「mrcImageZPad」の版間の差分

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(ページの作成:「'''mrcImageZPad'''とはパディングを行うEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> ...」)
 
 
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'''mrcImageZPad'''とはパディングを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImageZPad'''とは[[mrcImage]](3D)に対してz軸に関するパディングを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>rmax = height of z window * 0.5.</td>  
+
<td>境界の幅z(zサイズ * 0.5以下で設定)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-w</td>  
 
<td>-w</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Width of slope. For mode 1. Usually w>=3 is good enough.</td>  
+
<td>スロープの幅(m=1で使用)(通常は3以上推奨)</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-v</td>  
 
<td>-v</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Value of out of threshold.</td>  
+
<td>パディング値</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-Nx</td>  
 
<td>-Nx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Number of x.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのサイズ x</td>  
−
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのサイズ x</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Ny</td>  
 
<td>-Ny</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Number of y.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのサイズ y</td>  
−
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのサイズ y</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Nz</td>  
 
<td>-Nz</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Number of z.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのサイズ z</td>  
−
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのサイズ z</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Floating</td>  
+
<td>フローティング</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行74:
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>モードを設定</td>  
+
<td>パディング値の算出方法を設定</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行93: 行93:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.</td>  
+
<td>平均値でパディングする</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.</td>  
+
<td>余弦関数を掛ける</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
<div>パディング値は-v が優先される</div>
  
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-ThickFilaments0-N.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-ThickFilaments0-N.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.00295664<br>
 +
0.0916201<br>
 +
0.000132783<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1, r=20で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
av :0.00324832
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1r-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1r-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.302611 (10, 14, 59)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.00427721<br>
 +
0.0683816<br>
 +
9.91038e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
<div>以降はm=1, r=20で実行する</div>
 +
 +
 +
===オプション　-w===
 +
====w=10で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
av :0.00028809
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1w-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1w-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.302611 (10, 14, 59)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.00272471<br>
 +
0.0715415<br>
 +
0.000103683<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-v===
 +
====v=0.1, w=10で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
av :0.1
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1v-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1v-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.302611 (10, 14, 59)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.0498431<br>
 +
0.0831128<br>
 +
0.000120453<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Floating===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
av :0.00324832
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1Floating-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1Floating-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.30586 (10, 14, 59)<br>
 +
1.5182 (47, 41, 47)<br>
 +
0.0010289<br>
 +
0.0683816<br>
 +
9.91038e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
 +
====Nx=40, Ny=40, Nz=50で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
av :0.00324832
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1NxNyNz-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1NxNyNz-mrcImageZPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.289995 (10, 3, 38)<br>
 +
1.52145 (33, 27, 22)<br>
 +
0.015069<br>
 +
0.138822<br>
 +
0.000490811<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年1月14日 (火) 02:48時点における最新版

mrcImageZPadとはmrcImage(3D)に対してz軸に関するパディングを行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 境界の幅z(zサイズ * 0.5以下で設定) 0
-w 選択 スロープの幅(m=1で使用)(通常は3以上推奨) 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのサイズ x 入力ファイルのサイズ x
-Ny 選択 出力ファイルのサイズ y 入力ファイルのサイズ y
-Nz 選択 出力ファイルのサイズ z 入力ファイルのサイズ z
-Floating 選択 フローティング
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 パディング値の算出方法を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
0 平均値でパディングする
1 余弦関数を掛ける
パディング値は-v が優先される


実行例

入力ファイルの画像

Input-ThickFilaments0-N.png
xy平面

Input1-ThickFilaments0-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783


オプション　-m

m=1, r=20で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
av :0.00324832
出力画像

Outdata-m1r-mrcImageZPad.png
xy平面

Outdata1-m1r-mrcImageZPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.302611 (10, 14, 59)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00427721
0.0683816

9.91038e-05


以降はm=1, r=20で実行する


オプション　-w

w=10で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
av :0.00028809
出力画像

Outdata-m1w-mrcImageZPad.png
xy平面

Outdata1-m1w-mrcImageZPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.302611 (10, 14, 59)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00272471
0.0715415

0.000103683


オプション　-v

v=0.1, w=10で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
av :0.1
出力画像

Outdata-m1v-mrcImageZPad.png
xy平面

Outdata1-m1v-mrcImageZPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.302611 (10, 14, 59)

1.52145 (47, 41, 47)
0.0498431
0.0831128

0.000120453

オプション　-Floating

出力結果
Tailer: 0
Program Start
av :0.00324832
出力画像

Outdata-m1Floating-mrcImageZPad.png
xy平面

Outdata1-m1Floating-mrcImageZPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.30586 (10, 14, 59)

1.5182 (47, 41, 47)
0.0010289
0.0683816

9.91038e-05


オプション　-Nx, -Ny, -Nz

Nx=40, Ny=40, Nz=50で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
av :0.00324832
出力画像

Outdata-m1NxNyNz-mrcImageZPad.png
xy平面

Outdata1-m1NxNyNz-mrcImageZPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.289995 (10, 3, 38)

1.52145 (33, 27, 22)
0.015069
0.138822

0.000490811

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