mrcImageTiltAxisSearch

mrcImageTiltAxisSearchは傾斜軸のずれを計算するEosのコマンド。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル設定（ファイルが１つの時に設定）	NULL
-I	選択	入力ファイル設定（軸を探すファイルのリストを設定）	NULL
-r	必須	参照ファイルを設定（傾斜角度０度のデータを設定）	NULL
-o	必須	出力ファイル設定	NULL
-O	選択	出力ファイル設定（傾斜軸のずれを予測した値が入る）	stdout
-range	選択	開始角度、終了角度、刻み幅の設定	thetaMin=-90 thetaMax=+90 thetaDelta=1
-w	選択	相関を取る領域を設定	0.5
-M	選択	モード （インターポレーションの値の計算方法を選択。現段階では変更の必要なし）	2
-CM	選択		17
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-M の詳細

モード	説明
0	最短距離法
1	線形補間法
2	３次補間法
3	多項式法

-CM の詳細

モード	説明
0	正規相関：FxG*
1	位相相関：FxG*/|FxG*|
2	位相相関：FxG*/sqrt(|FxG*|)
3	標準化された正規相関：FxG*/(|F||G|)
16	(0,0) = 0

実行例

入力ファイルの画像

オプション　-Iで使用するリスト

以下のようなリスト内容をファイルデータとする

1vom-rot1.mrc（傾斜角度が2°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) 6580.18 9247.8 115.597

1vom-rot2.mrc（傾斜角度が10°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) 6579.96 9022.72 112.784

1vom-rot2.mrc（傾斜角度が45°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-11517.4 (68, 34, 0) 41456.7 (51, 51, 0) 6543.11 8278.54 103.482

1vom-rot3.mrc（傾斜角度が60°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0) 47629.2 (45, 47, 0) 6507.05 8180.03 102.25

参照ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-16633.4 (65, 4, 0) 39610.3 (46, 61, 0) 5771.9 8526.57 95.3299

※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている

オプション　-range

傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。
今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。

オプション　-i

1vom-rot3.mrcを使用（傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため）

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.43035 (59, 0, 0) 2.97944 (99, 0, 0) 2.07013 0.368899 0.0260201

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 2.34779 
1 0 2.26136 
2 0 2.17828 
3 0 2.10753 
4 0 2.04365 

-中略-

57 0 1.53962 
58 0 1.47883 
59 0 1.43035 
60 0 1.44341 
61 0 1.4511 

-中略-

196 0 2.13234 
197 0 2.15819 
198 0 2.17732 
199 0 2.19508 
200 0 2.21815 

-Oの出力結果

  10.149

オプション　-I

-i と同様にrange=(0, 20, 0.1)で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.24244 (137, 2, 0) 3.5919 (110, 0, 0) 2.17039 0.489541 0.0172648

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 2.42199 
1 0 2.44171 
2 0 2.46045 
3 0 2.47885 
4 0 2.4976 

-中略-

108 0 3.31664 
109 0 3.29742 
110 0 3.5919 
111 0 3.56801 
112 0 3.54185 

-中略-

135 2 1.27813 
136 2 1.26099 
137 2 1.24244 
138 2 1.27158 
139 2 1.3023 

-中略-

196 3 2.13234 
197 3 2.15819 
198 3 2.17732 
199 3 2.19508 
200 3 2.21815 

-Oの出力結果

   9.677

オプション-iと-Iでは、-Iの方が精度がよいため、-Iを基本的に使用する
以降は-I で実行

オプション　-w

w=0.3で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.20706 (48, 2, 0) 3.2532 (96, 1, 0) 2.04025 0.443529 0.0156421

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 1.99651 
1 0 1.9912 
2 0 1.98148 
3 0 1.96589 
4 0 1.94273 

-中略-

94 1 3.23635 
95 1 3.25276 
96 1 3.2532 
97 1 3.22573 
98 1 3.16601 

-中略-

46 2 1.23825 
47 2 1.2231 
48 2 1.20706 
49 2 1.22749 
50 2 1.25096 

-中略-

196 3 1.65095 
197 3 1.68416 
198 3 1.71426 
199 3 1.74039 
200 3 1.76193 

-Oの出力結果

  10.230

オプション　-M

M=で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

mrcImageMakeDumpで見た場合

-中略-



-中略-



-中略-

-Oの出力結果

オプション　-CM

CM=0で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.99141e+12 (145, 3, 0) 2.2714e+12 (0, 0, 0) 2.10384e+12 1.00327e+11 3.53827e+09

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 2.2714e+12 
1 0 2.27079e+12 
2 0 2.27022e+12 
3 0 2.26968e+12 
4 0 2.26918e+12 

-中略-

143 3 1.99188e+12 
144 3 1.9916e+12 
145 3 1.99141e+12 
146 3 1.99151e+12 
147 3 1.99168e+12 

-中略-

196 3 2.01621e+12 
197 3 2.01694e+12 
198 3 2.01771e+12 
199 3 2.01853e+12 
200 3 2.01937e+12 

-Oの出力結果

   9.996

CM=18で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

112949 (56, 2, 0) 409704 (104, 0, 0) 259657 82407 2906.27

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 376255 
1 0 376796 
2 0 377250 
3 0 377613 
4 0 377879 

-中略-

102 0 409100 
103 0 409673 
104 0 409704 
105 0 409349 
106 0 408733 

-中略-

54 2 115766 
55 2 114448 
56 2 112949 
57 2 114165 
58 2 118936 

-中略-

196 3 226243 
197 3 225476 
198 3 224913 
199 3 224506 
200 3 224266 

-Oの出力結果

  10.263

CM=で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

mrcImageMakeDumpで見た場合

-中略-



-中略-



-中略-

-Oの出力結果