「mrcImagepdbFileReduce」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル: PDB</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行72:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行84: 行85:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[Media:Input-1B7T.mrc | -iのファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-1B7T.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-1B7T.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
213.171<br>
 +
1416<br>
 +
2.67599<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |-pのファイル]]の詳細</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.727136e+01    3.631518e+01  -2.983928e+01<br>
 +
5.314867e+01 <br>
 +
40.92      41.49      48.47<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====t=10000で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
102.239<br>
 +
1187.54<br>
 +
2.24424<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、t=10000</div>
 +
 +
===オプション -r===
 +
====r=70で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
20982.9 (33, 29, 34)<br>
 +
72.6667<br>
 +
1003.8<br>
 +
1.897<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -v===
 +
====v=10000で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">10000 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
10026.6<br>
 +
362.839<br>
 +
0.685702<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月17日 (月) 03:03時点における版

mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-t 必須 閾値 0
-r 選択 原子半径 1
-v 選択 PDBファイルのピクセル値 0
-IT 選択 Threshold for interface recognition 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T.png
xy平面

Input1-1B7T.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

t=10000で実行

Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
102.239
1187.54

2.24424


以降、t=10000

オプション -r

r=70で実行

Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

20982.9 (33, 29, 34)
72.6667
1003.8

1.897


オプション -v

v=10000で実行

Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

10000 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
10026.6
362.839

0.685702