mrcImageSurfaceAreaCalc

mrcImageSurfaceAreaCalcとは、ラベル化された三次元２値化画像の各ラベル毎の表面積を求める実施するEosのコマンドである。

現在は、表面積は、６，１８，２６近傍を選んで、表面にあるボクセル数をカウントすることで計算しています。

注意：２６近傍などでは、本来ボクセルに対して斜めのものはもう少し表面積を大きく見積もる必要があるかもしれませんが、６近傍では逆に広めに表現されていると考えられます。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル:２値画像：mrcImage	NULL
-o	必須	出力ファイル：表面積の画像：２値化画像:mrcImage (表面の始点に表面積の値が格納されたファイル)	NULL
-oS	選択	出力ファイル：表面の画像：２値化画像:mrcImage　(表面画像)	NULL
-oSA	選択	出力ファイル：ラベル毎の表面積をリストしたもの（ASCII）	NULL
-n	選択	近傍を設定：6|18|26 デフォールト0は６が指定	0
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	8ビット

実行例

オプション指定なし

$ mrcImageSurfaceAreaCalc -i test.bin -o test.out6 -oS test.surfaceArea6 -oSA test.info6

label surfaceArea     startx     starty     startz
000000     0.0000          0          0          0
000001  9337.0000         40          9          0
000002   475.0000         20         18          0
000003   428.0000         45         33          0
000004  9544.0000         21         48          0
000005     3.0000         22         37          1
000006    66.0000         59         44          6
000007    59.0000         13         20         19
000008     2.0000         48         46         41
000009     1.0000         44         45         42
000010    53.0000         27         32         43
000011   114.0000         12         37         52
000012   172.0000         29         24         55
000013     2.0000         38         39         55
000014    54.0000         41         38         57
000015   100.0000         57         33         66
000016     2.0000         30         25         67
000017     3.0000         32         29         68
000018     1.0000         34         28         95