mrcImageSurfaceAreaCalc
提供: Eospedia
mrcImageSurfaceAreaCalcとは、ラベル化された三次元2値化画像の各ラベル毎の表面積を求める実施するEosのコマンドである。
現在は、表面積は、6,18,26近傍を選んで、表面にあるボクセル数をカウントすることで計算しています。
注意:26近傍などでは、本来ボクセルに対して斜めのものはもう少し表面積を大きく見積もる必要があるかもしれませんが、6近傍では逆に広めに表現されていると考えられます。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル:2値画像:mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル:表面積の画像:2値化画像:mrcImage (表面の始点に表面積の値が格納されたファイル) | NULL |
-oS | 選択 | 出力ファイル:表面の画像:2値化画像:mrcImage (表面画像) | NULL |
-oSA | 選択 | 出力ファイル:ラベル毎の表面積をリストしたもの(ASCII) | NULL |
-n | 選択 | 近傍を設定:6|18|26 デフォールト0は6が指定 | 0 |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 8ビット |
実行例
オプション指定なし
$ mrcImageSurfaceAreaCalc -i test.bin -o test.out6 -oS test.surfaceArea6 -oSA test.info6
label surfaceArea startx starty startz 000000 0.0000 0 0 0 000001 9337.0000 40 9 0 000002 475.0000 20 18 0 000003 428.0000 45 33 0 000004 9544.0000 21 48 0 000005 3.0000 22 37 1 000006 66.0000 59 44 6 000007 59.0000 13 20 19 000008 2.0000 48 46 41 000009 1.0000 44 45 42 000010 53.0000 27 32 43 000011 114.0000 12 37 52 000012 172.0000 29 24 55 000013 2.0000 38 39 55 000014 54.0000 41 38 57 000015 100.0000 57 33 66 000016 2.0000 30 25 67 000017 3.0000 32 29 68 000018 1.0000 34 28 95