「mrcImageSymmetryFind」の版間の差分
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(ページの作成:「'''mrcImageSymmetryFind'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>...」) |
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<td>-O</td> | <td>-O</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: [Symmetry Infomation | + | <td>出力: [[ASCII]](Symmetry Infomation)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-A</td> | <td>-A</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: [ | + | <td>出力: [[mrcImage]](Average)</td> |
− | <td> | + | <td>NULL</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
+ | <td>-rrange</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>入力: (rmin, rmax):特定の領域のみを利用する(単位:オングストローム)</td> | ||
+ | <td>0, -1(全範囲)</td> | ||
+ | </tr> <tr> | ||
<td>-c</td> | <td>-c</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
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<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
===-centreMode の詳細=== | ===-centreMode の詳細=== | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
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+ | ===-In のフォーマット=== | ||
+ | <div>Image, Backのフォーマット</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcファイル1 | ||
+ | mrcファイル2 | ||
+ | . | ||
+ | . | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | === [[Media:FlagellaSection-0001.roi | 入力ファイル]]を使ったデータ === | ||
+ | |||
+ | 10回対称から16回対称までを探索、中心は重心として探索、ADDアルゴリズムを利用、平均値を引き算し、thresholdとして1.5(1.5-2.0 となる範囲を指定)の和(正は正、負は負)で指定されている。 | ||
+ | |||
+ | $ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5 | ||
+ | |||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td> 入力ファイル </td> | ||
+ | <td>[[画像:FlagellaSection-0001.roi.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td> 平均化ファイル(最大:13回転対称) </td> | ||
+ | <td>[[画像:FlagellaSection-0001.avg1.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <pre> | ||
+ | 10 -> value: 9831.000000 point: 93.026115 | ||
+ | 11 -> value: 10386.000000 point: 98.277817 | ||
+ | 12 -> value: 9944.000000 point: 94.095383 | ||
+ | 13 -> value: 10568.000000 point: 100.000000 | ||
+ | 14 -> value: 10317.000000 point: 97.624908 | ||
+ | 15 -> value: 9243.000000 point: 87.462151 | ||
+ | 16 -> value: 10196.000000 point: 96.479942 | ||
+ | Symmetry number 13.(Check by add, MeanSubtraction) | ||
+ | Centre: 122.000000 139.000000 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | ===[[Media:Input-2D-Data1-s.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-2D-Data1-s.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 65535 (14, 1, 0)<br> | ||
+ | 24950.9<br> | ||
+ | 31821.5<br> | ||
+ | 776.135<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 2 -> value: 1.000000 point: 33.333332 | ||
+ | 3 -> value: 0.000000 point: 0.000000 | ||
+ | 4 -> value: 3.000000 point: 100.000000 | ||
+ | 5 -> value: 1.000000 point: 33.333332 | ||
+ | 6 -> value: 1.000000 point: 33.333332 | ||
+ | 7 -> value: 1.000000 point: 33.333332 | ||
+ | 8 -> value: 0.000000 point: 0.000000 | ||
+ | 9 -> value: 1.000000 point: 33.333332 | ||
+ | 10 -> value: 0.000000 point: 0.000000 | ||
+ | Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction) | ||
+ | 2 -> value: 0.754960 point: 25.118885 | ||
+ | 3 -> value: 0.747752 point: 5.859963 | ||
+ | 4 -> value: 0.782986 point: 100.000000 | ||
+ | 5 -> value: 0.754746 point: 24.546839 | ||
+ | 6 -> value: 0.757313 point: 31.407404 | ||
+ | 7 -> value: 0.745559 point: 0.000000 | ||
+ | 8 -> value: 0.776130 point: 81.683868 | ||
+ | 9 -> value: 0.751637 point: 16.241667 | ||
+ | 10 -> value: 0.744289 point: -3.392937 | ||
+ | Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction) | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 1 | ||
+ | 1 0 0.748045 | ||
+ | 2 0 0.757302 | ||
+ | 3 0 0.777038 | ||
+ | 4 0 0.751623 | ||
+ | 5 0 0.751097 | ||
+ | 6 0 0.751701 | ||
+ | 7 0 0.750209 | ||
+ | 8 0 0.744015 | ||
+ | 9 0 0.775344 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 350 0 0.745883 | ||
+ | 351 0 0.775344 | ||
+ | 352 0 0.744015 | ||
+ | 353 0 0.750209 | ||
+ | 354 0 0.751701 | ||
+ | 355 0 0.751097 | ||
+ | 356 0 0.751623 | ||
+ | 357 0 0.777038 | ||
+ | 358 0 0.757302 | ||
+ | 359 0 0.748045 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-A の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageSymmetryFind.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 65535 (14, 1, 0)<br> | ||
+ | 42883.4<br> | ||
+ | 31166<br> | ||
+ | 760.147<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2015年11月18日 (水) 19:13時点における最新版
mrcImageSymmetryFindとは、対称性を見出すためのEosのコマンドである。現在は、回転対称性を中心にチェックできるようになっています。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-O | 選択 | 出力: ASCII(Symmetry Infomation) | stdout |
-A | 選択 | 出力: mrcImage(Average) | NULL |
-centreMode | 選択 | centreMode | 1 |
-t1 | 選択 | Threshold of CheckByAdd | 1.8 |
-t2 | 選択 | Threshold in deciding the symmetry number | 0.9 |
-m1 | 選択 | Mode of Check | 3 |
-m2 | 選択 | Mode of Substruction | 2 |
-dr | 選択 | Delta r of outputfile. | 1 |
-dtheta | 選択 | Delta theta of outputfile. [degree] | 1 |
-n | 選択 | Check to the number | 10 |
-nRange | 選択 | Checkto the number: (nmin, nmax) | (2, 10) |
-In | 選択 | 入力ファイル: (Image, Back) | (NULL, NULL) |
-rangex | 選択 | 入力: (minx, maxx, delx) | (-3, 3, 1) |
-rangey | 選択 | 入力: (miny, maxy, dely) | (-3, 3, 1) |
-rangez | 選択 | 入力: (minz, maxz, delz) | (0, 0, 1) |
-rrange | 選択 | 入力: (rmin, rmax):特定の領域のみを利用する(単位:オングストローム) | 0, -1(全範囲) |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-centreMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Centre is GC (gravity of centre) |
1 | Centre is Rotational Symmetry |
-m1 の詳細
モード | 説明 |
---|---|
1 | Check by Add |
2 | Check by Correlation |
4 | Check by Fourier |
8 | Check by TTest |
16 | Check by SRP |
-m2 の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | No Subtraction |
1 | Mean Subtraction |
2 | Min Subtraction |
-In のフォーマット
Image, Backのフォーマット
mrcファイル1 mrcファイル2 . .
実行例
入力ファイルを使ったデータ
10回対称から16回対称までを探索、中心は重心として探索、ADDアルゴリズムを利用、平均値を引き算し、thresholdとして1.5(1.5-2.0 となる範囲を指定)の和(正は正、負は負)で指定されている。
$ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5
入力ファイル | |
平均化ファイル(最大:13回転対称) |
10 -> value: 9831.000000 point: 93.026115 11 -> value: 10386.000000 point: 98.277817 12 -> value: 9944.000000 point: 94.095383 13 -> value: 10568.000000 point: 100.000000 14 -> value: 10317.000000 point: 97.624908 15 -> value: 9243.000000 point: 87.462151 16 -> value: 10196.000000 point: 96.479942 Symmetry number 13.(Check by add, MeanSubtraction) Centre: 122.000000 139.000000 0.000000
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
2 -> value: 1.000000 point: 33.333332 3 -> value: 0.000000 point: 0.000000 4 -> value: 3.000000 point: 100.000000 5 -> value: 1.000000 point: 33.333332 6 -> value: 1.000000 point: 33.333332 7 -> value: 1.000000 point: 33.333332 8 -> value: 0.000000 point: 0.000000 9 -> value: 1.000000 point: 33.333332 10 -> value: 0.000000 point: 0.000000 Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction) 2 -> value: 0.754960 point: 25.118885 3 -> value: 0.747752 point: 5.859963 4 -> value: 0.782986 point: 100.000000 5 -> value: 0.754746 point: 24.546839 6 -> value: 0.757313 point: 31.407404 7 -> value: 0.745559 point: 0.000000 8 -> value: 0.776130 point: 81.683868 9 -> value: 0.751637 point: 16.241667 10 -> value: 0.744289 point: -3.392937 Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)
-o をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 1 0 0.748045 2 0 0.757302 3 0 0.777038 4 0 0.751623 5 0 0.751097 6 0 0.751701 7 0 0.750209 8 0 0.744015 9 0 0.775344 -中略- 350 0 0.745883 351 0 0.775344 352 0 0.744015 353 0 0.750209 354 0 0.751701 355 0 0.751097 356 0 0.751623 357 0 0.777038 358 0 0.757302 359 0 0.748045
-A の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |