「mrcRefCorrelation」の版間の差分

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'''mrcRefCorrelation'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcRefCorrelation'''とは参照投影像の相関値を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
行20: 行20:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>参照ファイル: [[mrcImage]] (M=1のみ使用)</td>  
+
<td>参照ファイル: [[mrcImage]] (m=1のみ使用)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-n</td>  
 
<td>-n</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Number of points to pick up at random. Defalt:Data size along z axis of inputfile / 10 (m=1のみ使用)</td>  
+
<td>ランダムにピックアップする画像数(M=1のみ使用)</td>  
<td>NULL</td>  
+
<td>(入力ファイルのz) / 10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行85: 行85:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
<td>All is to be calculated.</td>  
+
<td>全ての画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
<td>Pick up at random</td>  
+
<td>ランダムにピックアップした画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
<td>Calculate only Omega=0,Alpha=0 </td>  
+
<td>Omega=0, Alpha=0の画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行99: 行99:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-121P1-R-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcRefCorrelation.png]]</td>
+
<td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R-N.png]]<br>  
<td><p align="left">最小<br>  
+
z=156 〜 170<br></p>  
最大<br>
+
平均値<br>
+
標準偏差<br>
+
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.00808 (6, 8, 69)<br>  
+
<td><p align="left">サイズ<br>  
15 (8, 0, 0)<br>  
+
モード<br>  
0.485274<br>
+
最小<br>  
0.601436<br>
+
0.00330719<br></p>
+
</td>
+
</tr>
+
</table>
+
 
+
 
+
===参照ファイルの画像===
+
<table>
+
<tr>
+
<td>[[画像:Refer-mrcRefCorrelation.png]]</td>
+
<td><p align="left">最小<br>  
+
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
行129: 行113:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left">(        56,        27,        326)<br>
15 (8, 0, 0)<br>  
+
mrcFloatImage <br>
4.00604<br>  
+
-27740.5 (18, 4, 153)<br>  
3.45942<br>  
+
49036.6 (29, 9, 108)<br>  
0.0208384<br></p>  
+
6090.33<br>  
 +
9165.21<br>  
 +
13.0544<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行140: 行126:
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>z=0は画像情報が格納されている。</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-mrcRefCorrelation.png]]</td>  
+
<td><p align="center">[[画像:Outdata-mrcRefCorrelation.png]]<br>
 +
z=1<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行149: 行138:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-0.0996007 (104, 0, 1)<br>  
+
<td><p align="left">0.235765 (44, 2, 0)<br>  
15 (8, 0, 0)<br>  
+
1 (0, 0, 0)<br>  
0.148091<br>  
+
0.339868<br>  
0.263228<br>  
+
0.0484346<br>  
0.00177267<br></p>  
+
0.00014903<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 1
 +
1 0 0.456042
 +
2 0 0.397887
 +
3 0 0.401696
 +
4 0 0.36812
 +
5 0 0.392998
 +
 +
-中略-
 +
 +
40 2 0.324856
 +
41 2 0.301582
 +
42 2 0.289369
 +
43 2 0.260067
 +
44 2 0.235765
 +
45 2 0.293627
 +
46 2 0.292144
 +
47 2 0.348354
 +
48 2 0.302392
 +
49 2 0.271946
 +
 +
-中略-
 +
 +
320 324 0.370506
 +
321 324 0.358116
 +
322 324 0.353934
 +
323 324 0.389242
 +
324 324 1
 +
</pre>
  
 
===オプション -M===
 
===オプション -M===
 
====M=1で実行====  
 
====M=1で実行====  
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244
 +
13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120
 +
</pre>
 +
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0.272846
 +
1 0 0.326312
 +
2 0 0.392998
 +
3 0 0.341142
 +
4 0 0.341313
 +
 +
-中略-
 +
 +
28 0 0.295094
 +
29 0 0.303043
 +
30 0 0.36462
 +
31 0 0.339987
 +
0 1 0.305788
 +
1 1 0.324972
 +
2 1 0.372525
 +
3 1 0.370551
 +
 +
-中略-
 +
 +
27 324 0.31806
 +
28 324 0.354882
 +
29 324 0.339153
 +
30 324 0.376581
 +
31 324 0.341636
 +
0 325 288
 +
1 325 30
 +
2 325 5
 +
3 325 203
 +
4 325 319
 +
 +
-中略-
 +
 +
27 325 92
 +
28 325 34
 +
29 325 22
 +
30 325 124
 +
31 325 119
 +
</pre>
 +
 +
<div>※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される</div>
 +
 +
 +
====n=5で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
93 36 239 219 101
 +
</pre>
 +
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0.253142
 +
1 0 0.341922
 +
2 0 0.33609
 +
3 0 0.310942
 +
4 0 0.315092
 +
0 1 0.293338
 +
1 1 0.339174
 +
2 1 0.343336
 +
 +
-中略-
 +
 +
0 324 0.31806
 +
1 324 0.303364
 +
2 324 0.365172
 +
3 324 0.347945
 +
4 324 0.365746
 +
0 325 92
 +
1 325 35
 +
2 325 238
 +
3 325 218
 +
4 325 100
 +
</pre>
 +
 +
 +
====M=2で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
133 138 143 148 153 158 163 168 173 178 183 188 193
 +
</pre>
 +
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0.406135
 +
1 0 0.375089
 +
2 0 0.347396
 +
3 0 0.351023
 +
4 0 0.327572
 +
5 0 0.320876
 +
6 0 0.298545
 +
7 0 0.322957
 +
8 0 0.307044
 +
9 0 0.293275
 +
10 0 0.359563
 +
11 0 0.321653
 +
12 0 0.406869
 +
0 1 0.428397
 +
1 1 0.389286
 +
2 1 0.338141
 +
 +
-中略-
 +
 +
10 324 0.33418
 +
11 324 0.365259
 +
12 324 0.376797
 +
0 325 132
 +
1 325 137
 +
2 325 142
 +
3 325 147
 +
4 325 152
 +
5 325 157
 +
6 325 162
 +
7 325 167
 +
8 325 172
 +
9 325 177
 +
10 325 182
 +
11 325 187
 +
12 325 192
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -m===
 +
====m=1で実行====
 +
<div>[[Media:Input-121P1-R.mrc | 参照ファイル]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-M1-mrcRefCorrelation.png]]</td>  
+
<td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R.png]]<br>
<td><p align="left">最小<br>  
+
z=156 〜 170<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
行170: 行325:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-0.0721257 (2, 0, 1)<br>  
+
<td><p align="left">(        56,        27,        326)<br>
103 (6, 105, 1)<br>  
+
mrcFloatImage <br>
0.409848<br>  
+
-1503.16 (14, 25, 131)<br>  
4.42571<br>  
+
36873.4 (28, 20, 158)<br>  
0.0961202<br></p>  
+
6082.23<br>  
 +
6479.76<br>  
 +
9.22942<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>
+
</table>  
  
====M=2で実行====
+
<div>出力ファイルの画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-M2-mrcRefCorrelation.png]]</td>  
+
<td><p align="center">[[画像:Outdata-m1-mrcRefCorrelation.png]]<br>
 +
z=1<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行189: 行348:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.366595 (44, 5, 0)<br>  
66 (4, 105, 1)<br>  
+
0.746259 (65, 65, 0)<br>  
0.457212<br>  
+
0.478463<br>  
3.67381<br>  
+
0.0394641<br>  
0.11284<br></p>  
+
0.000121428<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0.706615
 +
1 0 0.625646
 +
2 0 0.535103
 +
3 0 0.539974
 +
4 0 0.542445
 +
 +
-中略-
 +
 +
40 5 0.478981
 +
41 5 0.441631
 +
42 5 0.433964
 +
43 5 0.396314
 +
44 5 0.366595
 +
45 5 0.432156
 +
46 5 0.431352
 +
47 5 0.417774
 +
48 5 0.416638
 +
49 5 0.404879
 +
 +
-中略-
 +
 +
60 65 0.656008
 +
61 65 0.594059
 +
62 65 0.550396
 +
63 65 0.557099
 +
64 65 0.533312
 +
65 65 0.746259
 +
66 65 0.625441
 +
67 65 0.533038
 +
68 65 0.522493
 +
69 65 0.531606
 +
 +
-中略-
 +
 +
320 324 0.492588
 +
321 324 0.526999
 +
322 324 0.537706
 +
323 324 0.568111
 +
324 324 0.708036
 +
</pre>

2014年8月6日 (水) 01:01時点における最新版

mrcRefCorrelationとは参照投影像の相関値を算出するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 参照ファイル: mrcImage (m=1のみ使用) NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-n 選択 ランダムにピックアップする画像数(M=1のみ使用) (入力ファイルのz) / 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モード1 0
-M 選択 モード2 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 AutoCorrelation
1 CrossCorrelation

-M の詳細

モード 説明
0 全ての画像との相関
1 ランダムにピックアップした画像との相関
2 Omega=0, Alpha=0の画像との相関


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P1-R-N.png
z=156 〜 170

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-27740.5 (18, 4, 153)
49036.6 (29, 9, 108)
6090.33
9165.21

13.0544


オプション必須項目のみの場合

z=0は画像情報が格納されている。

Outdata-mrcRefCorrelation.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.235765 (44, 2, 0)

1 (0, 0, 0)
0.339868
0.0484346

0.00014903

z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 
1 0 0.456042 
2 0 0.397887 
3 0 0.401696 
4 0 0.36812 
5 0 0.392998 

-中略-

40 2 0.324856 
41 2 0.301582 
42 2 0.289369 
43 2 0.260067 
44 2 0.235765 
45 2 0.293627 
46 2 0.292144 
47 2 0.348354 
48 2 0.302392 
49 2 0.271946 

-中略-

320 324 0.370506 
321 324 0.358116 
322 324 0.353934 
323 324 0.389242 
324 324 1 

オプション -M

M=1で実行

その他のオプション設定なし
出力結果
289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244
13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120 
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.272846 
1 0 0.326312 
2 0 0.392998 
3 0 0.341142 
4 0 0.341313 

-中略-

28 0 0.295094 
29 0 0.303043 
30 0 0.36462 
31 0 0.339987 
0 1 0.305788 
1 1 0.324972 
2 1 0.372525 
3 1 0.370551 

-中略-

27 324 0.31806 
28 324 0.354882 
29 324 0.339153 
30 324 0.376581 
31 324 0.341636 
0 325 288 
1 325 30 
2 325 5 
3 325 203 
4 325 319 

-中略-

27 325 92 
28 325 34 
29 325 22 
30 325 124 
31 325 119 
※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される


n=5で実行

出力結果
93 36 239 219 101 
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.253142 
1 0 0.341922 
2 0 0.33609 
3 0 0.310942 
4 0 0.315092 
0 1 0.293338 
1 1 0.339174 
2 1 0.343336 

-中略-

0 324 0.31806 
1 324 0.303364 
2 324 0.365172 
3 324 0.347945 
4 324 0.365746 
0 325 92 
1 325 35 
2 325 238 
3 325 218 
4 325 100 


M=2で実行

出力結果
133 138 143 148 153 158 163 168 173 178 183 188 193 
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.406135 
1 0 0.375089 
2 0 0.347396 
3 0 0.351023 
4 0 0.327572 
5 0 0.320876 
6 0 0.298545 
7 0 0.322957 
8 0 0.307044 
9 0 0.293275 
10 0 0.359563 
11 0 0.321653 
12 0 0.406869 
0 1 0.428397 
1 1 0.389286 
2 1 0.338141 

-中略-

10 324 0.33418 
11 324 0.365259 
12 324 0.376797 
0 325 132 
1 325 137 
2 325 142 
3 325 147 
4 325 152 
5 325 157 
6 325 162 
7 325 167 
8 325 172 
9 325 177 
10 325 182 
11 325 187 
12 325 192 


オプション -m

m=1で実行

Input-121P1-R.png
z=156 〜 170

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-1503.16 (14, 25, 131)
36873.4 (28, 20, 158)
6082.23
6479.76

9.22942

出力ファイルの画像

Outdata-m1-mrcRefCorrelation.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.366595 (44, 5, 0)

0.746259 (65, 65, 0)
0.478463
0.0394641

0.000121428

z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.706615 
1 0 0.625646 
2 0 0.535103 
3 0 0.539974 
4 0 0.542445 

-中略-

40 5 0.478981 
41 5 0.441631 
42 5 0.433964 
43 5 0.396314 
44 5 0.366595 
45 5 0.432156 
46 5 0.431352 
47 5 0.417774 
48 5 0.416638 
49 5 0.404879 

-中略-

60 65 0.656008 
61 65 0.594059 
62 65 0.550396 
63 65 0.557099 
64 65 0.533312 
65 65 0.746259 
66 65 0.625441 
67 65 0.533038 
68 65 0.522493 
69 65 0.531606 

-中略-

320 324 0.492588 
321 324 0.526999 
322 324 0.537706 
323 324 0.568111 
324 324 0.708036