mrcImageSuperResolution
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mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 必須 | 入力ファイル: Original | NULL |
-i | 必須 | 入力ファイル: Previous | NULL |
-ic | 選択 | 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: Next | NULL |
-t | 選択 | Number of time: Iteration(実空間) | 1 |
-fromp1 | 選択 | First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) | (0, 0, 0) |
-top1 | 選択 | target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) | (2, 2, 2) |
-from2 | 選択 | First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) | (0, 0, 0) |
-top2 | 選択 | target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) | (0, 0, 0) |
-LabelingMode | 選択 | LabelingMode | 0 |
-max | 選択 | 密度の最大値: Support Constraint() | 800 |
-min | 選択 | 密度の最小値: Support Constraint() | 200 |
-sh | 選択 | 形状 | 0 |
-hvp | 選択 | Half value point(/[A]) | 0.0 |
-Inverse | 選択 | Inverse | |
-nM | 選択 | Number of Molecule | 1 |
-M | 選択 | MolecularWeight | 80000 |
-D | 選択 | 密度: (g/cm3) | 1.35 |
-counter | 選択 | Counter(フーリエ空間) | 3.0 |
-dDensity | 選択 | Delta (収束) | 100.0 |
-dArea | 選択 | Area(収束) | 100.0 |
-sub | 選択 | 減算(収束) | 0.2 |
-ratio | 選択 | 比率(収束) | 0.3 |
-tmax | 選択 | 最大時間(収束) | 1000 |
-wd | 選択 | WeightDelta(フーリエ空間) | 0.1 |
-wm | 選択 | WeightMax(フーリエ空間) | 2 |
-Subtraction | 選択 | 減算(実空間) | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 必須 | RealSpaceCalculating | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-Inverse If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation. -wm and -wd weight = counter / (weightmax + counter) weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) -Subtraction Real Space Constraint for desolving edge problem
モードの詳細
モード | 説明 | 513 | 514 | 515 | 673 | 672 | 675 | 736 | 737 | 742 | 517 | 518 | 519 | 534 | 257 | 258 | 259 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
+1 | AreaAndLocation | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||
+2 | Density | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||
+4 | Convergence(Option) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||
+16 | NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint) | ◯ | |||||||||||||||
+32 | Binarization(before RealSpaceConstraint) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ||||||||||
+64 | Labeling | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||||
+128 | SixOrientation | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ||||||||||
+256 | LowpassfilterMode(-hvp is required) | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||||
+512 | CounterMode(-ic is required) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ |
上記のモードの組み合わせで使用する
-LabelinMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | TheLargestLabelingSearch |
1 | SomeVolumeLabelingSearch |
-sh の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 矩形 |
1 | 球体 |
実行例
入力ファイルの画像
-Iのファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) |
-iのファイルの画像
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション -m
m=257, hvp=0.6で実行
最小 最大 |
-8991.5 (62, 67, 0) 45836.1 (18, 41, 0) |
m=258, hvp=0.6で実行
最小 最大 |
-8601.65 (53, 3, 0) 53186.7 (24, 39, 0) |
m=259, hvp=0.6で実行
最小 最大 |
-8999.82 (62, 67, 0) 45839 (18, 41, 0) |
m=513で実行
最小 最大 |
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m=で実行
ファイル:Outdata-m-mrcImageSuperResolution.png | 最小 最大 |
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