mrcImagepdbFileReduce

提供: Eospedia
2014年8月25日 (月) 02:58時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

移動: 案内検索

mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-t 必須 閾値 0
-r 選択 原子半径 1
-v 選択 PDBファイルのピクセル値 0
-IT 選択 Threshold for interface recognition 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T.png
xy平面

Input1-1B7T.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

t=10000で実行

Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
102.239
1187.54

2.24424


以降、t=10000

オプション -r

r=70で実行

その他のオプション設定なし
出力結果
3A 
4A 
5A 
6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
11A 
12A 

-中略-

1691A 
1693A 
1695A 
1696A 
1697A 
1698A 
1699A 
1700A 
1703A 
1704A 


-o の画像

Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

20982.9 (33, 29, 34)
72.6667
1003.8

1.897


ITh=20000で実行
出力結果
6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
14A 
20A 
22A 
23A 
24A 
1231A 
1242A 
1344A 
1360A 
1361A 
1540A 
1553A 
1616A 
1663A 


-o の画像

Outdata-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

20982.9 (33, 29, 34)
72.6667
1003.8

1.897


オプション -v

v=10000で実行

Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

10000 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
10026.6
362.839

0.685702