「mrcRefImageCorrelation」の版間の差分
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− | '''mrcRefImageCorrelation''' | + | '''mrcRefImageCorrelation'''とは単一もしくは複数の[[mrcImage]]ファイルと参照像(2Dセット)を比較し、<br> |
+ | 相関値の最大値と最小値を出力する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | ||
行14: | 行15: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](2D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行21: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>参照ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>参照ファイル: [[mrcImage]](2Dセット)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行27: | ||
<td>-I</td> | <td>-I</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行57: | 行58: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す<br> |
− | + | 実空間で計算する</td> | |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する<br> |
− | + | フーリエ空間で計算し、出力ファイルは[[mrcImage]]となる<br> | |
− | + | オプション -z が必要</td> | |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | ===-I のフォーマット=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcファイル1 | ||
+ | mrcファイル2 | ||
+ | . | ||
+ | . | ||
+ | . | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-121P1-R.mrc | 参照ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R163.png]]<br> |
− | <td><p align="left">最小<br> | + | z=163<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
行80: | 行95: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">( 56, 27, 326)<br> |
− | + | mrcFloatImage <br> | |
− | + | -1503.16 (14, 25, 131)<br> | |
− | + | 36873.4 (28, 20, 158)<br> | |
− | + | 6082.23<br> | |
+ | 6479.76<br> | ||
+ | 9.22942<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション -i=== | ===オプション -i=== | ||
− | ==== | + | ====[[Media:Input-121P1-R163-N.mrc | 入力ファイル]]を指定して実行==== |
<div>-i で使用する画像</div> | <div>-i で使用する画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-121P1-R163-N.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行101: | 行119: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-11845.8 (6, 13, 0)<br> |
− | + | 35379.1 (26, 16, 0)<br> | |
− | + | 5971.45<br> | |
− | + | 7299.77<br> | |
− | + | 187.73<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行112: | 行130: | ||
<div>出力結果 </div> | <div>出力結果 </div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | 0 0. | + | 0 0.74104 |
− | 1 0. | + | 1 0.758584 |
− | 2 0. | + | 2 0.773967 |
− | 3 0. | + | 3 0.78247 |
− | 4 0. | + | 4 0.779196 |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
-中略- | -中略- | ||
− | + | 160 0.819107 | |
− | + | 161 0.867341 | |
− | + | 162 0.937789 | |
− | + | 163 0.866901 | |
− | + | 164 0.803931 | |
− | + | ||
− | + | -中略- | |
− | + | ||
− | min | + | 320 0.74582 |
− | max | + | 321 0.756335 |
+ | 322 0.768114 | ||
+ | 323 0.782429 | ||
+ | 324 0.785562 | ||
+ | min 205 0.729216 | ||
+ | max 162 0.937789 | ||
</pre> | </pre> | ||
+ | |||
===オプション -I=== | ===オプション -I=== | ||
行141: | 行160: | ||
<div>-I で使用するデータ</div> | <div>-I で使用するデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | /Eos/img/Input.mrc | + | /Eos/img/Input-121P1-R162.mrc |
− | /Eos/img/Input.mrc | + | /Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc |
+ | /Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc | ||
</pre> | </pre> | ||
− | <div> | + | <div>[[Media:Input-121P1-R162.mrc | Input-121P1-R162.mrc]]の画像</div> |
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P1-R162.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1191.36 (16, 25, 0)<br> | ||
+ | 28576.9 (15, 16, 0)<br> | ||
+ | 6076.13<br> | ||
+ | 6529.7<br> | ||
+ | 167.926<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <div>Input-121P1-R163-N.mrcは-i の入力ファイルを使用する</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Input-121P1-R164-N.mrc | Input-121P1-R164-N.mrc]]の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-121P1-R164-N.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行156: | 行199: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-20586.3 (8, 8, 0)<br> |
− | + | 38227.9 (16, 18, 0)<br> | |
− | + | 6292.81<br> | |
− | + | 9386.21<br> | |
− | + | 241.387<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行167: | 行210: | ||
<div>出力結果 </div> | <div>出力結果 </div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | /Eos/img/Input.mrc min | + | /Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1 |
− | /Eos/img/Input.mrc min | + | /Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789 |
+ | /Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337 | ||
</pre> | </pre> |
2014年8月6日 (水) 02:22時点における最新版
mrcRefImageCorrelationとは単一もしくは複数のmrcImageファイルと参照像(2Dセット)を比較し、
相関値の最大値と最小値を出力するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(2D) | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage(2Dセット) | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイルリスト: ASCII | stdin |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す 実空間で計算する |
1 | 参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する フーリエ空間で計算し、出力ファイルはmrcImageとなる |
-I のフォーマット
mrcファイル1 mrcファイル2 . . .
実行例
参照ファイルの画像
サイズ モード |
( 56, 27, 326) mrcFloatImage |
オプション -i
入力ファイルを指定して実行
-i で使用する画像
最小 最大 |
-11845.8 (6, 13, 0) 35379.1 (26, 16, 0) |
出力結果
0 0.74104 1 0.758584 2 0.773967 3 0.78247 4 0.779196 -中略- 160 0.819107 161 0.867341 162 0.937789 163 0.866901 164 0.803931 -中略- 320 0.74582 321 0.756335 322 0.768114 323 0.782429 324 0.785562 min 205 0.729216 max 162 0.937789
オプション -I
入力ファイルを指定して実行
-I で使用するデータ
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc /Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc /Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc
最小 最大 |
-1191.36 (16, 25, 0) 28576.9 (15, 16, 0) |
Input-121P1-R163-N.mrcは-i の入力ファイルを使用する
最小 最大 |
-20586.3 (8, 8, 0) 38227.9 (16, 18, 0) |
出力結果
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1 /Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789 /Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337