「mrcImageTiltAxisSearch」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
行66: 行66:
 
<td>17</td>
 
<td>17</td>
 
</tr>
 
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モードを設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
 
<td>-h</td>
 
<td>-h</td>
行75: 行87:
 
</table>
 
</table>
  
===モードの詳細===
+
===-M の詳細===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<div align="left">
 
<div align="left">
行101: 行113:
 
</table>
 
</table>
 
 
===-CMの詳細===
+
===-CM の詳細===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<div align="left">
 
<div align="left">
行133: 行145:
  
 
==実行例==
 
==実行例==
===------入力ファイルの画像------===
+
===入力ファイルの画像===
====入力ファイル1(傾斜角度が2°ずれている)====
+
<div>オプション -Iで使用するリスト</div>
 +
<div>以下のようなリスト内容をファイルデータとする</div>
 +
[[画像:List-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
 +
<br>
 +
 
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc | 1vom-rot1.mrc]](傾斜角度が2°ずれている)</div>
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:1vom-rot0-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot-2D.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
行144: 行161:
 
標準誤差<br></p>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
</td>
<td><p align="left">0<br>
+
<td><p align="left">-11367.8 (51, 62, 0)<br>
73.1421<br>
+
51939.8 (29, 26, 0)<br>
6.29881<br>
+
6580.18<br>
13.7886<br>
+
9247.8<br>
0.215447<br></p>
+
115.597<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
  
====入力ファイル2(傾斜角度が10°ずれている)====
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc | 1vom-rot2.mrc]](傾斜角度が10°ずれている)</div>
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:1vom-rot1-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot1-2D.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
行163: 行180:
 
標準誤差<br></p>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
</td>
<td><p align="left">0<br>
+
<td><p align="left">-14918 (53, 17, 0)<br>
77.0909<br>
+
58621.8 (30, 26, 0)<br>
6.29894<br>
+
6579.96<br>
14.3204<br>
+
9022.72<br>
0.223756<br></p>
+
112.784<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
  
====入力ファイル3(傾斜角度が45°ずれている)====
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc | 1vom-rot2.mrc]](傾斜角度が45°ずれている)</div>
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:1vom-rot2-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot2-2D.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
行182: 行199:
 
標準誤差<br></p>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
</td>
<td><p align="left">0<br>
+
<td><p align="left">-11517.4 (68, 34, 0)<br>
83.9283<br>
+
41456.7 (51, 51, 0)<br>
6.29888<br>
+
6543.11<br>
15.77<br>
+
8278.54<br>
0.246406<br></p>
+
103.482<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
  
====入力ファイル4(傾斜角度が60°ずれている)====
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc | 1vom-rot3.mrc]](傾斜角度が60°ずれている)</div>
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:1vom-rot3-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
行201: 行218:
 
標準誤差<br></p>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
</td>
<td><p align="left">0<br>
+
<td><p align="left">-10181.1 (29, 12, 0)<br>
87.0306<br>
+
47629.2 (45, 47, 0)<br>
6.29884<br>
+
6507.05<br>
15.437<br>
+
8180.03<br>
0.241203<br></p>
+
102.25<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
 
+
<br>
===------オプション -Iで使用するリスト------===
+
<div>以下のようなリスト内容をファイルデータとする</div>
+
[[画像:List-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
+
 
 
===------参照ファイルの画像------===
+
===[[:Media:Input-1VOM-N-2D1.mrc | 参照ファイル]]の画像===
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:1vom-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D1.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
行224: 行238:
 
標準誤差<br></p>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
</td>
<td><p align="left">0<br>
+
<td><p align="left">-16633.4 (65, 4, 0)<br>
71.339<br>
+
39610.3 (46, 61, 0)<br>
6.29872<br>
+
5771.9<br>
13.6724<br>
+
8526.57<br>
0.213631<br></p>
+
95.3299<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
 
<div>※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている</div>
 
<div>※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている</div>
 +
<br>
  
===------オプション -i------===
+
===オプション -i===
<div>入力ファイル4を使用(傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため)<br>
+
<div>1vom-rot3.mrcを使用(傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため)<br>
 
また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。<br>
 
また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。<br>
 
今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。</div>
 
今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。</div>
<br>
+
<br>
====オプション -oの出力結果====
+
[[画像:Outdata-rot3-200time-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
+
  
====オプション -Oの出力結果====
+
<div>-oの出力結果</div>
[[画像:Outdata2-rot3-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
+
<table>
+
<tr>
===------オプション -I------===
+
<td><p align="left">最小<br>
====オプション -oの出力結果====
+
最大<br>
[[画像:Outdata-I-200time-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.43035 (59, 0, 0)<br>
 +
2.97944 (99, 0, 0)<br>
 +
2.07013<br>
 +
0.368899<br>
 +
0.0260201<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 2.34779
 +
1 0 2.26136
 +
2 0 2.17828
 +
3 0 2.10753
 +
4 0 2.04365
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
57 0 1.53962
 +
58 0 1.47883
 +
59 0 1.43035
 +
60 0 1.44341
 +
61 0 1.4511
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
196 0 2.13234
 +
197 0 2.15819
 +
198 0 2.17732
 +
199 0 2.19508
 +
200 0 2.21815
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>-Oの出力結果</div>
 +
<pre>
 +
  10.149
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -I===
 +
<div>-i と同様にrange=(0, 20, 0.1)で実行<div>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>-oの出力結果</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.24244 (137, 2, 0)<br>
 +
3.5919 (110, 0, 0)<br>
 +
2.17039<br>
 +
0.489541<br>
 +
0.0172648<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 2.42199
 +
1 0 2.44171
 +
2 0 2.46045
 +
3 0 2.47885
 +
4 0 2.4976
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
108 0 3.31664
 +
109 0 3.29742
 +
110 0 3.5919
 +
111 0 3.56801
 +
112 0 3.54185
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
135 2 1.27813
 +
136 2 1.26099
 +
137 2 1.24244
 +
138 2 1.27158
 +
139 2 1.3023
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
196 3 2.13234
 +
197 3 2.15819
 +
198 3 2.17732
 +
199 3 2.19508
 +
200 3 2.21815
 +
</pre>
 +
<br>
  
====オプション -Oの出力結果====
+
<div>-Oの出力結果</div>
[[画像:Outdata2-I-mrcImageTiltAxisSearch.png]]
+
<pre>
<br>
+
  9.677
<div>オプション-iと-Iでは、-Iの方が精度がよいため、-Iを基本的に使用する</div>
+
</pre>
 +
<br>

2014年1月24日 (金) 06:07時点における版

mrcImageTiltAxisSearchは傾斜軸のずれを計算するEosコマンド

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定(ファイルが1つの時に設定) NULL
-I 選択 入力ファイル設定(軸を探すファイルのリストを設定) NULL
-r 必須 参照ファイルを設定(傾斜角度0度のデータを設定) NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定(傾斜軸のずれを予測した値が入る) stdout
-range 選択 開始角度、終了角度、刻み幅の設定 thetaMin=-90 thetaMax=+90 thetaDelta=1
-w 選択 相関を取る領域を設定 0.5
-M 選択 モード
(インターポレーションの値の計算方法を選択。現段階では変更の必要なし)
2
-CM 選択 17
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-M の詳細

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法

-CM の詳細

モード 説明
0 正規相関:FxG*
1 位相相関:FxG*/|FxG*|
2 位相相関:FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 標準化された正規相関:FxG*/(|F||G|)
16 (0,0) = 0


実行例

入力ファイルの画像

オプション -Iで使用するリスト
以下のようなリスト内容をファイルデータとする

List-mrcImageTiltAxisSearch.png

1vom-rot1.mrc(傾斜角度が2°ずれている)
Input-1VOM-N-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0)

51939.8 (29, 26, 0)
6580.18
9247.8

115.597

1vom-rot2.mrc(傾斜角度が10°ずれている)
Input-1VOM-N-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-14918 (53, 17, 0)

58621.8 (30, 26, 0)
6579.96
9022.72

112.784

1vom-rot2.mrc(傾斜角度が45°ずれている)
Input-1VOM-N-Rot2-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11517.4 (68, 34, 0)

41456.7 (51, 51, 0)
6543.11
8278.54

103.482

1vom-rot3.mrc(傾斜角度が60°ずれている)
Input-1VOM-N-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0)

47629.2 (45, 47, 0)
6507.05
8180.03

102.25


参照ファイルの画像

Input-1VOM-N-2D1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16633.4 (65, 4, 0)

39610.3 (46, 61, 0)
5771.9
8526.57

95.3299

※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている


オプション -i

1vom-rot3.mrcを使用(傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため)

また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。

今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。


-oの出力結果

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.43035 (59, 0, 0)

2.97944 (99, 0, 0)
2.07013
0.368899

0.0260201

mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 2.34779 
1 0 2.26136 
2 0 2.17828 
3 0 2.10753 
4 0 2.04365 

-中略-

57 0 1.53962 
58 0 1.47883 
59 0 1.43035 
60 0 1.44341 
61 0 1.4511 

-中略-

196 0 2.13234 
197 0 2.15819 
198 0 2.17732 
199 0 2.19508 
200 0 2.21815 


-Oの出力結果
  10.149


オプション -I

-i と同様にrange=(0, 20, 0.1)で実行


-oの出力結果

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.24244 (137, 2, 0)

3.5919 (110, 0, 0)
2.17039
0.489541

0.0172648

mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 2.42199 
1 0 2.44171 
2 0 2.46045 
3 0 2.47885 
4 0 2.4976 

-中略-

108 0 3.31664 
109 0 3.29742 
110 0 3.5919 
111 0 3.56801 
112 0 3.54185 

-中略-

135 2 1.27813 
136 2 1.26099 
137 2 1.24244 
138 2 1.27158 
139 2 1.3023 

-中略-

196 3 2.13234 
197 3 2.15819 
198 3 2.17732 
199 3 2.19508 
200 3 2.21815 


-Oの出力結果
   9.677