mrcImagesSinogramCorrelation
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mrcImagesSinogramCorrelationとは複数のシノグラムに対して相関を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -I | 必須 | 入力ファイルリスト: ASCII | NULL |
| -oH | 選択 | 出力ファイル設定(ヘッダ) | test |
| -Rd | 選択 | output results directory name | Result |
| -Nd | 選択 | directory name of output normalcorrelation in results directory | Normal |
| -D1d | 選択 | directory name of output derivation1Dcorrelation in results directory | Derivation1D |
| -D2d | 選択 | directory name of output derivation2Dcorrelation in results directory | Derivation2D |
| -Ld | 選択 | directory name of output lengthcorrelation in results directory | Length |
| -CE | 選択 | output correlation file extension | cor |
| -LE | 選択 | output file list extension | list |
| -Nm | 選択 | 0 | |
| -D1m | 選択 | 0 | |
| -D2m | 選択 | 0 | |
| -Lm | 選択 | 0 | |
| -LTM | 選択 | LengthThresholdMode | 0 |
| -LTR | 選択 | LengthThresholdRatio | 0.25 |
| -CM | 選択 | CreateMode | 0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
-Nm の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | creat normal correlation (-Nd) |
| 1 | not creat normal correlation |
-D1m の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | creat derivation1D correlation (-D1d) |
| 1 | not creat derivation1D correlation |
-D2m の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | creat derivation2D correlation (-D2d) |
| 1 | not creat derivation2D correlation |
-Lm の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | creat length correlation (-Ld, -LTM, -LTR) |
| 1 | not creat length correlation |
-CM の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | image of correlation and list |
| 1 | list only |
-I のフォーマット
ファイル1, EA1 Rot1-1 Rot1-2 Rot1-3
ファイル2, EA2 Rot2-1 Rot2-2 Rot2-3
ファイル3, EA3 Rot3-1 Rot3-2 Rot3-3
. , . . . .
. , . . . .
. , . . . .
ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。
出力ファイル名の関係上、ファイル名は相対パスを使用する。
出力ファイル名の関係上、ファイル名は相対パスを使用する。
作成されるディレクトリおよびファイル
ディレクトリ
Rd Rd/Nd (D1d, D2d, Ld)
リストファイル
Rd/Nd/oH-Nd.LE 例: Result/Normal/test-Normal.list
相関ファイル
Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE 例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor
実行例
入力ファイルのデータ
Input-1VOM-2D-sin.mrc, YOYS 0 0 0 Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc, YOYS 90 0 0 Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc, YOYS 180 0 0
 |
最小 最大 |
-3045.85 (79, 268, 0) 1.53325e+06 (27, 1, 0) |
 |
最小 最大 |
-16429.6 (78, 357, 0) 1.31372e+06 (44, 38, 0) |
 |
最小 最大 |
-1794.29 (78, 8, 0) 1.43582e+06 (52, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80 -中略- LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78 LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80 LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[0]=59 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[1]=59 LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[2]=59 LengthCorrelation=0.983051 InLength[0]=58 RefLength[3]=60 LengthCorrelation=0.974790 InLength[0]=58 RefLength[4]=61 -中略- LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[355]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[356]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[357]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[358]=59 LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[359]=59
出力ファイル一覧
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor $EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor $EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor $EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list
