「mrcImagesSinogramCorrelation」の版間の差分
行38: | 行38: | ||
<td>-D1d</td> | <td>-D1d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>1次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)</td> |
<td>Derivation1D</td> | <td>Derivation1D</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行44: | 行44: | ||
<td>-D2d</td> | <td>-D2d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>2次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)</td> |
<td>Derivation2D</td> | <td>Derivation2D</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行74: | 行74: | ||
<td>-D1m</td> | <td>-D1m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>1次元微分相関の出力</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行80: | 行80: | ||
<td>-D2m</td> | <td>-D2m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>2次元微分相関の出力</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行104: | 行104: | ||
<td>-CM</td> | <td>-CM</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力するファイルの設定</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行166: | 行166: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>1次元微分相関を出力する(-D1d で出力ディレクトリ指定)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>1次元微分相関を出力しない</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
行183: | 行183: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>2次元微分相関を出力する(-D2d で出力ディレクトリ指定)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>2次元微分相関を出力しない</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
行379: | 行379: | ||
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list | $EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list | ||
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor | $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor | ||
+ | $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor | ||
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor | $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor | ||
− | |||
$EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list | $EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list | ||
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor | $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor | ||
− | |||
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor | $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor | ||
+ | $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor | ||
$EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list | $EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list | ||
</pre> | </pre> | ||
行414: | 行414: | ||
<br> | <br> | ||
− | <div>Input-1VOM | + | <div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-Nm1-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行424: | 行424: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">-0. | + | <td><p align="left">-0.973223 (5, 25, 0)<br> |
− | 0. | + | 0.997794 (206, 26, 0)<br> |
− | 0. | + | 0.201244<br> |
− | 0. | + | 0.509957<br> |
− | 0. | + | 0.00141655<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行434: | 行434: | ||
<br> | <br> | ||
− | <div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor</div> | + | <div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-Nm2-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行444: | 行444: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">-0. | + | <td><p align="left">-0.820537 (24, 172, 0)<br> |
− | 0. | + | 0.994204 (280, 90, 0)<br> |
− | 0. | + | 0.23289<br> |
− | 0. | + | 0.392112<br> |
− | 0. | + | 0.0010892<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行628: | 行628: | ||
0.047809<br> | 0.047809<br> | ||
0.000132803<br></p> | 0.000132803<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Ld2-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.75969 (27, 152, 0)<br> | ||
+ | 1 (170, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.932097<br> | ||
+ | 0.0565568<br> | ||
+ | 0.000157102<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行648: | 行668: | ||
0.0535635<br> | 0.0535635<br> | ||
0.000148787<br></p> | 0.000148787<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>test-Length.list</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 | ||
+ | Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation | ||
+ | Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -LTR=== | ||
+ | ====LTR=0.5で実行==== | ||
+ | <div>Lengthディレクトリ以下のデータ</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-LTR-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0487805 (28, 303, 0)<br> | ||
+ | 1 (28, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.864734<br> | ||
+ | 0.122153<br> | ||
+ | 0.000339315<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行656: | 行709: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-LTR1-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行663: | 行716: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">0.4 (355, 25, 0)<br> |
− | 1 ( | + | 1 (171, 0, 0)<br> |
− | 0. | + | 0.861956<br> |
− | 0. | + | 0.102308<br> |
− | 0. | + | 0.000284188<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-LTR2-mrcImagesSinogramCorrelation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0487805 (303, 25, 0)<br> | ||
+ | 1 (46, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.863088<br> | ||
+ | 0.119772<br> | ||
+ | 0.000332701<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> |
2014年2月10日 (月) 05:02時点における版
mrcImagesSinogramCorrelationとは複数のシノグラムに対して相関を行うEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 必須 | 入力ファイルリスト: ASCII | NULL |
-oH | 選択 | リストファイル名のヘッダ | test |
-Rd | 選択 | 出力ディレクトリ | Result |
-Nd | 選択 | 正規相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) | Normal |
-D1d | 選択 | 1次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) | Derivation1D |
-D2d | 選択 | 2次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) | Derivation2D |
-Ld | 選択 | 相関長の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) | Length |
-CE | 選択 | 相関ファイルの拡張子 | cor |
-LE | 選択 | リストファイルの拡張子 | list |
-Nm | 選択 | 正規相関の出力 | 0 |
-D1m | 選択 | 1次元微分相関の出力 | 0 |
-D2m | 選択 | 2次元微分相関の出力 | 0 |
-Lm | 選択 | 相関長の出力 | 0 |
-LTM | 選択 | LengthThresholdMode | 0 |
-LTR | 選択 | LengthThresholdRatio | 0.25 |
-CM | 選択 | 出力するファイルの設定 | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-Nm の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 正規相関を出力する(-Nd で出力ディレクトリ指定) |
1 | 正規相関を出力しない |
-D1m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 1次元微分相関を出力する(-D1d で出力ディレクトリ指定) |
1 | 1次元微分相関を出力しない |
-D2m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 2次元微分相関を出力する(-D2d で出力ディレクトリ指定) |
1 | 2次元微分相関を出力しない |
-Lm の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 相関長を出力する (-Ld で出力ディレクトリ指定, -LTM, -LTR) |
1 | 相関長を出力しない |
-CM の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 相関データとリストを出力する |
1 | リストのみ出力する |
-I のフォーマット
ファイル1, EA1 Rot1-1 Rot1-2 Rot1-3 ファイル2, EA2 Rot2-1 Rot2-2 Rot2-3 ファイル3, EA3 Rot3-1 Rot3-2 Rot3-3 . , . . . . . , . . . . . , . . . .
ファイル名の先頭を/にすると命名規則により相関ファイルを作成できないので注意。
作成されるディレクトリおよびファイル
ディレクトリ
Rd Rd/Nd (D1d, D2d, Ld) 例: Result/Normal/
リストファイル
Rd/Nd/oH-Nd.LE 例: Result/Normal/test-Normal.list
相関ファイル
Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE 例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor
実行例
入力ファイルのデータ
Input-1VOM-2D-sin.mrc, YOYS 0 0 0 Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc, YOYS 90 0 0 Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc, YOYS 180 0 0
最小 最大 |
-3045.85 (79, 268, 0) 1.53325e+06 (27, 1, 0) |
最小 最大 |
-16429.6 (78, 357, 0) 1.31372e+06 (44, 38, 0) |
最小 最大 |
-1794.29 (78, 8, 0) 1.43582e+06 (52, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80 -中略- LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78 LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[0]=59 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[1]=59 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[2]=59 LengthCorrelation=0.983051 InLength[0]=58 RefLength[3]=60 LengthCorrelation=0.974790 InLength[0]=58 RefLength[4]=61 -中略- LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[355]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[356]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[357]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[358]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[359]=59
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list
オプション -Nm
Nm=0(デフォルト)で実行
最小 最大 |
-0.925733 (174, 223, 0) 0.986152 (271, 281, 0) |
最小 最大 |
-0.973223 (5, 25, 0) 0.997794 (206, 26, 0) |
最小 最大 |
-0.820537 (24, 172, 0) 0.994204 (280, 90, 0) |
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
オプション -D1d
D1d=0(デフォルト)で実行
最小 最大 |
-0.999642 (131, 329, 0) 0.921779 (132, 73, 0) |
最小 最大 |
-1 (139, 151, 0) 1 (133, 155, 0) |
最小 最大 |
-0.932761 (183, 311, 0) 0.978167 (100, 270, 0) |
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
オプション -D2d
D2d=0(デフォルト)で実行
最小 最大 |
-1 (285, 75, 0) 1 (285, 61, 0) |
最小 最大 |
-1 (78, 3, 0) 1 (308, 3, 0) |
最小 最大 |
-1 (61, 105, 0) 1 (241, 158, 0) |
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
オプション -Ld
Ld=0(デフォルト)で実行
最小 最大 |
0.778626 (27, 38, 0) 1 (27, 0, 0) |
最小 最大 |
0.75969 (27, 152, 0) 1 (170, 0, 0) |
最小 最大 |
0.75969 (0, 152, 0) 1 (78, 0, 0) |
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
オプション -LTR
LTR=0.5で実行
最小 最大 |
0.0487805 (28, 303, 0) 1 (28, 0, 0) |
最小 最大 |
0.4 (355, 25, 0) 1 (171, 0, 0) |
最小 最大 |
0.0487805 (303, 25, 0) 1 (46, 0, 0) |
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1 Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1