「mrcImageTiltAxisSearch」の版間の差分
行66: | 行66: | ||
<td>17</td> | <td>17</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-c</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-m</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>モードを設定</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-h</td> | <td>-h</td> | ||
行75: | 行87: | ||
</table> | </table> | ||
− | === | + | ===-M の詳細=== |
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
行101: | 行113: | ||
</table> | </table> | ||
− | ===- | + | ===-CM の詳細=== |
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
行133: | 行145: | ||
==実行例== | ==実行例== | ||
− | ===------ | + | ===入力ファイルの画像=== |
− | + | <div>オプション -Iで使用するリスト</div> | |
+ | <div>以下のようなリスト内容をファイルデータとする</div> | ||
+ | [[画像:List-mrcImageTiltAxisSearch.png]] | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc | 1vom-rot1.mrc]](傾斜角度が2°ずれている)</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot-2D.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行144: | 行161: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0<br> | + | <td><p align="left">-11367.8 (51, 62, 0)<br> |
− | + | 51939.8 (29, 26, 0)<br> | |
− | + | 6580.18<br> | |
− | + | 9247.8<br> | |
− | + | 115.597<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc | 1vom-rot2.mrc]](傾斜角度が10°ずれている)</div> | |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot1-2D.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行163: | 行180: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0<br> | + | <td><p align="left">-14918 (53, 17, 0)<br> |
− | + | 58621.8 (30, 26, 0)<br> | |
− | + | 6579.96<br> | |
− | + | 9022.72<br> | |
− | + | 112.784<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc | 1vom-rot2.mrc]](傾斜角度が45°ずれている)</div> | |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot2-2D.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行182: | 行199: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0<br> | + | <td><p align="left">-11517.4 (68, 34, 0)<br> |
− | + | 41456.7 (51, 51, 0)<br> | |
− | + | 6543.11<br> | |
− | + | 8278.54<br> | |
− | + | 103.482<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc | 1vom-rot3.mrc]](傾斜角度が60°ずれている)</div> | |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行201: | 行218: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0<br> | + | <td><p align="left">-10181.1 (29, 12, 0)<br> |
− | + | 47629.2 (45, 47, 0)<br> | |
− | + | 6507.05<br> | |
− | + | 8180.03<br> | |
− | + | 102.25<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
− | + | ||
− | < | + | |
− | + | ||
− | ===--- | + | ===[[:Media:Input-1VOM-N-2D1.mrc | 参照ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-1VOM-N-2D1.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行224: | 行238: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0<br> | + | <td><p align="left">-16633.4 (65, 4, 0)<br> |
− | + | 39610.3 (46, 61, 0)<br> | |
− | + | 5771.9<br> | |
− | + | 8526.57<br> | |
− | + | 95.3299<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
<div>※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている</div> | <div>※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている</div> | ||
+ | <br> | ||
− | === | + | ===オプション -i=== |
− | <div> | + | <div>1vom-rot3.mrcを使用(傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため)<br> |
また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。<br> | また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。<br> | ||
今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。</div> | 今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。</div> | ||
− | + | <br> | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | <div>-oの出力結果</div> | |
− | [[ | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td><p align="left">最小<br> | |
− | = | + | 最大<br> |
− | [[ | + | 平均値<br> |
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.43035 (59, 0, 0)<br> | ||
+ | 2.97944 (99, 0, 0)<br> | ||
+ | 2.07013<br> | ||
+ | 0.368899<br> | ||
+ | 0.0260201<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 2.34779 | ||
+ | 1 0 2.26136 | ||
+ | 2 0 2.17828 | ||
+ | 3 0 2.10753 | ||
+ | 4 0 2.04365 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 57 0 1.53962 | ||
+ | 58 0 1.47883 | ||
+ | 59 0 1.43035 | ||
+ | 60 0 1.44341 | ||
+ | 61 0 1.4511 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 196 0 2.13234 | ||
+ | 197 0 2.15819 | ||
+ | 198 0 2.17732 | ||
+ | 199 0 2.19508 | ||
+ | 200 0 2.21815 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-Oの出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 10.149 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -I=== | ||
+ | <div>-i と同様にrange=(0, 20, 0.1)で実行<div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oの出力結果</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.24244 (137, 2, 0)<br> | ||
+ | 3.5919 (110, 0, 0)<br> | ||
+ | 2.17039<br> | ||
+ | 0.489541<br> | ||
+ | 0.0172648<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 2.42199 | ||
+ | 1 0 2.44171 | ||
+ | 2 0 2.46045 | ||
+ | 3 0 2.47885 | ||
+ | 4 0 2.4976 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 108 0 3.31664 | ||
+ | 109 0 3.29742 | ||
+ | 110 0 3.5919 | ||
+ | 111 0 3.56801 | ||
+ | 112 0 3.54185 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 135 2 1.27813 | ||
+ | 136 2 1.26099 | ||
+ | 137 2 1.24244 | ||
+ | 138 2 1.27158 | ||
+ | 139 2 1.3023 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 196 3 2.13234 | ||
+ | 197 3 2.15819 | ||
+ | 198 3 2.17732 | ||
+ | 199 3 2.19508 | ||
+ | 200 3 2.21815 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
− | + | <div>-Oの出力結果</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 9.677 | |
− | + | </pre> | |
+ | <br> |
2014年1月24日 (金) 06:07時点における版
mrcImageTiltAxisSearchは傾斜軸のずれを計算するEosのコマンド。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定(ファイルが1つの時に設定) | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイル設定(軸を探すファイルのリストを設定) | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイルを設定(傾斜角度0度のデータを設定) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-O | 選択 | 出力ファイル設定(傾斜軸のずれを予測した値が入る) | stdout |
-range | 選択 | 開始角度、終了角度、刻み幅の設定 | thetaMin=-90 thetaMax=+90 thetaDelta=1 |
-w | 選択 | 相関を取る領域を設定 | 0.5 |
-M | 選択 | モード (インターポレーションの値の計算方法を選択。現段階では変更の必要なし) |
2 |
-CM | 選択 | 17 | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 最短距離法 |
1 | 線形補間法 |
2 | 3次補間法 |
3 | 多項式法 |
-CM の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 正規相関:FxG* |
1 | 位相相関:FxG*/|FxG*| |
2 | 位相相関:FxG*/sqrt(|FxG*|) |
3 | 標準化された正規相関:FxG*/(|F||G|) |
16 | (0,0) = 0 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) |
最小 最大 |
-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) |
最小 最大 |
-11517.4 (68, 34, 0) 41456.7 (51, 51, 0) |
最小 最大 |
-10181.1 (29, 12, 0) 47629.2 (45, 47, 0) |
参照ファイルの画像
最小 最大 |
-16633.4 (65, 4, 0) 39610.3 (46, 61, 0) |
オプション -i
また、オプション-rangeは傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。
最小 最大 |
1.43035 (59, 0, 0) 2.97944 (99, 0, 0) |
0 0 2.34779 1 0 2.26136 2 0 2.17828 3 0 2.10753 4 0 2.04365 -中略- 57 0 1.53962 58 0 1.47883 59 0 1.43035 60 0 1.44341 61 0 1.4511 -中略- 196 0 2.13234 197 0 2.15819 198 0 2.17732 199 0 2.19508 200 0 2.21815
10.149
オプション -I
最小 最大 |
1.24244 (137, 2, 0) 3.5919 (110, 0, 0) |
0 0 2.42199 1 0 2.44171 2 0 2.46045 3 0 2.47885 4 0 2.4976 -中略- 108 0 3.31664 109 0 3.29742 110 0 3.5919 111 0 3.56801 112 0 3.54185 -中略- 135 2 1.27813 136 2 1.26099 137 2 1.24244 138 2 1.27158 139 2 1.3023 -中略- 196 3 2.13234 197 3 2.15819 198 3 2.17732 199 3 2.19508 200 3 2.21815
9.677