わせて使用する</div> | ||
| + | <br> | ||
===-LabelinMode の詳細=== | ===-LabelinMode の詳細=== | ||
| 行266: | 行268: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===-sh の詳細=== | ===-sh の詳細=== | ||
| 行282: | 行285: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===入力ファイルの画像=== | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|-Iのファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 49749.7 (27, 28, 0)<br> | ||
| + | 7212.9<br> | ||
| + | 8827.15<br> | ||
| + | 110.339<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc|-iのファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-2D.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-18651.7 (10, 1, 0)<br> | ||
| + | 52942.7 (24, 39, 0)<br> | ||
| + | 7214.87<br> | ||
| + | 10067.6<br> | ||
| + | 125.845<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -m=== | ||
| + | ====m=257, hvp=0.6で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-m257-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-8991.5 (62, 67, 0)<br> | ||
| + | 45836.1 (18, 41, 0)<br> | ||
| + | 7214.87<br> | ||
| + | 9093.88<br> | ||
| + | 113.673<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年3月18日 (火) 08:41時点における版
mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -I | 必須 | 入力ファイル: Original | NULL |
| -i | 必須 | 入力ファイル: Previous | NULL |
| -ic | 選択 | 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: Next | NULL |
| -t | 選択 | Number of time: Iteration(実空間) | 1 |
| -fromp1 | 選択 | First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) | (0, 0, 0) |
| -top1 | 選択 | target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) | (2, 2, 2) |
| -from2 | 選択 | First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) | (0, 0, 0) |
| -top2 | 選択 | target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) | (0, 0, 0) |
| -LabelingMode | 選択 | LabelingMode | 0 |
| -max | 選択 | 密度の最大値: Support Constraint() | 800 |
| -min | 選択 | 密度の最小値: Support Constraint() | 200 |
| -sh | 選択 | 形状 | 0 |
| -hvp | 選択 | Half value point(/[A]) | 0.0 |
| -Inverse | 選択 | Inverse | |
| -nM | 選択 | Number of Molecule | 1 |
| -M | 選択 | MolecularWeight | 80000 |
| -D | 選択 | 密度: (g/cm3) | 1.35 |
| -counter | 選択 | Counter(フーリエ空間) | 3.0 |
| -dDensity | 選択 | Delta (収束) | 100.0 |
| -dArea | 選択 | Area(収束) | 100.0 |
| -sub | 選択 | 減算(収束) | 0.2 |
| -ratio | 選択 | 比率(収束) | 0.3 |
| -tmax | 選択 | 最大時間(収束) | 1000 |
| -wd | 選択 | WeightDelta(フーリエ空間) | 0.1 |
| -wm | 選択 | WeightMax(フーリエ空間) | 2 |
| -Subtraction | 選択 | 減算(実空間) | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 必須 | RealSpaceCalculating | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-Inverse If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation. -wm and -wd weight = counter / (weightmax + counter) weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) -Subtraction Real Space Constraint for desolving edge problem
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | AreaAndLocation |
| 2 | Density |
| 3 | AreaAndLocationandDensity |
| +4 | 収束(Option) |
| +16 | NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint) |
| +32 | Binarization(before RealSpaceConstraint) |
| +64 | ラベリング |
| +128 | SixOrientation |
| +256 | LowpassfilterMode(-hvp is required) |
| +512 | CounterMode(-ic is required) |
上記のモードを組み合わせて使用する
-LabelinMode の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | TheLargestLabelingSearch |
| 1 | SomeVolumeLabelingSearch |
-sh の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 矩形 |
| 1 | 球体 |
実行例
入力ファイルの画像
-Iのファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) |
-iのファイルの画像
 |
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション -m
m=257, hvp=0.6で実行
 |
最小 最大 |
-8991.5 (62, 67, 0) 45836.1 (18, 41, 0) |
