「mrcRefHeaderCreate」の版間の差分
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(ページの作成:「'''mrcRefHeaderCreate'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>...」) |
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− | '''mrcRefHeaderCreate''' | + | '''mrcRefHeaderCreate'''とは参照投影像にRefヘッダ情報を付加する[[Eos]]の[[コマンド]]である。このRefヘッダとは[[mrcImage]]形式ファイルのヘッダとは全く別のもので、[[mrcImage]](Ref)のz=0に格納されている情報を指している。 |
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<td>-p</td> | <td>-p</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree] | + | <td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree])</td> |
<td>(0, 0, 0)</td> | <td>(0, 0, 0)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-p: Omega, Alphaは 0 または 180付近でなければならない。</div> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-121P1-R.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R.png]]<br> |
− | <td><p align="left">最小<br> | + | z=156 〜 170<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
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標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">( 56, 27, 326)<br> |
− | + | mrcFloatImage <br> | |
− | + | -1503.16 (14, 25, 131)<br> | |
− | + | 36873.4 (28, 20, 158)<br> | |
− | + | 6082.23<br> | |
+ | 6479.76<br> | ||
+ | 9.22942<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 | ||
+ | 1 0 0 | ||
+ | 2 0 0 | ||
+ | 3 0 5 | ||
+ | 4 0 5 | ||
+ | 5 0 5 | ||
+ | 6 0 360 | ||
+ | 7 0 10 | ||
+ | 8 0 10 | ||
+ | 9 0 0 | ||
+ | 10 0 0 | ||
+ | 11 0 0 | ||
+ | 12 0 0 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>z=156 〜 170の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>[[画像:Outdata-mrcRefHeaderCreate.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-mrcRefHeaderCreate.png]]</td> | ||
− | <td><p align="left">最小<br> | + | <td><p align="left">サイズ<br> |
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
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標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">( 56, 27, 327)<br> |
− | + | mrcFloatImage <br> | |
− | + | -1503.16 (14, 25, 132)<br> | |
− | + | 36873.4 (28, 20, 159)<br> | |
− | + | 6063.63<br> | |
+ | 6478.56<br> | ||
+ | 9.21358<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | <div>z=0にRefヘッダが加わるので、画像は1つずつずれる</div> | ||
===オプション -p=== | ===オプション -p=== | ||
− | ====p=( | + | ====p=(11, 12, 13)で実行==== |
− | + | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 0 0 11 | |
− | + | 1 0 12 | |
− | + | 2 0 13 | |
− | + | 3 0 5 | |
− | + | 4 0 5 | |
− | + | 5 0 5 | |
− | + | 6 0 360 | |
− | + | 7 0 10 | |
− | + | 8 0 10 | |
− | + | 9 0 0 | |
− | + | 10 0 0 | |
− | + | 11 0 0 | |
− | + | 12 0 0 | |
− | + | 13 0 0 | |
− | + | 14 0 0 | |
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
===オプション -w=== | ===オプション -w=== | ||
− | ====w=( | + | ====w=(20, 30, 40)で実行==== |
− | + | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 0 0 0 | |
− | + | 1 0 0 | |
− | + | 2 0 0 | |
− | + | 3 0 5 | |
− | + | 4 0 5 | |
− | + | 5 0 5 | |
− | + | 6 0 20 | |
− | + | 7 0 30 | |
− | + | 8 0 40 | |
− | + | 9 0 0 | |
− | + | 10 0 0 | |
− | + | 11 0 0 | |
− | + | 12 0 0 | |
− | + | 13 0 0 | |
− | + | 14 0 0 | |
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
===オプション -d=== | ===オプション -d=== | ||
− | ====d=( | + | ====d=(2, 6, 8)で実行==== |
− | + | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 0 0 0 | |
− | + | 1 0 0 | |
− | + | 2 0 0 | |
− | + | 3 0 2 | |
− | + | 4 0 6 | |
− | + | 5 0 8 | |
− | + | 6 0 360 | |
− | + | 7 0 10 | |
− | + | 8 0 10 | |
− | + | 9 0 0 | |
− | + | 10 0 0 | |
− | + | 11 0 0 | |
− | + | 12 0 0 | |
− | + | 13 0 0 | |
− | + | 14 0 0 | |
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
− | ====m=1で実行==== | + | ====m=1で実行==== |
− | + | =====その他のオプションなし===== | |
− | + | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 0 0 0 | |
− | + | 1 0 0 | |
− | + | 2 0 0 | |
− | + | 3 0 5 | |
− | + | 4 0 5 | |
− | + | 5 0 5 | |
− | + | 6 0 360 | |
− | + | 7 0 10 | |
− | + | 8 0 10 | |
− | + | 9 0 0 | |
− | + | 10 0 26 | |
− | + | 11 0 0 | |
− | + | 12 0 2.44886e+08 | |
− | + | 13 0 0 | |
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
− | ==== | + | -以下略- |
− | + | </pre> | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | =====sy=7 ,ey=33, refsize=44で実行===== | |
− | + | <div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 0 0 0 | |
− | + | 1 0 0 | |
− | + | 2 0 0 | |
− | + | 3 0 5 | |
− | + | 4 0 5 | |
− | + | 5 0 5 | |
− | + | 6 0 360 | |
− | + | 7 0 10 | |
− | + | 8 0 10 | |
− | + | 9 0 7 | |
− | + | 10 0 33 | |
+ | 11 0 44 | ||
+ | 12 0 3.72162e+06 | ||
+ | 13 0 0 | ||
+ | 14 0 0 | ||
+ | 15 0 0 | ||
+ | |||
+ | -以下略- | ||
+ | </pre> |
2014年8月6日 (水) 01:40時点における最新版
mrcRefHeaderCreateとは参照投影像にRefヘッダ情報を付加するEosのコマンドである。このRefヘッダとはmrcImage形式ファイルのヘッダとは全く別のもので、mrcImage(Ref)のz=0に格納されている情報を指している。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-p | 選択 | 中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree]) | (0, 0, 0) |
-w | 選択 | 幅:(Phi[±degree], Omega[±degree], Alpha[±degree]) | (360, 10, 10) |
-d | 選択 | 間隔:(Phi[z軸周り], Omega[y軸], Alpha[x軸]) | (5, 5, 5) |
-sy | 選択 | Start y (m=1のみ使用) | 0 |
-ey | 選択 | End y (m=1のみ使用, デフォルト: Ny-1) | 0 |
-refsize | 選択 | 参照データのサイズ | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-p: Omega, Alphaは 0 または 180付近でなければならない。
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | |
1 |
実行例
入力ファイルの画像
サイズ モード |
( 56, 27, 326) mrcFloatImage |
オプション必須項目のみの場合
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 360 7 0 10 8 0 10 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
z=156 〜 170の画像
サイズ モード |
( 56, 27, 327) mrcFloatImage |
z=0にRefヘッダが加わるので、画像は1つずつずれる
オプション -p
p=(11, 12, 13)で実行
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 11 1 0 12 2 0 13 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 360 7 0 10 8 0 10 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -w
w=(20, 30, 40)で実行
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 20 7 0 30 8 0 40 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -d
d=(2, 6, 8)で実行
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 2 4 0 6 5 0 8 6 0 360 7 0 10 8 0 10 9 0 0 10 0 0 11 0 0 12 0 0 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
オプション -m
m=1で実行
その他のオプションなし
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 360 7 0 10 8 0 10 9 0 0 10 0 26 11 0 0 12 0 2.44886e+08 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-
sy=7 ,ey=33, refsize=44で実行
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 0 5 4 0 5 5 0 5 6 0 360 7 0 10 8 0 10 9 0 7 10 0 33 11 0 44 12 0 3.72162e+06 13 0 0 14 0 0 15 0 0 -以下略-