「mrcImageSuperResolution」の版間の差分

提供: Eospedia
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行208: 行208:
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
 +
<td>513</td>
 +
<td>514</td>
 +
<td>515</td>
 +
<td>673</td>
 +
<td>672</td>
 +
<td>675</td>
 +
<td>736</td>
 +
<td>737</td>
 +
<td>742</td>
 +
<td>517</td>
 +
<td>518</td>
 +
<td>519</td>
 +
<td>534</td>
 +
<td>257</td>
 +
<td>258</td>
 +
<td>259</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>1</td>  
+
<td>+1</td>  
 
<td>AreaAndLocation</td>  
 
<td>AreaAndLocation</td>  
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>2</td>  
+
<td>+2</td>  
 
<td>Density</td>  
 
<td>Density</td>  
−
</tr>  
+
<td></td>  
−
<tr>  
+
<td>◯</td>
−
<td>3</td>  
+
<td>◯</td>
−
<td>AreaAndLocationandDensity</td>  
+
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>  
 +
<td>◯</td>  
 +
<td>◯</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+4</td>  
 
<td>+4</td>  
−
<td>収束(Option)</td>  
+
<td>Convergence(Option)</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+16</td>  
 
<td>+16</td>  
 
<td>NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint)</td>  
 
<td>NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint)</td>  
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+32</td>  
 
<td>+32</td>  
 
<td>Binarization(before RealSpaceConstraint)</td>  
 
<td>Binarization(before RealSpaceConstraint)</td>  
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+64</td>  
 
<td>+64</td>  
−
<td>ラベリング</td>  
+
<td>Labeling</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+128</td>  
 
<td>+128</td>  
 
<td>SixOrientation</td>  
 
<td>SixOrientation</td>  
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+256</td>  
 
<td>+256</td>  
 
<td>LowpassfilterMode(-hvp is required)</td>  
 
<td>LowpassfilterMode(-hvp is required)</td>  
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+512</td>  
 
<td>+512</td>  
 
<td>CounterMode(-ic is required)</td>  
 
<td>CounterMode(-ic is required)</td>  
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td>◯</td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
<div>上記のモードを組み合わせて使用する</div>
+
<div>上記のモードの組み合わせで使用する</div>
 
<br>
 
<br>
  
行346: 行502:
 
9093.88<br>  
 
9093.88<br>  
 
113.673<br></p>  
 
113.673<br></p>  
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=258, hvp=0.6で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m258-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-8601.65 (53, 3, 0)<br>
 +
53186.7 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9760.69<br>
 +
122.009<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=259, hvp=0.6で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m259-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-8999.82 (62, 67, 0)<br>
 +
45839 (18, 41, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9093.6<br>
 +
113.67<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=513で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m513-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 
<br>
 
<br>

2014年3月19日 (水) 00:53時点における版

mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイル: Original NULL
-i 必須 入力ファイル: Previous NULL
-ic 選択 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace NULL
-o 必須 出力ファイル: Next NULL
-t 選択 Number of time: Iteration(実空間) 1
-fromp1 選択 First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) (0, 0, 0)
-top1 選択 target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) (2, 2, 2)
-from2 選択 First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) (0, 0, 0)
-top2 選択 target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) (0, 0, 0)
-LabelingMode 選択 LabelingMode 0
-max 選択 密度の最大値: Support Constraint() 800
-min 選択 密度の最小値: Support Constraint() 200
-sh 選択 形状 0
-hvp 選択 Half value point(/[A]) 0.0
-Inverse 選択 Inverse
-nM 選択 Number of Molecule 1
-M 選択 MolecularWeight 80000
-D 選択 密度: (g/cm3) 1.35
-counter 選択 Counter(フーリエ空間) 3.0
-dDensity 選択 Delta (収束) 100.0
-dArea 選択 Area(収束) 100.0
-sub 選択 減算(収束) 0.2
-ratio 選択 比率(収束) 0.3
-tmax 選択 最大時間(収束) 1000
-wd 選択 WeightDelta(フーリエ空間) 0.1
-wm 選択 WeightMax(フーリエ空間) 2
-Subtraction 選択 減算(実空間)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 必須 RealSpaceCalculating 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 
-Inverse
If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation.
-wm and -wd
weight = counter / (weightmax + counter)
weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) 
-Subtraction
Real Space Constraint for desolving edge problem


モードの詳細

モード 説明 513 514 515 673 672 675 736 737 742 517 518 519 534 257 258 259
+1 AreaAndLocation ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+2 Density ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+4 Convergence(Option) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+16 NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint) ◯
+32 Binarization(before RealSpaceConstraint) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+64 Labeling ◯ ◯ ◯
+128 SixOrientation ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+256 LowpassfilterMode(-hvp is required) ◯ ◯ ◯
+512 CounterMode(-ic is required) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
上記のモードの組み合わせで使用する


-LabelinMode の詳細

モード 説明
0 TheLargestLabelingSearch
1 SomeVolumeLabelingSearch


-sh の詳細

モード 説明
0 矩形
1 球体


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339


Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション　-m

m=257, hvp=0.6で実行

Outdata-m257-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8991.5 (62, 67, 0)

45836.1 (18, 41, 0)
7214.87
9093.88

113.673


m=258, hvp=0.6で実行

Outdata-m258-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8601.65 (53, 3, 0)

53186.7 (24, 39, 0)
7214.87
9760.69

122.009


m=259, hvp=0.6で実行

Outdata-m259-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8999.82 (62, 67, 0)

45839 (18, 41, 0)
7214.87
9093.6

113.67


m=513で実行

Outdata-m513-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







m=で実行

ファイル:Outdata-m-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差








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