「mrcImagepdbFileReduce」の版間の差分

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'''mrcImagepdbFileReduce'''とはPDBから期待される密度を減算する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImagepdbFileReduce'''とは[[PDB]]から期待される密度を減算する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: PDB</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-v</td>  
 
<td>-v</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>PDBファイルのピクセル値</td>  
+
<td>[[PDB]]ファイルのピクセル値</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[Media:Input-1B7T.mrc | -iのファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-1B7T.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-1B7T.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
213.171<br>
 +
1416<br>
 +
2.67599<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |-pのファイル]]の詳細</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.727136e+01    3.631518e+01  -2.983928e+01<br>
 +
5.314867e+01 <br>
 +
40.92      41.49      48.47<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====t=10000で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
102.239<br>
 +
1187.54<br>
 +
2.24424<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、t=10000</div>
 +
 +
===オプション　-r===
 +
====r=70で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
3A
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4A
 +
5A
 +
6A
 +
7A
 +
8A
 +
9A
 +
10A
 +
11A
 +
12A
 +
 +
-中略-
 +
 +
1691A
 +
1693A
 +
1695A
 +
1696A
 +
1697A
 +
1698A
 +
1699A
 +
1700A
 +
1703A
 +
1704A
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
20982.9 (33, 29, 34)<br>
 +
72.6667<br>
 +
1003.8<br>
 +
1.897<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====ITh=20000で実行=====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
6A
 +
7A
 +
8A
 +
9A
 +
10A
 +
14A
 +
20A
 +
22A
 +
23A
 +
24A
 +
1231A
 +
1242A
 +
1344A
 +
1360A
 +
1361A
 +
1540A
 +
1553A
 +
1616A
 +
1663A
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
20982.9 (33, 29, 34)<br>
 +
72.6667<br>
 +
1003.8<br>
 +
1.897<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-v===
 +
====v=10000で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">10000 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
10026.6<br>
 +
362.839<br>
 +
0.685702<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年8月25日 (月) 03:01時点における最新版

mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-t 必須 閾値 0
-r 選択 原子半径 1
-v 選択 PDBファイルのピクセル値 0
-IT 選択 Threshold for interface recognition 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T.png
xy平面

Input1-1B7T.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

t=10000で実行

Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
102.239
1187.54

2.24424


以降、t=10000

オプション　-r

r=70で実行

その他のオプション設定なし
出力結果
3A 
4A 
5A 
6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
11A 
12A 

-中略-

1691A 
1693A 
1695A 
1696A 
1697A 
1698A 
1699A 
1700A 
1703A 
1704A


-o の画像

Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

20982.9 (33, 29, 34)
72.6667
1003.8

1.897


ITh=20000で実行
出力結果
6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
14A 
20A 
22A 
23A 
24A 
1231A 
1242A 
1344A 
1360A 
1361A 
1540A 
1553A 
1616A 
1663A


-o の画像

Outdata-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

20982.9 (33, 29, 34)
72.6667
1003.8

1.897


オプション　-v

v=10000で実行

Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

10000 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
10026.6
362.839

0.685702



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